Se a controladora for identica (o mesmo modelo) e no windows conseguires fazer o rebuild n perdes nada. Penso que se o raid for reconhecido na bios da controladora até poderá funcionar logo (o arranque) a partir dai, mas como a board é outra o melhor mesmo é reinstalar o windows.
O mais seguro será perguntar ao fabricante se o q se pretende fazer irá funcionar.
Cmps.