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Newsletter [email protected] - Nº 3

Discussão em '[email protected]' iniciada por Dazkarieh, 4 de Dezembro de 2005. (Respostas: 49; Visualizações: 5231)

  1. Dazkarieh

    Dazkarieh To fold or to FOLD?

    Newsletter nº 3 - 4 a 17 de Dezembro de 2005
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    Newsletter feita com a participação de:
    Albumina; Aquitério; Dazkarieh; DekkeR; El_UnO; Fontemourisca; HecKel; _Rock_; shello; The_7
    Agradecimentos especiais ao: Metro; Gleed, Kidloco​


    Mensagem

    Ora então cá está a nossa 3ª Newsletter! Ascendemos ao 34º lugar mundial e é com certeza que, de entre 1 a 2 dias, iremos subir mais uma posição. São destes pequenos feitos que a pouco e pouco vamos subindo na lista dos que mais ajudam para um projecto tão importante como este. Por isso, optámos por uma estrutura algo diferente. Achamos que é essencial compreender o que é o projecto [email protected] Entender aquilo que estamos a fazer, aquilo para o qual estamos a contribuir...
    Esperamos então contribuir para que, aos poucos, todas as dúvidas sejam esclarecidas...

    By Dazkarieh​



    Doenças estudadas pelo [email protected] (Parte 1)​


    INTRODUÇÃO​


    O projecto [email protected] ("FAH") é dedicado a entender o enrolamento das proteínas, as doenças que resultam do mau enrolamento e agregação das proteínas, e novas maneiras computacionais para desenvolver novas drogas no geral.
    Aqui, descrevemos brevemente os nossos objectivos, o que estamos a fazer e alguns destaques.

    Nós achamos que um projecto de computação distribuída não deve apenas correr cálculos em milhões de máquinas, mas sim produzir resultados, especialmente na forma de publicações, seminários e outras maneiras de espalhar os resultados do FAH para a grande comunidade científica.


    O QUE É O ENROLAMENTO DE PROTEÍNAS E COMO É QUE ESTÁ RELACIONADO COM AS DOENÇAS?​


    As proteínas são colares de aminoácidos -- longas cadeias de moléculas. As proteínas são a base de como a biologia faz as coisas. As enzimas (proteínas) são o motor por detrás de todas as reacções bioquímicas que faz a biologia funcionar. Como elementos estruturais (algumas proteínas), são os principais constituintes dos nossos ossos, músculos, cabelo, pele e vasos sanguíneos.
    Os anticorpos (proteínas) reconhecem os elementos invasores e permitem ao sistema imunitário livrar-se desses mesmos invasores. Por essas razões, os cientistas sequenciaram o genoma humano -- o esquema para todas as proteínas na biologia -- mas como é que podemos compreender o que fazem estas proteínas e como é que funcionam?

    Todavia, apenas sabendo essa sequência diz-nos pouca coisa sobre o que a proteína faz e como o faz. De modo a procederem à sua função (como por exemplo, enzimas ou anticorpos), elas têm de assumir uma forma particular, também conhecido como 'enrolamento' (fold). Assim, as proteínas são máquinas fantásticas: antes de fazerem o seu trabalho, elas montam-se a si próprias. Esta auto-montagem é denominada enrolamento (folding).

    O que acontece se as proteínas não se enrolam correctamente? Acredita-se que doenças como Alzheimer, Huntington's, Fibrose Quística, BSE, uma forma hereditária de enfisema pulmonar, e muitos tipos de cancro resultam de um mau enrolamento proteico. Quando as proteínas não enrolam correctamente, elas agregam-se. Estes agregados podem regularmente juntar-se no cérebro, onde se acredita que causam os sintomas da doença das Vacas Loucas.


    QUE DOENÇAS OU PROBLEMAS BIOMÉDICOS ESTÃO CORRENTEMENTE A ESTUDAR?​


    * DOENÇA DE ALZHEIMER (DA)

    A doença de Alzheimer é causada pela agregação de relativamente pequenas (42 aminoácidos) proteínas, chamadas peptídeos Abeta. Estas proteínas formam agregados que mesmo em pequenos grupos aparentam ser tóxicos aos neurónios e causam morte celular neuronal envolvida na Doença de Alzheimer e as horríveis consequências neurodegenerativas.

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    Temos vários cálculos a ser feitos na DA. Os nossos principais objectivos são a previsão da estrutura de agregados da DA para perspectivas de um projecto racional de drogas, assim como uma vista mais pormenorizada de como se formam cineticamente os agregados da DA (na esperança de cimentar o caminho para um método de impedir a formação de agregados da DA).

    Têm havido muitos projectos, incluindo as séries 500 e séries 700. Até agora, todas elas são WUs Tinker ou WUs Gromacs normais.

    (Continua...)

    By DekkeR​



    Portugal não está parado​


    Para além de todos nós que diariamente dão o seu contributo para o avanço da Medicina e da Ciência através do projecto [email protected], equipas de pessoal especializado concentram esforços com o mesmo objectivo, embora de uma forma mais concisa. Sendo o nosso principal objectivo ver mostras desses avanços, embora não tendo directamente haver com o Folding, notícias como estas merecem todo o nosso aplauso, ainda mais quando fica nos registos nacionais.

    Caracterização de Cinases WNK, Uma Nova Subfamília de Proteína Cinases Expressa em Tumores do Cólon​


    Foi identificado e clonado por nós o gene de uma nova proteína cinase humana, localizada no cromossoma 12p13.3 e que codifica 2382 aminoácidos.
    A sua principal característica consiste numa variação da sequência de um motivo conservado do domínio catalítico. Esta variação foi também descrita na cinase do rato designada por WNK1 (with no K = lysine) e que corresponde a uma variante de silicone sem os exões 11 e 12. O domínio catalítico da WNK1 tem maior homologia com as cinases humanas PAK2, MEKK3, e Raf-1.
    Foram ainda identificados outros três genes WNK humanos, que diferem em localização cromossomal e no padrão de expressão em tecidos mas apresentam alta homologia com o domínio catalítico da WNK1. Estes genes foram classificados como WNK2, WNK3 e WNK4. Quando o domínio catalítico destas cinases foi comparado com as bases de dados, foram identificados a partir de vários organismos uns totais de 18 genes WNK relacionados. O alinhamento das suas sequências revelou uma sequência assinatura das cinases WNK nos subdomínios I e II do domínio catalítico, o que sugere que estas proteínas constituem uma nova subfamília de proteínas cinase.

    In INSA - Instituto Nacional de Saúde
    By Aquitério & Dazkarieh​




    Dicionário [email protected]


    CORE significa núcleo, centro, cerne, alma.
    Um core é, no fundo, o programa que contém as rotinas primárias que processam a totalidade da aplicação.
    Cada WU utiliza um determinado executável ou fah-core (Folding at Home core), dependendo do programa que vai ser usado para foldar essa proteína.
    O [email protected] cliente utiliza versões modificadas de quatro programas de simulação molecular:
    - Tinker - Software Tools for Molecular Design,
    - Gromacs - Groningen Machine for Chemical Simulations,
    - Amber - Assisted Model Building and Energy Refinement e,
    - QMD - Quantum Molecular Dynamics.

    By Albumina​



    Os "Verdinhos"​


    Aqui estão os “verdinhos” desta semana, vamos dar as boas vindas especiais a estes foldadores que ainda vieram a tempo da nossa passagem ao 33º lugar da geral e isso não é para todos, é só para 46 deles, só por esse facto esta semana estão isentos de comentários.

    Kaohuz
    Tozezaki
    JoanaPT
    Koe
    SliderGod
    FoX[PT]
    comunidadek1200lt.com
    zerocool
    Ruca.pt
    ManuHSS
    david.beja
    Tysher
    Rui_Dias
    bdfg
    Peter_Bailans
    Luis_Chorinca
    Leon
    suky
    FCP
    EveryMe
    Ricardo1978
    sigma
    psycore
    SliderBoy
    roler3
    sargopt
    sexy
    ewokian
    Garfield_69
    melissa
    LowRiderPT
    Miguel_Alves
    positive_mind
    MarDaPaixao
    h2o
    ESTTSeia
    xenergie
    Dren1
    Alex_Krycek
    rmarangon
    Nuno_"Konadu"
    ganza_man
    MITHOCONDRIAC
    sousa80
    cardinal
    U

    By Fontemourisca


    Os "Chupa Proteínas"

    (Atacam de novo...)​


    As últimas noticias têm sido devastadoras... Sabe-se que certas pessoas andam a fazer algo... na obscuridade, quando todos dormem eles fazem algo, atacam devagar e são uns vampiros das proteínas, e quem são eles? (Perguntam vocês)... e nós respondemos: SÃO OS MAIS PRODUTIVOS DESTAS SEMANA! ;)

    amigos_da_proteina
    funkyfolders
    www.virtual-fusion.com
    www.*****.com
    APP
    Storm-Techzone
    ch-informatica.com/forum
    Mister
    www.cebola.net
    www.ViPeR5000.net


    By The_7​




    Reviews​


    Comparativo: Consola vs cliente gráfico? Tira-teimas...​


    E continuamos a nossa série de “reviews”. Desta vez dedicada aos clientes que se usam no folding, consola e cliente gráfico, quais as vantagens e desvantagens de cada um deles...


    Cliente consola

    Em primeiro lugar é necessário configurar o cliente para começar a foldar. Podem encontrar tutoriais escritos em baixo que facilitam a tarefa:

    Configurar o cliente consola em windows: (cortesia do Gleed)
    http://www.techzonept.com/showthread.php?t=55095

    Configurar o cliente consola em Linux (cortesia do Metro)
    http://www.techzonept.com/showthread.php?t=52312

    Configurar o cliente consola em Mac OS X (cortesia do kidloco)
    http://www.techzonept.com/showthread.php?t=62553


    Depois de devidamente configurado, o aspecto global é o seguinte:
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    O aspecto não é muito bonito é certo, mas também é por isso que se criaram programas que ajudam a monitorizar o folding, como o FahMon e o EMIII, já analisados nas “reviews”anteriores.

    É também possível correr várias consolas ao mesmo tempo, útil para tirar proveito de arquitecturas “dual-core” ou do “hyperthreading”. Tem a vantagem também de não consumir muitos recursos (em Windows até consome um pouco menos se correr como serviço). Para minimizar a consola no “system tray” é necessário um programa externo (hideit), como está descrito no tutorial.


    Cliente Gráfico​


    O cliente gráfico é ligeiramente mais fácil de configurar e de por a funcionar. É por isso também que geralmente é a escolha predilecta para quem se inicia no folding...
    Tutorials para configurar tudo correctamente em baixo:

    Configuração do cliente gráfico em ambientes Windows (cortesia do Metro)
    http://www.techzonept.com/showthread.php?t=50940

    Configuração do cliente gráfico em ambientes Mac OS X (cortesia do kidloco)
    http://www.techzonept.com/showthread.php?t=61955

    Como dá para ver a configuração é feita através dum menu, o que facilita em relação á configuração da consola que é feita através de comandos:

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    E aqui está o aspecto global do programa, já configurado e a correr:

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    É possível ver uma simulação 3d da proteína enquanto o programa está correr, semelhante á mostrada com o Jmol, na “review” anterior...

    É também possível minimizar o cliente gráfico para o “system tray”, sem necessitar do hideit (assinalado a vermelho).

    [​IMG]

    Conclusões​


    Como conclusão, deixo um pequeno resumo das vantagens e inconvenientes de cada cliente. Usar um ou outro no fundo acaba por ser uma questão de gosto pessoal...

    Cliente Consola
    Vantagens:
    · Corre em Windows/Linux/Mac
    · Consome menos recursos
    · Possibilidade de usar várias consolas ao mesmo tempo *
    Inconvenientes:
    · Mais díficil de configurar
    · Necessita de programas externos para minimizar para o “system tray”, para monitorizar o progresso da simulação e para ver a proteína a 3d.

    Cliente gráfico
    Vantagens:
    · Mais fácil de configurar
    · Minimiza para o “system tray” automaticamente e apresenta uma imagem 3d da proteína sem necessitar de programas externos.
    Inconvenientes:
    · Consome mais recursos
    · Só corre um cliente de cada vez.
    · Só corre em Windows/Mac, não em Linux.

    * Apenas devem ser usadas 2 consolas em processedores com HyperThreading, em Dual Core's ou Dual Xeon/Opetron. Nos outros apenas 1.


    By El_UnO​
     
  2. tiagoflg

    tiagoflg What is folding?

    É bem, mais uma vez uma newsletter muito bem conseguida, parabéns a todos :)
     
  3. Nemesis11

    Nemesis11 Power Member

    Parabéns. Está muito interessante.

    Só um pormenor em relação ao cliente de consola. Em windows é facil meter como serviço e em Linux também não é dificil.
    Fica assim resolvido o "problema" de minimizar para o tray, já que ele nem aparece.

    Não sei se o cliente gráfico também tem essa opção. Se tiver, ficam os dois em igualdade. :)
     
  4. _Rock_

    _Rock_ I'm cool cuz I Fold

    Boas
    Vinha aqui pedir as minhas sinceras desculpas ao pessoal do Folding.
    Durante algum tempo aindei a perguntar qual seria o meu "tema" ao shello,mas ele ainda não sabia.
    Então decidi esperar até que ele soubesse,o problema é que me esqueci depois de perguntar e o problema é que depois tive de estudar e não pude aparecer aqui no fórum nem no messenger.
    Após de ter estudado só tive tempo de arrumar o pc porque er já noite e no dia seguinte tinha a lan da Drim.
    Ou seja não participei nesta newletter.Mais uma vez peço desculpa por não ter feito nada espero que compreendam....:)
    Abraço e desculpa a todos a maçada...:( espero que me desculpem...
     
  5. shello

    shello Moderador
    Staff Member

    Boas!
    Também peçoi desculpa pela minha parte, pois esquecime (apesar de ter tentado duas ou trÊs vezes ver se tavas online) de te avisar que era o adz que tratava desta NL. Pois então, o erro também foi em parte meu.l
    Felizmente arranjamos substituto, o Tema do dekker :)

    Abraços!
     
  6. El_UnO

    El_UnO 1st Folding then Sex

    _Rock_, no problem por mim, sao coisas k acontecem ;)

    Gostei bastante de ler o artigo sobre as doenças estudadas pelo folding, eu sou dakeles que acredita que isto um dia ha-de produzir algo de grande mesmo (pelo menos a "materia prima" fornecemos :D )

    Para a proxima acho k o Daz tinha falado em rodar os temas, e questao de combinar isso :)
     
  7. shello

    shello Moderador
    Staff Member

    Acho que acreditamos todos, senão não estavamos aqui, certo? :)

    Abraços!
     
  8. _Rock_

    _Rock_ I'm cool cuz I Fold

    Obrigadão por compreenderem pessoal :)
    ....
    Gostei bastante desta newsletter :) very nice! :clap:
    Abraço :kfold:
     
  9. Dazkarieh

    Dazkarieh To fold or to FOLD?

    Rodar temas??? Bora lá!! ;)

    Digam o próximo que querem..o último a dizer fica com o que sobrar :P

    [[[[ ]]]]
     
  10. Dazkarieh

    Dazkarieh To fold or to FOLD?

    _RoCk_ com "Os mais produtivos".

    O resto tá a dormir? ;)
     
  11. _Rock_

    _Rock_ I'm cool cuz I Fold

    Thanks man! :)
    BTW: É para entregar quando?
    Abraço :kfold:
     
    Última edição: 8 de Dezembro de 2005
  12. Dazkarieh

    Dazkarieh To fold or to FOLD?

    Domingo de manhã... (n é já o próximo ;) )
     
  13. _Rock_

    _Rock_ I'm cool cuz I Fold

    Ou seja domingo dia 17,certo? :)
    Quis saber por causa do constante update dos mais produtivos...
    Abraço :kfold:
     
  14. shello

    shello Moderador
    Staff Member

    Domingo, dia 18 LOL...
    dia 17 é sábado xD

    Mas se entregares sábado à noite, acho que até é melhor xD (domingo de amnha nao tens que acordar cedo... :D)

    Abraços!
     
  15. _Rock_

    _Rock_ I'm cool cuz I Fold

    Ups! Lol esquece....Ok eu entrego sábado! :)
    Abraço
     
  16. tiagoflg

    tiagoflg What is folding?

    [email protected] fico com o kua
    ?
     
  17. Dazkarieh

    Dazkarieh To fold or to FOLD?

    Escolham, pah... :confused:
     
  18. Albumina

    Albumina I fold therefore I AM

    Podes-me atribuir qualquer coisa desde que não seja a review (informática não percebo nada).
     
  19. El_UnO

    El_UnO 1st Folding then Sex

    Boas,

    So agora reparei na thread Daz, desculpa la :p

    Talvez possa ficar com os "verdinhos", se o nosso queijo (fontemourisca) nao se importar ;)
     
  20. tiagoflg

    tiagoflg What is folding?

    Eu fico com a antiga parte do El_UnO

    Daz Man depois tens que me explicar isto LOl!

    Va fiqueis bem LOl
     

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