Newsletter nº5 - 15 de Janeiro de 2006
Newsletter feita com a participação de:
El_UnO; DekkeR; Fontemourisa; Albumina;
_Rock_; shello; The_7; Dazkarieh; Aquitério
El_UnO; DekkeR; Fontemourisa; Albumina;
_Rock_; shello; The_7; Dazkarieh; Aquitério
Mensagem
Ora cá está a primeira newsletter do ano de 2006. Devido a alguns problemas, não nos foi possível enviá-la na semana passada, como estava previsto. Vem em formato reduzido: não há review e os novos membros serão colocados na próxima edição. Mas aguardem novidades para este ano...
Queremos primeiro de tudo reafirmar os votos de um excelente ano a todos os nossos assinantes. Que o mesmo exceda todas as expectativas.
Por aqui, continuamos empenhados em crescer. E contamos com todos vós para levar esta causa cada vez mais longe...
by: Dazkarieh
Doenças estudadas pelo Folding@Home (Parte 3)
OSTEOGENSIS IMPERFECTA
Com a colaboração de outros grupos de Stanford (especialmente o grupo da Dra Teri Klein do Centro Médico da Universidade de Stanford), estamos a olhar o enrolamento e mau enrolamento do Colagénio. O Colagénio é a proteína mais comum no corpo e as suas mutações levam a uma doença horrível chamada Osteogenesis Imperfecta (ou OI para abreviar). Em muitos casos, OI é letal e leva ao aborto. No entanto, 1 em cada 10,000 pessoas têm um certo tipo de mutação no colagénio. Para muitos, onde a mutação não é muito séria, permanece desconhecida e mal diagnosticada e leva a ossos frágeis e outros problemas mais subtis. Noutros casos, no entanto, as mutações levam a problemas morfológicos mais graves, como se pode ver na figura.
Estamos a começar a modelar o enrolamento do colagénio nos projectos 1000.
DOENÇA DE PARKINSON (DP)
Também temos feito estudos preliminares numa proteína chave implicada na Doença de Parkinson. A Alpha-synuclein é uma proteína nativamente desenrolada e o seu enrolamento/mau enrolamento (ver agregados mal enrolados na figura) aparenta estar ligado à DP. Estamos a avaliar a aplicação de vários métodos FAH a este problema.
RIBOSSOMAS E ANTIBIÓTICOS
O Ribossoma é uma fantástica máquina molecular e tem um papel crítico na biologia, visto que é a máquina que sintetiza as proteínas. Por causa deste papel crítico, e de algumas diferenças pequenas mas fundamentais nos ribossomas dos mamíferos e bactérias, o ribossoma é o alvo para cerca de metade dos antibióticos. Estes antibióticos funcionam normalmente para prevenir os ribossomas bacterianos de sintetizarem novas proteínas, matando-os. Temos vários projectos em desenvolvimento para estudar o ribossoma. Visto que o ribossoma é enorme, estas WUs são grandes WUs e levaram-nos ao limite dos cálculos do FAH. No entanto, com estas novas WUs, o FAH está preparado para estudar mais e mais problemas complexos, e se bem sucedidos, com um maior impacto biomédico.
COMO SÃO POSSÍVEIS ESTES NOVOS AVANÇOS?
Para fazer estas descobertas usando a computação distribuída, são necessários novos métodos.
A computação distribuída é uma forma invulgar para realizar cálculos em grande escala. Enquanto dá recursos computacionais maiores que um supercomputador (por exemplo, os cerca de 200,000 processadores activos no FAH versus 5,000 num supercomputador típico), estes processadores estão ligados via Internet, não com as ligações de banda larga e de baixas latências encontradas nos supercomputadores. Assim, temos de desenvolver novos métodos para usar o invulgar paradigma computacional e capacidades do FAH.
Muito do nosso trabalho nos primeiros anos do FAH tem sido desenvolver e testar estes métodos em sistemas-modelo: pequenas proteínas que possam ser facilmente estudadas experimentalmente. Com estas comparações experimentais, podemos testar e validar os nossos métodos, assim como as suas limitações (que é crítico para melhorar os nossos métodos).
Até à data, o FAH tem sido muito bem sucedido, com mais de 25 trabalhos publicados nos primeiros 5 anos originados directamente dos cálculos do FAH. Vamos continuar a trabalhar em todas as frentes: novos núcleos científicos, novos algoritmos, novos modelos para as proteínas, novas questões relacionadas com os nossos métodos e aplicações às doenças e outras questões biomédicas.
by: Dekker
Notícias
06/01 Analogamente ao que noticiamos na última edição desta newsletter (desta vez antecipadamente), aproximadamente metade dos servidores do F@H estarão fora de serviço no dia 19 de Janeiro entre as 4 e 6 da manhã lá pelas bandas de stanford (pelo que aqui deve ser entre as 12 e as 15h).
Fonte: http://folding.stanford.edu/news.html
22/12 Equipa de investigadores portugueses na Universidade de Cambridge descobriu uma molécula responsável pela prevenção de tumores. Esta noticia foi recolhida pelo membro da comunidade portugal@folding “aquiterio” e se aparentemente não tem muito a ver com o folding, a verdade é que não podemos esquecer que parte do sucesso deste projecto depende também da capacidade de relacionarmos a simulação em computação distribuida com a parte experimental e com a introdução de factores que influenciam o desenvolvimento (tal como já aconteceu com a p53, conhecida inibidora de tumores).
Fonte: http://www.techzonept.com/showthread.php?t=79496
Pois é o ano começou com uma novidade em termos de grandes comunidades foldadoras, os nossos amigos australianos (Overclockers Australia) perderam a liderança. Rei morto...Rei Posto... e o novo lider é ...
[H]ardOCP
Fonte: http://folding.extremeoverclocking.com/team_list.php?s=
Termino com a noticia (embora para a maior parte não seja novidade) de que subimos mais uma posição na tabela geral do F@H
O 32º lugar já é nosso e os felizes contemplados com o nosso pó são os Pequenos Cães Brancos, ou LITTLEWHITEDOG para os amigos.
By: Fontemourisca
Iniciativas
Organização da 3ª almoço do Portugal@Folding
Está neste momento a decorrer a organização do 3º Almoço do Portugal@Folding. Desta vez ficou decidido que o almoço será no Porto,estando neste momento aberta a votação para a data do almoço.
O pagamento desta vez, será feito préviamente através de transferência bancária,devido á confusão que se gerou da última vez quando foi para pagar.
Falta ainda saber é quem está disponível para organizar este evento no Porto,os preços,a lotação máxima de pessoas e naturalmente o restaurante onde se encontrará este almoço.
Fonte: http://www.techzonept.com/showthread.php?t=78907
Videos com membros da equipa
Este pessoal não perde uma... Lá alguém encontrou um site em que tem uns vídeos e se podem colocar as legendas.
E pronto, foi o descalabro. Videos muito engraçados que desde já convidamos a verem e porque não a criarem novos e entrarem em mais esta brincadeira de equipa.
Link: http://www.techzonept.com/showthread.php?t=80845
T-Shirts 2006
Já está a decorrer a votação final para qual será a t-shirt da equipa para 2006. Participem nesta votação para poderem ficar com a t-shirt que mais gostam.
Link: http://www.techzonept.com/showthread.php?t=80343
By: Dazkarieh & _Rock_
Dicionário Folding@home
FRAME
Significa quadro, moldura, estrutura, porção individual.
Na transmissão de dados, uma frame, é um grupo de bits que forma um bloco adequado à transmissão como unidade, isto é, é um bloco de dados com um cabeçalho e um pacote de informações anexado, delimitado e incluindo flags de início e fim.
Inclui geralmente, um campo de controle e uma sequência de verificação da frame.
Cada frame segue a mesma organização básica, como a sincronização de caracteres, endereço e rotinas de verificação.
By: Albumina
Top 10 Produtivos!
Novo ano, grande produtividade. É verdade. Temos muita produtividade, e
quem produz mais é marcado! Ah pois é! Desta vez, a marca sobrou para:
1 - amigos_da_proteina
2 - www.*****.com
3 - sargopt
4 - my.cpu.is.on.fire
5 - funkyfolders
6 - www.virtual-fusion.com
7 - APP
8 - AlunosUa
9 - tlrocha
10 - www.ViPeR5000.net
Muitos parabéns a todos!!
By: shello
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