Uso plex com o último patch e não tenho esse problema de transcode.
De certeza que não tens o aparelho definido para tal?
Mas sim, desde que fiz a primeira actualização para a versão 9.xx que o plex nunca mais foi o mesmo. Mais lento, por vezes saí do filme, etc.
Tem vindo a melhorar paulatinamente a cada actualização da shield, plex e plex server, mas ainda não está o que estava.
Se fizeram o update para 9.xx parece-me que só têm a ganhar em actualizar para esta última versão, caso ainda estejam na versão 8.xx eu deixaria estar como está.