Se tiveres a versão paga podes activar o "Módulo de Protecção" e este proteger-te-à contra spyware, adware, scumware, troianos... Caso contrário só através de scans manuais é que ele te detecta essas ameaças. Mas sinceramente, qualquer anti-vírus bom pode proteger-te contra troianos. Usar só o Malwarebytes' como programa de protecção não é boa ideia.