O wine implementa o registry do windows, se não muita coisa não funcionava.Acho que depende, mas os programas não vão ter acesso ao Registry do Windows e podem não funcionar, IIRC.
Mais uma vantagem do Linux: em vez de registry, configurações em ficheiros de texto, editáveis à mão!
Basta fazer regedit na consola que aparece o editor de registo que é muito semelhante ao original.