De há uns dias para cá reparei que as pastas vazias dentro da pasta Documentos são automaticamente apagadas (contra a minha vontade) passados uns dias. Nunca tive este problema e instalei o Windows 10 há pouco tempo.
Eu penso que isso não tem nada a ver mas de qualquer maneira desinstalei o OneDrive mal instalei o Windows 10 e tenho o problema.
EDIT: Reinstalei o Windows 10 de raiz e nunca mais tive o problema de as pastas vazias dentro da pasta Documentos serem automaticamente apagadas (contra a minha vontade) passados uns dias.