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[email protected] - Ajudar uma causa - Dúvidas

Discussão em '[email protected]' iniciada por Metro, 25 de Janeiro de 2004. (Respostas: 4809; Visualizações: 365323)

  1. Metro

    Metro Benevolent Dictator For Life
    Staff Member

    [email protected] - Ajudar uma causa


    [email protected] Criada aqui em 24 de Janeiro de 2004.

    Sigam os tutoriais que estão no nosso site: www.portugalfolding.org. Estes estão desactualizados. Usem a thread apenas para as dúvidas que tiverem.

    O que é o [email protected]?
    O [email protected] é o nome da equipa criada para congregar o contributo de todos vós que queiram participar no projecto de computação distribuída com o nome de [email protected] e que simplificadamente pretende compreender como se formam as proteínas e como se agregam entre si.
    As proteinas desempenham um papel extraordinário no nosso organismo. Quando elas não se formam correctamente podem surgir doenças como a doença de Alzheimer, doença de Parkinson e a BSE mais conhecida por doença das vacas loucas.
    O estudo e compreensão de como se formam e quais as anomalias que podem ocorrer na formação das proteinas é fundamental para compreender essas doenças e encontrar a cura para as mesmas.

    O site do [email protected] na lingua de camões é este:


    Link das questões mais frequentes:


    Link directo para as estatísticas da nossa equipa:
    http://vspx27.stanford.edu/cgi-bin/main.py?qtype=teampage&teamnum=35271

    Link onde se pode efectuar o download do programa
    http://www.stanford.edu/group/pandegroup/folding/download.html

    Aqui podem descarregar o programa. Este pode ser descarregado sob três formas distintas:

    1º Na sua forma gráfica

    Nesta forma o programa pode estar sempre a correr enquanto o PC estiver ligado.
    A instalação é como a de qualquer outro programa. Nada de especial.
    Vejamos a melhor forma de configurar o programa (pelo que conheço até agora)

    Após a instalação encontram um icon novo no system tray. Parece uma roda dentada. Se clicarem com o botão direito do rato ficam com um menu igual ao da imagem abaixo. Cliquem em Configure


    [​IMG]


    No primeiro tab colocam o vosso user name e o número da equipa. Como sabem o número da equipa é o 35271

    [​IMG]

    De seguida têm o tab connection. Aqui seleccionam Use Internet Connection Settings.
    Como podem ler na imagem o programa usa a porta 8080. Se tiverem alguma firewall têm que dar permissão ao programa para se poder conectar ao site onde faz o download das WUs.
    Se tiverem algum router com firewall têm que efectuar a mesma operação.


    [​IMG]


    No seguinte tab pode ser configurado a apresentação do gráfico.
    Neste tab é importante que desactivem Logos enabled. Activarem o title fica ao vosso critério. Neste caso está activado com o nome da equipa.


    [​IMG]


    O tab advanced é talvez o mais importante. Deve estar configurado da forma que encontram na imagem abaixo.
    Apenas uma explicação acerca do CPU usage percent. Se colocarem como está na imagem vão ter a utilização do CPU a 100%. No caso de computadores com dois processadores a taxa de utilização é de 50%. O mesmo sucede com os PIV com Hipertradyng enabled.
    Uma das formas de aumentar a produtividade nestes casos é correr o programa duas vezes. Instalação e directorias diferentes. Assim o CPU será usado a 100%.
    Como é obvio quanto mais rápido for o PC mais rápido as WU seram processadas.


    [​IMG]


    Aspecto do programa. Up and runnig:)

    [​IMG]


    Da experiência dos users com o SETI a versão consola é muito mais rápida do que o modo gráfico, no caso do Folding até à data não consegui confirmar esse facto. Pelo que pela facilidade de configuração este modo parece ser o mais indicado para os utilizadores, pelo menos para os menos experientes (como é o meu caso).


    2º Na forma de texto

    Neste caso é aberta uma janela de DOS onde se configura o programa. Basicamente faz todas as questões que se encontram no modo gráfico mas aqui em modo texto.
    Por ordem as questões são as seguintes:

    User Name?
    Colocam o user name que dejam ter e clicam em Enter

    Team Number?
    Aqui escrevem 35271 e carregam na tecla Enter

    Ask before fetching/sending work (no/yes) [no]?
    Como Vêm aqui as opções são yes e no e o programa sugere no. Aqui é vos dado a opção de cada vez que o programa aceder à net perguntar antes ou não. Eu seleccionei no. Assim o programa acede livremente ao site. A vantagem é que não é preciso estar à frente do pc para o programa passar à acção seguinte, o aspecto negativo é não termos controlo sobre as transmissões do programa.

    Use Internet Explorer Settings (no/yes)?
    Yes

    Change advanced options?
    Yes

    Client type fah (no-pref/fah/gah)?
    Aqui é onde se escolhe qual o cliente que se quer correr. fah corresponde ao [email protected], o gah corrsponde ao [email protected] e o no-pref significa sem preferências, isto é, podemos trabalhar indistintamente nos dois projectos. No nosso caso vamos escolher fah porque corresponde ao [email protected] e assim todos os elemntos da equipa trabalham no mesmo projecto maximizando o número de pontos conseguidos.

    Core Priority (idle/low)?
    low

    CPU usage request (0/100)?
    Aqui devem seleccionar 100. Indica a percentagem de CPU que vai ser usada pelo programa. No caso de terem um PIV com o HT activado ou um sistema com dois CPUs só irá ser usado 50% do CPU. Para utilizarem o processador a 100% devem colocar 2 WUs a serem processadas. Isso é explicado noutro local.
    De refeir que caso tenham um PC mal refrigerado ou com overclocking instável devem reduzir a utilização do CPU porque assim vão ficar a puxar pelo vosso sistema e vão ter instabilidade.

    Disable highly optimized assembly code [no)?
    Mantive a predefinição - no.

    Interval, in minutes, between checkpoints (3/30) [15]?
    Coloquei 15 minutos. É o tempo que o programa demora entre saves de modo a que se reiniciarmos o programa começamos no ponto do ultimo save.



    3º Na forma de screensaver

    Como já perceberam o programa funciona sempre que o screensaver for activado. É activado da mesma forma que activam qualquer outro screensaver.
    Não é uma forma muito eficaz de correr o programa. Mas mais vale pouco do que nada.

    Na configuração do programa têm um local para colocar o número da equipa. O número do [email protected] é o 35271.
    No tab advanced devem ao fundo onde diz client type devem seleccionar [email protected]
    Irei fazer um tutorial onde esta parte ficará mais explícita.

    Para já o importante é se acham que esta é uma causa que vos agrada contribuirem na sua divulgação e aumento da equipa. Vamos desenferrujar esses PCs e contrinuir para dar uma pequena ajuda no avanço da ciência. Quem sabe se amanha não seremos nós a necessitar das conclusões de algum destes trabalhos.
    Juntos vamos crescer.


    Tutorial para colocar a correr duas vezes a correr o programa. Para PCs com HT e dual CPU

    Este tutorial foi feito pelo Gleed:)
    Também tem a instalação do programa EMCIII e como colocar o programa em modo texto a correr duas vezes. Isto só tem interesse para máquinas com dois processadores ou no caso dos P4 com HT.

    1º - Download do programa
    [email protected] modo consola

    2º - Criar uma pasta no disco por exemplo:
    D:\Programas\[email protected]\Modo texto 0\
    D:\Programas\[email protected]\Modo texto 1\
    Etc…

    Colocam lá o programa que fizeram o download.
    Para quem quer ter mais de que uma consola a correr convêm dar nomes diferentes as pastas, e fazer copias do programa para as diferentes pastas.

    3º - Começa-se por configurar um de cada vez logo começando pela pasta “Modo texto 0”
    Executa-se o ficheiro FAH4Console, que vai fazer como que aparece uma janela de ambiente dos
    Agora começa-se a configurar em vez das palavras vou colocar um Prt Scr de tudo o que tem que fazer:

    Exemplo: no meu caso:
    [​IMG]

    Machine ID (1-8)? 1 -> aqui colocam 1 para a primeira consola para a segunda já colocam 2 e assim sucessivamente.

    Depois diz-to é só esperar que o programa faça o download da WU que vai realizar, ai esta ele a trabalhar.
    [​IMG]

    5º - Agora surge um problema como fazer para esconder a janela do ambiente de trabalho e como fazer para que ele arranque sempre que se inicia o Windows.
    Para esconder a barra do programa basta para isso usar este pequeno programa HIDEIT muito simples de configurar com vão ver já a seguir:

    Download-HIDEIT
    Descompactar-lo e criar uma pasta para o programa onde quiserem
    Exemplo:
    D:\Programas\HIDEIT\

    Agora vamos colocar ambos a arrancar com o Windows para que ambos arranquem quando ligamos o pc, para isso vamos a pasta que no meu exemplo:
    D:\Programas\[email protected]\Modo texto 0\
    Criamos uma icon de atalho por exemplo FAH4Console0 e arrastamos para a arranque do Windows, o mesmo processo para o programa HIDEIT como mosta no Prt Scr:
    [​IMG]

    6º - Agora so nos falta mesmo configurar o HIDEIT para que sempre que arranca esconda a janela do programa [email protected]
    Para isso basta ia a barra do desktop duplo clik com rato e configure.
    O nome que dei as ficheiros de atalho, tem que ser obrigatoriamente os mesmos que referimos no HIDEIT para que ele as reconheça e possa esconder.

    1º - Colocar certo em todos os itens
    2º - Fazer New e escrever New rule: o nome da janela neste caso FAH4Console0
    3º - Fazer OK
    [​IMG]

    Com esta configuração têm tudo pronto e já não precisam de se preocupar mais

    Aqui podem consultar as estatísticas da nossa equipa e também as tuas:
    Team [email protected]

    7º - Para quem quer saber tudo o que o programa esta a efectuar, isto é, o tempo que falta para acabar a WU, o tempo de cada frame,etc… usa-se o seguinte programa:

    EMCIII
    Download - EMCIII
    E sua devida actualização: EMIII Actualização

    Com devem ter reparado são todos programas que não necessita de instalação o que se torna óptimo para quando se formatar o pc não necessita de configurar tudo isto de novo. :001:

    8º - Quando tiver tempo acabo o tutorial sobre esse programa EMCIII e como configura-lo, que tem este aspecto muito atractivo:
    [​IMG]



    Foldar num pc sem net

    Tutorial feito pelo JGAlmeida:)

    Primeiro um pouco sobre o funcionamento do FAH.

    Ao correr pela 1ª vez o cliente FAH, quando ele liga ao servidor para ir buscar uma WU é enviado o chamado UserID. Este ID existe para o servidor poder identificar cada cliente ao qual atribuiu uma WU, e é guardado no Registry. A chatice está nos seguintes pontos:

    Ponto 1: O servidor atribui um, e só um UserID por pc
    Ponto 2: A WU tem de ser enviada pelo mesmo UserID que a recebeu
    Ponto 3: Enquanto uma WU atribuida a um dado UserID não for devolvida o servidor volta a enviar a mesma WU

    Porque é que isto é chato? Imagina que queremos correr 2 consolas no mesmo pc. Mesmo pc implica mesmo UserID. Logo o servidor vai enviar o mesmo WU para ambas.
    Visto isto, e para poder aproveitar pcs com dual (ou mais) cpus adicionaram o MachineID, que vai de 1 a 8 e na prática o que faz é alterar o ultimo caractere do UserID para o servidor pensar que são pcs diferentes.

    UserID = 1FB4A244F79D690
    consola com MachineID 1 = 1FB4A244F79D690
    consola com MachineID 2 = 1FB4A244F79D691
    consola com MachineID 3 = 1FB4A244F79D692
    etc...

    Agora no caso de haver um pc com net e vários pcs sem net, o problema acaba por ser semelhante. Queremos correr vários clientes FAH.

    Portanto, como fazer? Nada melhor que um exemplo:

    Imaginando que temos:
    1 PC com net (que vamos chamar pcA) a correr 2 modos consola com MachineID 1 e 2
    2 PCs sem net (que vamos chamar pcB e pcC)

    Passos a seguir no pcA

    1º Criar 2 pastas para o FAH (modo consola), uma para o pcB e outra para o pcC
    2º Configurar os dois e atribuir MachineID = 3 para a consola do pcB e MachineID = 4 para o pcC
    3º Correr para ir buscar as WUs, e quando as tiver parar (com ctrl-c)
    3º No registry ir a HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\PandeGroup e exportar para um .reg

    [​IMG]

    4º Copiar pasta FAH do pcB para uma disquete, e a do pcC para outra.

    Passos a seguir no pcB/pcC

    1º Criar pasta para o FAH (modo consola)
    2º Copiar pasta da disquete do pcB para a pasta FAH no pcB
    3º Unir o ficheiro .reg ao registry (basta duplo clique no ficheiro)
    4º Executar o FAH (com o -local)
    5º Fazer o mesmo para o pcC.

    Passos para enviar

    1º Quando acabar a WU, copiar queue.dat e work para disquete.
    2º No pcA copiar para a respectiva pasta, substituindo o existente.
    3º Correr FAH com "-local -send all"
    4º Ir buscar nova WU e repetir o processo.

    Para aqueles que tiverem maquinas mais lentas podem usar o GAH em vez do FAH. Ao configurar escolhem gah e quando pergunta "get and submit in batches" responder "yes" (isto para meter 10 WU's em queue)

    [​IMG]

    Acho que não é muito complicado, no entanto se houver alguma parte no tutorial que esteja confusa avisem que eu tento explicar melhor.

    Cumps.



    Preparar o computador para o Folding

    Neste parte vou de uma forma muito sucinta dar algumas dicas para optimizares o teu pc para o Folding.
    1- Desactiva o screensaver, o system standby e a hibernação. Para isso clicas em qualquer parte do sistema de trabalho com o botão direito do rato e clicas em propriedades. Depois vais ao tab que diz Screen Saver e seleccionas nenhum. De seguida em baixo onde diz Monitor power. Depois no tab Power Schemes coloca-se no System Standby e no Desligar os discos rígidos, a opção nunca. Na opção acerca de desligar o monitor podem colocar por exemplo 20 minutos. O que vai suceder é que sempre que não estiverem à frente do PC após esse peiordo de tempo o monitor desliga poupamdo-se desta forma energia e não afectando o Folding.
    Na tab Hibernate deve estar desactivada essa opção.
    2- Como é obvio devem ter os vossos PCs livres de spywares e de virús. Mantenham sempre os vossos PCs com um antivirus actulaizado e não abram todos os mails que vão parar às vossas caixas de correio. Evitem problemas.
    3- Devem usar a última versão do programa. O programa por vezes sofre actualizações que procuram resolver pequenos problemas pelo que devem procurar ter a última versão do mesmo. Acerca da configuração dos vários clientes que se podem usar (modo gráfico, consola e screensaver - este último não recomendo).
    4- Por último resta-me convencer-vos a deixarem o pC ligado 24 sobre 24 horas. Um PC que está poucas horas ligadas processa pouco trabalho como devem imaginar.



    TWEAKS AVANÇADOS

    Nesta parte não estou muito to à vontade. Mas é o que sei até agora.
    Devem experimentar e depois coloarem as vossas opiniões. Assim iremos tendo uma melhor ideia do que acontece com estes tweaks e se eles são ou não úteis. Conto com todos para isso.
    Vou pressupor que todos têm o programa a correr mal iniciam o PC. Vamos fazer da forma mais simples que conheço. A outra forma é colocarem as Flags no EMCIII. Mas para já vamos ficar com a formas mais simples.
    Vão ao botão Iniciar > Programas > Startup. Aqui vão ver o icon do Folding. Clicam com o botão direito do rato em cima dele e selecionam Propriedades. Na janela onde diz target podem escrever a flag que pretendem usar. Devem ter qualquer coisa como C:\FAH1|FAH4Console.exe. Aqui vão escrever então a flag que pretendem usar.
    Para que fique a funcionar devem dar um espaço a seguir ao exe e depois colocar um hifen e escreverem então a flag.
    Exemplo:
    Querem adicionar a flag -local
    Para o exemplo em cima ficaria assim: C:\FAH1|FAH4Console.exe. -local
    Faziam OK e saiam da janela.
    Outro exemplo:
    Queriam colocar as flags -local e -advmethods
    Ficaria C:\FAH1|FAH4Console.exe. -local-advmethods
    Fica aqui com as principais flagsque podem usar
    Fonte: http://www.stanford.edu/group/pandegroup/folding/console-userguide.html

    -local
    Use configuration files from local directory. This option has no meaning on Linux, but is vital on Windows and Macintosh for running multiple clients on a machine. It instructs the client to read its config information from the client.cfg file in the current directory rather than, on Windows, from the installation directory specified in the registry, or, on Macintosh, the [email protected] directory. Information such as the user name, team name, proxy information, machine ID are maintained in the client.cfg file. The flag ensures that work does not conflict. Use "-local" only if you are planning on running more than one instance of [email protected] on the same machine (this is only useful if you are running on a multi-processor machine). Create as many directories as there are processors on the machine, copy the exe files and client.cfg file into each of these directories, run "FAH3Console -local -config" on each and specify unique machine IDs for each directory (under the Advanced Settings option). From then onwards you may run each copy by switching to its directory and running with the -local flag.

    -advmethods
    Request to be assigned any new Cores or work units.

    -forceSSE
    On machines with an AMD processor, Core_78 gives priority to 3DNow over SSE -- this overrides that.

    -forceasm
    Instruct the core to use SSE/3DNow assembly instructions if possible, even if it has previously made the determination that the machine may not be handling this well.

    Eu só estou a usar a flag –local. Estou a correr duas consolas em simultâneo e tenho Pentium 4. Para quem tem AMD a Flag –forceasm e a –forceSSE parecem trazer vantagens.
    Espero ter ajudado com esta parte. Dúvidas e sugestões é só dizer.


    Peço a todos que queiram colaborar na realização de tutoriais ou que encontrem algum erro ou link útil que o partilhem.
    A equipa é de todos nós. Todos os contributos são bem-vindos.
     
    Última edição: 1 de Novembro de 2010
  2. DreamOn

    DreamOn Folding Member

    Ja sakei o programa. mas nao consigo que ele conecte.
    O que podera ser?! :rolleyes:
     
  3. Metro

    Metro Benevolent Dictator For Life
    Staff Member

    Bem vindo à causa:)
    Não sei se tens uma firewall. O programa precisa de ter a porta 8080 aberta. Se tiveres um router da Linksys é facil abrir a porta.
    Entretanto desliga o programa e volta a ligar duas ou três vezes.
    Se escolheste o modo gráfico tens o icon que aparece no sistem tray e aparece em Start - Programas - [email protected]
    No modo gráfico podes ver no canto inferior esquerdo o que está a suceder. No meu caso aparece Working.
    Mais alguma duvida apita. Como és de Coimbra é só dizer:D

    Precisamos de todo o poder de computação que conseguirmos arranjar. A usar 50% do CPU à 24 horas ainda só tenho 64% da primeira tarefa completa.
     
  4. Nemesis11

    Nemesis11 Power Member

    Já conhecia o projecto. Sempre me pareceu interessante.
    Meti uma máquina a correr o folding, mas é fraquinha. Se no teu vai a 64%, então lá para fevereiro devo ter o 1º resultado :D.
     
  5. Metro

    Metro Benevolent Dictator For Life
    Staff Member

    O que interessa é participar. e aumentarmos o numero de elementos da equipa. Se cada um contribuir vamos melhorar de certeza. Além disso tenho esperança que coloques a estrela da companhia a participar no projecto:)

    DreamOn:
    Lembrei-me de outra coisa:
    No icon do programa no sistem tray clicas com o botão direita do rato e clicas em Configure. No segundo tab que corresponde a Connection selecciona
    Use Internet Explorer Connection Settings.
    Depois diz alguma coisa.
     
    Última edição: 25 de Janeiro de 2004
  6. DreamOn

    DreamOn Folding Member

    Por em use Internet Explorer Connection Settings, já tinha esperimentado, mas sem resultado.
    Pois, estou com um router da zoom, mas eu de redes pouco, ou nada..:sad: percebo :rolleyes:
    Newbie question, como faço para abrir a tal porta?! :sad:
     
  7. Metro

    Metro Benevolent Dictator For Life
    Staff Member

    Então é isso.
    O router não tem a porta aberta. Isso fazes na configuração do router. Por acaso não usas o emule e não sabes como fizeste para o colocar a funcionar. O principio é o mesmo.
    Vou ver se descubro e se consigo ajudar mais.
     
  8. DreamOn

    DreamOn Folding Member

    Desde que tenho o router ainda nao usei o emule, isto porque ando aqui em mudanças. Agora estou no meu pc velhito ( pII :D ) pois encomendei board nova para o p4, mas faltame ainda o dissipador..
    Vou tentar informarme..:)
     
  9. The_Unknown

    The_Unknown I fold therefore I AM

    Mais um para a equipa :)
     
  10. Metro

    Metro Benevolent Dictator For Life
    Staff Member

    Sê muito bem vindo:)
    Pedia a te a ti e a todos os que se inscreverem que coloquem aqui a máquina onde estão a correr o programa.
    Nick
    Processador e velocidade
    Quantidade de RAM
    E gráfica porque tb tem alguma influência.
    Colocarei esses dados no 1º post.
    Mais uma vez. BEM VINDO.
     
  11. The_Unknown

    The_Unknown I fold therefore I AM

    Obrigado, espero poder dar um bom contributo :)

    Aqui vão as características da máquina que corre o programa:

    Pentium4 [email protected]
    768 MBytes RAM
    Geforce4 [email protected]

    O nick é o mesmo do fórum.
     
  12. Metro

    Metro Benevolent Dictator For Life
    Staff Member

    Update feito:)
     
  13. ojdr2001

    ojdr2001 OC Legend

  14. Metro

    Metro Benevolent Dictator For Life
    Staff Member

    Parece que a nossa equipa já tem um resultado. Parece que nunca mais acabava a primeira unidade.
    http://folding.stanford.edu/cgi-bin/teampage?q=35271
    Estamos em 7318. A partir daqui é sempre a subir.
    Estou convencido que conseguiremos chegar ao top 100 antes do ano 2024:D

    Continuo sem perceber nada de como se altera a configuração do programa em modo texto.
    Existem mais dois elementos que nos próximos dias se vão juntar à equipa.
    É preciso é ter calma.

    Editado: Já estamos em 6693. Subimos 625 posições.
     
    Última edição: 26 de Janeiro de 2004
  15. The_Unknown

    The_Unknown I fold therefore I AM

  16. Metro

    Metro Benevolent Dictator For Life
    Staff Member

    Esse link está fantástico.

    Deixo aqui mais uns que entretanto descobri:

    Link sobre o impacto que tem correr o programa. Pode ser que este artigo convença alguns overclockers a juntarem-se à equipa:)
    http://tech-report.com/etc/2002q4/foldingimpact/index.x?pg=1

    Forum do [email protected]
    http://forum.folding-community.org/

    Temos que fazer um tutorial. Tenho que arranjar algum tempo.
     
  17. ZIPPO

    ZIPPO I quit My Job for Folding

    OK ja lá estou...

    Ok Metro, ja instalei e esta a correr as mil maravilhas, já tenho um qurto de circulo.
    Feliz por poder ajudar esta maravilhosa ideia.
     
  18. The_Unknown

    The_Unknown I fold therefore I AM

    Infelizmente vou ter de me afastar por uns tempos disto pois as minhas temperaturas chegam aos 60º C, mesmo quando meto o uso do processador a apenas 50%..

    Força nisso à mesma :)

    PS: Já agora deixo aqui um site que possibilita a criação de assinaturas com os dados processados pelo programa -> http://www.statgfx.com
     
  19. Metro

    Metro Benevolent Dictator For Life
    Staff Member

    Tens que rever é o modo como esse CPU está a ser arrefecido. Se precisares de alguma ajuda avisa. Entretanto podes continuar a ajudar a equipa. Podes fazer algum tutorial ou mais simples divulgar a ideia. Quanto mais melhor.
    Os links que tens colocado têm sido muito informativos:)
     
  20. Metro

    Metro Benevolent Dictator For Life
    Staff Member

    Actualizei o primeiro post com imagens de como configurar correctamente o modo gráfico do programa.
    Já temos 3 membros da equipa com WUs terminadas. A equipa vai ganhando forma. Nas próximas horas devemos ter mais membros a terminar a primeira WU o que fará com que apareçam na página das estatísticas da equipa.
    Afinal o The_Unknown não desistiu e contribuiu já com duas WU.
    É bom saber isso. Espero que já tenhas dado a volta a essas temperaturas elevadas.
    Tenho mais uns links utéis para colocar aqui. Vou ver se amanha consigo coloca-los aqui.
    Keep folding:)
     

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