[Portugal@Folding] Tempo que demoram a processar WUs

Cruzeta disse:
Boas,
Aí há alguma coisa de errado!! O meu P4 2.4 @ 2.4 com 256MB faz aquelas 1800 de 77 pontos a 5 minutos por %! Pelas minhas contas dá pouco mais de 8 horas!
Cumps
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5 minutos?
Estou com um Willy [email protected]/533, com uma dessas 1800 e está a demorar muito mais.

[17:28:07] Completed 880000 out of 2000000 steps (44)
[17:46:27] Completed 900000 out of 2000000 steps (45)
[18:04:07] Completed 920000 out of 2000000 steps (46)
[18:20:21] Completed 940000 out of 2000000 steps (47)
[18:37:41] Completed 960000 out of 2000000 steps (48)
[18:56:23] Completed 980000 out of 2000000 steps (49)
[19:14:09] Completed 1000000 out of 2000000 steps (50)
[19:29:20] Completed 1020000 out of 2000000 steps (51)
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Não estás a contar com os "writing local files" e "writing checkpoint files" que vão aparecendo?
 
pois..eu tb acho estranho.... provavelmente este folding so corre quando eu tenho o logon na minha conta.. e quando eu faco logon normalmente tou smp a usar o pc.. :P logo sera por causa disso que isto fica mais lento?

o meu trabalho nao é nada de especial.. surfar na net,ver os forums etc etc:P

_zZz_

edit:

eis o que diz o meu log :

15:02:03] Restarting from checkpointed files.
[15:02:03]
[15:02:03] Protein: p1108_Kiefhaber_20
[15:02:03] - Run: 4 (Clone 49, Gen 47)
[15:02:03] - Frames Completed: 2, Remaining: 38
[15:02:03] - Dynamic steps required: 1900000
[15:02:03]
[15:02:04] Writing local files:
[15:02:04]
[15:02:04] parameters work/wudata_02.prm
[15:02:04] - Writing "work/wudata_02.key": (overwrite) successful.
[15:02:04] - Writing "work/wudata_02.xyz": (overwrite) successful.
[15:02:11] - Writing "work/wudata_02.prm": (overwrite) successful.
[15:02:39] - Writing "work/wudata_02.key": (append) successful.
[15:02:39]
[15:02:39] PROJECT="work/wudata_02", NSTEPS=1900000, DT=2.0000, DTDUMP=100.000000, TEMP=296.00
[15:02:40] TINKER: Software Tools for Molecular Design
[15:02:40] Version 3.8 October 2000
[15:02:40] Copyright (c) Jay William Ponder 1990-2000
[15:02:40] portions Copyright (c) Michael Shirts 2001
[15:02:40] portions Copyright (c) Vijay S Pande 2001
[15:33:04] Finished a frame (3)
[16:03:37] Finished a frame (4)
[16:34:13] Finished a frame (5)
[17:04:50] Finished a frame (6)
[17:35:35] Finished a frame (7)
[18:06:11] Finished a frame (8)
[18:37:08] Finished a frame (9)
[19:07:51] Finished a frame (10)
[19:38:56] Finished a frame (11)
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isto é so de um cpu (ta com o ht ligado)
 
Última edição:
Não sei ajudar aqui.
Poderá ser do Run; Gen e o Clone serem diferentes de uns para os outros?
Estou mesmo a zero nisto:(
 
NeoToPower disse:
Btw... sabem como faço pra que o EMIII faça o upload directamente para o nosso espaço web?
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Fantástico NeoToPower :x2:
Explica-te :D
Isso só dá para fazer com o EMIII? Aquilo se bem me lembro tem lá uma opção qq para passar a HTML
 
o EMIII apenas cria um ficheiro HTML com esses dados.

n faz upload automaticamente para qlqr servidor.

podes é correr um cliente ftp qlqr e fazeres schedule para te fazer o uplaod. la no EMIII ate tem a opçao de correr um programa a tua escolha cada vez que ele actualiza o ficheiro, já deve ser c esse proposito
 
Metro disse:
Não sei ajudar aqui.
Poderá ser do Run; Gen e o Clone serem diferentes de uns para os outros?
Estou mesmo a zero nisto:(
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Boas,
Não sei se será disso... Exemplo: tenho colocado um P3 a 900MHz a foldar as de 600 pontos... quando ligo o pc e ele automaticamente corre o programa, chega a demorar 4 horas por frame... se eu desligar o programa e, depois de ele carregar tudo, ligar novamente ele já me demora 1H55... Isto acontece-me em todos os cpu's por isso é que às vezes tou atento ao tempo que está a demorar... Se eu achar que está a demorar muito, ligo e corro novamente.. Mas também já tenho +/- de cabeça o tempo que demora se tudo correr bem... Um problema que às vezes me acontece é eu desligar o pc, ligá-lo novamente e ele diz-me que os "checksums don't match" e volta a começar a mesma WU... Aconteceu-me isso no P3 com uma de 600 (a 1ª) e estava a 90 e tal % ou seja, perdi quase uma semana de trabalho...
 
Cruzeta disse:
Boas,
Não sei se será disso... Exemplo: tenho colocado um P3 a 900MHz a foldar as de 600 pontos... quando ligo o pc e ele automaticamente corre o programa, chega a demorar 4 horas por frame... se eu desligar o programa e, depois de ele carregar tudo, ligar novamente ele já me demora 1H55... Isto acontece-me em todos os cpu's por isso é que às vezes tou atento ao tempo que está a demorar... Se eu achar que está a demorar muito, ligo e corro novamente.. Mas também já tenho +/- de cabeça o tempo que demora se tudo correr bem... Um problema que às vezes me acontece é eu desligar o pc, ligá-lo novamente e ele diz-me que os "checksums don't match" e volta a começar a mesma WU... Aconteceu-me isso no P3 com uma de 600 (a 1ª) e estava a 90 e tal % ou seja, perdi quase uma semana de trabalho...
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Ora ai estão coisas que eu não sabia. Nunca li nada sobre isso.
 
Dazkarieh disse:
Estava-me a referir àkilu de se desligar e ligar ficar mais rápido? Isso é geral ou só Pentium?
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Boas,
Fazes uma boa pergunta à qual não te sei responder.... o pc do meu cunhado está a 350Km :) e ele só me diz que WU's é que está a fazer
 
hum... Bem, eu hoje fiz a minha primeira WU, e ontem por esta hora dizia +- 100/2000.... Que isto ker dizer? demorei +- 15, 16hr a fazer a WU! É bom? acho que hoje vou meter a bombar outra :D
 
Celeron

Bem... Se alguém tem Celerons (dos penultimos ou seja Non-D) isto mais vale quase tar kieto k a Foldar... Tou a demorar +/- 30min por frame numa Wu de 250... E' a p1141_RIBO_FSpeptide... GROMACS core... Isto num Celeron a 126x20 aka 3025Mhz... FSB=504

E' muito lento ou e' dentro da média ? Tenho ideia k com o meu Athlon XP era bem mais rápido... (A minha board foi para RMA)
 
Cruzeta, fiz akilu k disses-te já duas vezes e não axei diferença nenhuma.. :rolleyes:

Se mais alguem reparar nisso depois diga..

[[ ]]
 
Última edição:
God_Lx disse:
Bem... Se alguém tem Celerons (dos penultimos ou seja Non-D) isto mais vale quase tar kieto k a Foldar... Tou a demorar +/- 30min por frame numa Wu de 250... E' a p1141_RIBO_FSpeptide... GROMACS core... Isto num Celeron a 126x20 aka 3025Mhz... FSB=504

E' muito lento ou e' dentro da média ? Tenho ideia k com o meu Athlon XP era bem mais rápido... (A minha board foi para RMA)
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Boas,
A 1141RIBO é de 600 pontos não de 250!
 
Chamo mais uma vez a atenção para a confusão entre frames e pontos.
Os frames é o que aparece nas WUs.
Por exemplo 100; 250; 400. E depois à medida que ela vai ficando completa o que vêm é 100/400 por exemplo
Os pontos podem ver aqui pelo nome da proteina.
Netse ink têm muita informação de cada proteina:)

http://vspx27.stanford.edu/psummary.html
 
Frames

Eu estava a falar de Frames e não de pontos :) Acabei por fikar sem saber se tava dentro da média ou não... Mas bem aki vão dados mais concretos doutra Wu :)

[03:06:18] Protein: p1138_p1132_L939_K12M_355K
[03:06:18] - Run: 401 (Clone 31, Gen 0)
-----------------------------
[16:50:57] Finished a frame (190)
[16:57:10] Finished a frame (191)
[17:03:24] Finished a frame (192)
[17:09:37] Finished a frame (193)
[17:15:51] Finished a frame (194)
[17:22:06] Finished a frame (195)
[17:28:20] Finished a frame (196)
[17:34:34] Finished a frame (197)
[17:40:49] Finished a frame (198)
[17:47:04] Finished a frame (199)
[17:53:20] Finished a frame (200)
 
Epah..esta proteína rende..

É rapida e são 362 pontos

[03:58:33] Preparing to commence simulation
[03:58:33] - Looking at optimizations...
[03:58:33] - Created dyn
[03:58:33] - Files status OK
[03:58:39] - Expanded 3633307 -> 18750153 (decompressed 516.0 percent)
[03:58:39] - Starting from initial work packet
[03:58:39]
[03:58:39] Project: 1475 (Run 72, Clone 7, Gen 2)
[03:58:39]
[03:58:41] Assembly optimizations on if available.
[03:58:41] Entering M.D.
[03:58:48] Protein: p1475_tet1_03_1
[03:58:48]
[03:58:48] Writing local files
[03:58:53] Extra SSE boost OK.
[03:58:53] Writing local files
[03:58:54] Completed 0 out of 125000 steps (0)
[04:10:39] Writing local files
[04:10:39] Completed 1250 out of 125000 steps (1)
[04:22:25] Writing local files
[04:22:25] Completed 2500 out of 125000 steps (2)
[04:34:10] Writing local files
[04:34:10] Completed 3750 out of 125000 steps (3)
[04:45:55] Writing local files
[04:45:55] Completed 5000 out of 125000 steps (4)
[04:57:40] Writing local files
[04:57:40] Completed 6250 out of 125000 steps (5)
[05:09:25] Writing local files
[05:09:25] Completed 7500 out of 125000 steps (6)
[05:21:09] Writing local files
[05:21:10] Completed 8750 out of 125000 steps (7)
[05:32:55] Writing local files
[05:32:55] Completed 10000 out of 125000 steps (8)
[05:44:46] Writing local files
[05:44:46] Completed 11250 out of 125000 steps (9)
[05:56:31] Writing local files
[05:56:32] Completed 12500 out of 125000 steps (10)
[06:08:17] Writing local files
[06:08:17] Completed 13750 out of 125000 steps (11)
[06:20:02] Writing local files
[06:20:02] Completed 15000 out of 125000 steps (12)
[06:31:47] Writing local files
[06:31:47] Completed 16250 out of 125000 steps (13)
[06:43:32] Writing local files
[06:43:33] Completed 17500 out of 125000 steps (14)
[06:55:17] Writing local files

Barreira dos 2000 pontos tb já passada :) :001:
 
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