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[email protected] Tudo o que precisas de saber em 5 minutos.

Discussão em '[email protected]' iniciada por Metro, 13 de Dezembro de 2005. (Respostas: 180; Visualizações: 37730)

  1. Metro

    Metro Benevolent Dictator For Life
    Staff Member

    Temos tido vários pedidos para colocar um post em vários locais com os aspectos mais básicos do [email protected]
    Estive aqui puxar pela cabeça e saiu isto. O objectivo era que sai-se algo em formato de perguntas e respostas, simples, não muito grande poque senão ninguém lê e num formato "forum style" (isto inventei agora:D).

    Leiam e depois comentem se acham que está bem. Uma boa forma de saber se isto atinge o objectivo é darem a ler a pessoas que nunca ouviram falar disto. O que é dificil se for pessoal que nos rodeia:)

    XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX



    Antes de mais bem-vindo:)
    Este pretende ser um guia o mais sucinto possivel sobre o que é o [email protected]
    Texto revisto e editado por JoanaPT


    O que é o [email protected]?

    [email protected] é o nome da maior equipa portuguesa a participar no projecto de computação distribuída [email protected] A nossa equipa tem o número 35271. Para a ajudar a subir no ranking mundial por equipas basta transferir o programa (falaremos disso mais adiante), colocar o seu nome/nick e o número da nossa equipa no campo Team Number.



    O que é o [email protected]?

    O [email protected] é um projecto não lucrativo que visa conhecer a forma como as proteínas que fazem parte do nosso organismo se enrolam, para levar a cabo as suas funções que são muitas e variadas. Os resultados do nosso contributo e de milhares de membros por todo o mundo são disponibilizados pelos responsáveis do projecto em revistas da especialidade.
    É o projecto de computação distribuída com mais resultados publicados e com resultados muito promissores. O projecto é dirigido pelo Professor Vijay Pande da Universidade de Stanford nos Estados Unidos da América.
    Aqui podem encontrar os artigos publicados pelo projecto: http://www.stanford.edu/group/pandeg...ng/papers.html
    Aqui podem encontrar um resumo dos últimos avanços conseguidos pelo projecto: http://portal.portugalfolding.org/artigo.php?artigo=111



    Como é que sei que não estou a ajudar a construir uma bomba atómica em vez de descobrir a cura para várias doenças?

    Esta é uma pergunta que todos já nos fizemos alguma vez. Em primeiro lugar o projecto é dirigido por uma Universidade. Não tem fins lucrativos. Os seus resultados são submetidos para publicação em revistas científicas que utilizam critérios rigorosos de publicação. O projecto tem 5 anos e tem apresentado cada vez mais resultados.



    Eu gostava de ajudar, mas isto não é perigoso para o meu computador? Não vou ficar infectado com um vírus?

    Não. O programa corre em baixa prioridade nos PCs. Isto quer dizer que aproveita os recursos que não estão a ser utilizados no momento em que o programa estiver a ser executado. Sempre que um programa novo é iniciado, o programa liberta recursos. No dia a dia não vão notar que têm o programa a correr.

    O problema dos vírus não se coloca. Para além do facto de o programa só estar disponível no site oficial do projecto, que é uma fonte insuspeita, o [email protected] só se liga à Internet (e mais especificamente aos servidores da Universidade de Stanford onde estão a ser estudados os projectos) para receber e enviar trabalho (denominado WU, a abreviatura de Workunit, ou seja , traduzindo para Português, unidade de trabalho). O programa transfere para o nosso computador uma WU que é uma porção de uma proteína e processa-a. Quando termina envia o resultado e descarrega uma nova WU e assim sucessivamente.

    É necessário que o PC esteja ligado à Internet para poder receber e enviar as WUs. De resto não necessita de estar ligado. O tráfego gerado é muito pequeno porque as WUs variam entre menos de 1MB e 5MB no máximo, e as maiores demoram vários dias a serem processadas.



    Como é que experimento?

    Antes de instalar o programa é importante ter os seguintes pontos em atenção:

    1º O programa deve ser instalado em computadores que possuímos. Não deve ser instalado em qualquer computador sem o conhecimento do dono, pois também não gostaríamos que utilizassem as nossas coisas sem o nosso consentimento. É sempre preferível pedir autorização e correr o programa com conhecimento de todos.

    2º São muito poucos os cuidados a ter quando se corre o [email protected], no entanto é importante que o PC seja relativamente recente para que possa ajudar o mais possível. Que esteja estável para que os cálculos sejam correctamente efectuados. Computadores instáveis resultam em cálculos errados e assim não estamos a ajudar o projecto, estamos a atrasar. Ter em atenção as temperaturas, visto que o programa vai usar mais recursos, o que leva a um aumento da temperatura, nomeadamente do processador.
    Se tiverem dúvidas quanto a algum destes aspectos, nós podemos sempre ajudar no fórum ou no IRC, no canal [email protected] da PTNet. Os computadores actuais trazem um programa para monitorizar as temperaturas.



    Mas onde está o programa para instalar?

    Estava a ver que nunca mais perguntavam :)

    O programa, como disse anteriormente, encontra-se apenas disponível na página do projecto.

    Página do projecto: http://folding.stanford.edu/
    Página para a transferência do programa: http://folding.stanford.edu/download.html
    Devem aceder para transferirem o programa. Para isso basta seleccionarem o vosso sistema operativo.
    Existem dois clientes: Um em modo texto, também designado por consola, que mais não é do que uma janela de texto que indica o que foi processado, e um modo gráfico. Para os que jogam no PC devem usar o modo consola, porque o OpenGL não consegue correr em dois programas diferentes ao mesmo tempo. Se usarem o modo gráfico, que usa OpenGL, o Folding vai-se desligar.

    Na página da nossa equipa temos todos os tutoriais que necessitam para colocar o programa a correr:
    Página da nossa equipa: www.portugalfolding.org
    Parte dos tutoriais para o Windows com imagens: http://portal.portugalfolding.org/dossier.php?dossier=Windows



    Onde posso ver a posição da nossa equipa e as estatísticas gerais?

    Ranking mundial por equipas: http://folding.extremeoverclocking.com/team_overtake.php?s=&t=35271

    Produção diária da nossa equipa: http://folding.extremeoverclocking.com/team_summary.php?s=&t=35271

    Todos os membros da equipa: http://folding.extremeoverclocking.com/user_list.php?s=&t=35271



    Se não puderem ajudar divulguem a nossa equipa e o projecto. Amanhã poderemos ser nós a necessitar.
    Ajudem esta causa. Nós ajudamos :).

    [email protected]
     
    Última edição: 16 de Abril de 2009
  2. crazyIV

    crazyIV I fold therefore I AM

    simples e explicito...
    melhor nao é possivel...
    foi uma boa ideia a de pores perguntas/respostas
    isto para ppl q nao entende muito de comp. esta muito acessivel;)
    os meus parabens!!:)

    ps.- nao inventes mais pq depois vai ficar mais complicado:002: :002: :x2:

    edit.- nao estamos a azul... mas sim a cor de rosa...(a nao ser q pertenças a newz.dk:002:)
     
    Última edição: 13 de Dezembro de 2005
  3. Metro

    Metro Benevolent Dictator For Life
    Staff Member

    Referia-me à tabela mesmo. De qq forma para quem não sabe está confuso. É uma coisa a alterar.:)
     
  4. shello

    shello Moderador
    Staff Member

    Achei dois erros/lapsos:
    One Link is missing...

    Muda o Tb para Também e o qq para qualquer :P lol já que estars a escrever "direitinho" no post todo, nao te armes em rebelde :lol::lol: :P [J/K]

    Alem do "azul" que supostamente é rosa :P

    Abraços!

    P.S: Falta o ontopic principal: ta mesmo muio bom e facli de compreender... activei o meu |n00b mode| por ums 5 minutos e consegui perceber o que raio era o [email protected]
    Ta simples e feito de um modeo simpático (se não fosse um tipo de media estatico, mais um pouco, interagia com o utilizador :lol:)

    #edit: Vai já substituir o que ta no blog! ;)
    http://theshello.wordpress.com ao lado direito :)

    #edit:
    Achava melhor tirar o "nos Estados Unidos da América." porque nem todos gostam da america. Pode parecer um pouco troll o que tou a dizer, mas se dessermos só "da Universidade de Stanford" estamos a mostrar que há responsabilidade (e se meter-mos nos EUA acho que a tamos a tirar, para algumas pessoas...:rolleyes:)
    É o que eu acho... :\ Este é apenas um comment... ;)


    #edit: Achei mais outro também alugueres no texto... é uma questão de fazer um search com o firefox/opera à pagina;)

    correcção: "ajudar" [acho eu...]
     
    Última edição: 13 de Dezembro de 2005
  5. blueangelman

    blueangelman 1st Folding then Sex

    ta mto bom Metro..belos reparos Shello..:D
     
  6. Sway

    Sway To fold or to FOLD?

    aquilo da confusão azul/cor de rosa é muito simples... quando estão a ver o gráfico scroll para baixo que vão encontrar o tal azul!
     
  7. Metro

    Metro Benevolent Dictator For Life
    Staff Member

    Feitas as alterações que tinha sugerido e acrescentei a parte de instalar o modo consola para o pessoal que joga no PC.

    Siga a rusga:)
     
  8. Barata

    Barata I folded Myself

    Mas não se devia fomentar a instalação, unicamente, do modo consola? Pelo menos é aquela que melhor aproveita os recursos... digo eu.
     
  9. Metro

    Metro Benevolent Dictator For Life
    Staff Member

    Sim sem duvida.
    Mas temos que ter presente que muitas pessoas percebem pouco de pcs e em segundo se não colocam como serviço ficam com uma janela sempre aberta ou complica-se mais um pouco ao ter que descarregar um programa para a fazer desaparecer.
    O modo grafico tem a vantagem de reduzir em muito a complexidade e na minha opinião devemos ter isso sempre presente pq nunca sabemos os conhecimentos de quem está do outro lado.

    Os que verdadeiramente tomam o gosto rapidamente trocam o modo gráfico pelo modo consola.
     
  10. shello

    shello Moderador
    Staff Member

    Sou um exemplo vivo disso :D

    BTW, vou fazer update na blog ;)

    #edit: metro, n disse aqui, porque me esqueci, mas isto rulou mesmo... o que eu me ri...
    :lol::lol::lol::lol::lol::lol:

    #edit: Alterado no Blog!
    @Metro: Sempre que fizeres alterações na página avisa (Nem que seja só por MSN/PM (se não der muito trabalho), se o update for minimal) ;)
     
    Última edição: 13 de Dezembro de 2005
  11. Metro

    Metro Benevolent Dictator For Life
    Staff Member

    Alterei quase no fim do post ajudam por ajudar por sugestão do blue.
    estava errado:)

    A versão que tens no blog está bem.
    Já consegues mexer bem no wordpress:D
     
  12. shello

    shello Moderador
    Staff Member

    LOL aquela versão e mt limitada :\
    [[]]
     
  13. blueangelman

    blueangelman 1st Folding then Sex

    está excelente[​IMG]..obrigado a ti pela disponibilidade.:p
     
  14. JoanaPT

    JoanaPT I'm cool cuz I Fold

    Aqui vai uma proposta para um pequeno lifting ao guia, saída do trabalho da equipa JoanaPT (aka xau) / shello.

    O trabalho foi feito na base da correcção ortográfica, gramatical e lexical quanto a vocábulos que não se encontram de acordo com o estabelecido no português de Portugal.


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    Antes de mais bem-vindo:)
    Este pretende ser um guia o mais sucinto possível sobre o que é o [email protected]



    O que é o [email protected]?

    [email protected] é o nome da maior equipa portuguesa a participar no projecto de computação distribuída [email protected] A nossa equipa tem o número 35271. Para a ajudar a subir no ranking mundial por equipas basta transferir o programa (falaremos disso mais adiante), colocar o seu nome/nick e o número da nossa equipa no campo Team Number.



    O que é o [email protected]?

    O [email protected] é um projecto não lucrativo que visa conhecer a forma como as proteínas que fazem parte do nosso organismo se enrolam, para levar a cabo as suas funções que são muitas e variadas. Os resultados do nosso contributo e de milhares de membros por todo o mundo são disponibilizados pelos responsáveis do projecto em revistas da especialidade.
    É o projecto de computação distribuída com mais resultados publicados e com resultados muito promissores. O projecto é dirigido pelo Professor Vijay Pande da Universidade de Stanford nos Estados Unidos da América.
    Aqui podem encontrar os artigos publicados pelo projecto: http://www.stanford.edu/group/pandeg...ng/papers.html
    Aqui podem encontrar um resumo dos últimos avanços conseguidos pelo projecto: http://portal.portugalfolding.com/artigo.php?artigo=111



    Como é que sei que não estou a ajudar a construir uma bomba atómica em vez de descobrir a cura para várias doenças?

    Esta é uma pergunta que todos já nos fizemos alguma vez. Em primeiro lugar o projecto é dirigido por uma Universidade. Não tem fins lucrativos. Os seus resultados são submetidos para publicação em revistas científicas que utilizam critérios rigorosos de publicação. O projecto tem 5 anos e tem apresentado cada vez mais resultados.



    Eu gostava de ajudar, mas isto não é perigoso para o meu computador? Não vou ficar infectado com um vírus?

    Não. O programa corre em baixa prioridade nos PCs. Isto quer dizer que aproveita os recursos que não estão a ser utilizados no momento em que o programa estiver a ser executado. Sempre que um programa novo é iniciado, o programa liberta recursos. No dia a dia não vão notar que têm o programa a correr.

    O problema dos vírus não se coloca. Para além do facto de o programa só estar disponível no site oficial do projecto, que é uma fonte insuspeita, o [email protected] só se liga à Internet (e mais especificamente aos servidores da Universidade de Stanford onde estão a ser estudados os projectos) para receber e enviar trabalho (denominado WU, a abreviatura de Workunit, ou seja , traduzindo para Português, unidade de trabalho). O programa transfere para o nosso computador uma WU que é uma porção de uma proteína e processa-a. Quando termina envia o resultado e descarrega uma nova WU e assim sucessivamente.

    É necessário que o PC esteja ligado à Internet para poder receber e enviar as WUs. De resto não necessita de estar ligado. O tráfego gerado é muito pequeno porque as WUs variam entre menos de 1MB e 5MB no máximo, e as maiores demoram vários dias a serem processadas.



    Como é que experimento?

    Antes de instalar o programa é importante ter os seguintes pontos em atenção:

    1º O programa deve ser instalado em computadores que possuímos. Não deve ser instalado em qualquer computador sem o conhecimento do dono, pois também não gostaríamos que utilizassem as nossas coisas sem o nosso consentimento. É sempre preferível pedir autorização e correr o programa com conhecimento de todos.

    2º São muito poucos os cuidados a ter quando se corre o [email protected], no entanto é importante que o PC seja relativamente recente para que possa ajudar o mais possível. Que esteja estável para que os cálculos sejam correctamente efectuados. Computadores instáveis resultam em cálculos errados e assim não estamos a ajudar o projecto, estamos a atrasar. Ter em atenção as temperaturas, visto que o programa vai usar mais recursos, o que leva a um aumento da temperatura, nomeadamente do processador.
    Se tiverem dúvidas quanto a algum destes aspectos, nós podemos sempre ajudar no fórum ou no IRC, no canal [email protected] da PTNet. Os computadores actuais trazem um programa para monitorizar as temperaturas.



    Mas onde está o programa para instalar?

    Estava a ver que nunca mais perguntavam :)

    O programa, como disse anteriormente, encontra-se apenas disponível na página do projecto.

    Página do projecto: http://folding.stanford.edu/
    Página para a transferência do programa: http://folding.stanford.edu/download.html
    Devem aceder para transferirem o programa. Para isso basta seleccionarem o vosso sistema operativo.
    Existem dois clientes: Um em modo texto, também designado por consola, que mais não é do que uma janela de texto que indica o que foi processado, e um modo gráfico. Para os que jogam no PC devem usar o modo consola, porque o OpenGL não consegue correr em dois programas diferentes ao mesmo tempo. Se usarem o modo gráfico, que usa OpenGL, o Folding vai-se desligar.

    Na página da nossa equipa temos todos os tutoriais que necessitam para colocar o programa a correr:
    Página da nossa equipa: www.portugalfolding.org
    Parte dos tutoriais para o Windows com imagens: http://portal.portugalfolding.com/dossier.php?dossier=Windows



    Onde posso ver a posição da nossa equipa e as estatísticas gerais?

    Ranking mundial por equipas: http://folding.extremeoverclocking.com/team_overtake.php?s=&t=35271

    Produção diária da nossa equipa: http://folding.extremeoverclocking.com/team_summary.php?s=&t=35271

    Todos os membros da equipa: http://folding.extremeoverclocking.com/user_list.php?s=&t=35271



    Se não puderem ajudar divulguem a nossa equipa e o projecto. Amanhã poderemos ser nós a necessitar.
    Ajudem esta causa. Nós ajudamos :).

    [email protected]
     
    Última edição: 29 de Janeiro de 2006
  15. Metro

    Metro Benevolent Dictator For Life
    Staff Member

    Joana:
    Excelente.
    Colocado no primeiro post com referencia a ti como é obvio:)
    Todas as ajudas são bem-vindas:)
     
  16. Meje

    Meje Power Member

    Ainda não consegui perceber onde é que a parte da biologia entra nisto:

    "O [email protected] é um projecto não lucrativo que visa conhecer a forma como as proteínas que fazem parte do nosso organismo se enrolam, para levar a cabo as suas funções que são muitas e variadas."
     
  17. shello

    shello Moderador
    Staff Member

    Nunca estudei Biologia, mas, pelo que sei, o "enrolamento" é a primeira fase de uma proteína, fase essa que se dá antes da proteína poder desempenhar a sua função no organismo.
    Fonte
     
  18. Meje

    Meje Power Member

    Entretanto fiz uma pequena pesquisa, algo que devia ter feito antes de postar e parece que se trata de um problema de capacidade de processamento para simular processos da vida de proteínas, é isso?
     
  19. shello

    shello Moderador
    Staff Member

    Sim, a escala temporal em que se dá este enrolamento é mesmo muito pequena, apenas alguns nanosegundos.

    Simular a forma como se enrolam - e os defeitos neste processo - (que é o que estamos no fundo aqui a fazer) ajuda a perceber como doenças se formam, e de que forma podem ser tratadas.

    Se estiver errado em alguma parte, peço que me corrijam, já que em termos científicos sou um leigo autêntico.

    Cumprimentos.
    :kfold:
     
  20. maverickws

    maverickws Power Member

    Bem,

    Antes de mais, acabei de descobrir este projecto agora mesmo. Vou aproveitar o meu desktop que está on 24/7 e idle, já instalei o cliente e por isto a bulir :D

    Vou tb tentar ajudar um pouco em termos de biologia, pelo que estudei. A minha ideia era seguir biologia animal e acabei em informática, go figure :P

    Peco desde já desculpa por alguma informacao ligeiramente menos correcta ou explicita, mas vou explicar tudo de memória. E quanto à falta de utilizacao de acentos, este teclado é ingles, n ha acentos, e para os por é do caraças!

    Relativamente ao que li aqui, e ao que voces estao a chamar de enrrolamento, é básicamente a síntese das proteínas.

    Uma proteina é constituida por aminoácidos. Já nao me lembro de quantos diferentes ha, mas o numero é relativamente baixo, na ordem dos 20 ou 30. Destes, 8 chamam-se essenciais pois o nosso organismo não os pode produzir, daí a necessidade de comer.

    Todos nós temos DNA, sendo este que contém todas as informações necessárias á síntese de proteínas, via RNA.

    Este processo ocorre através da acção de enzimas, estas vao ao dna, copiam informacao necessária e sintetizam o rna, que será posteriormente processado por outras enzimas de forma a sintetizar uma proteína.

    O DNA é constituido por (A)denosina, (C)itosina, (G)uanina, (T)imina e uma base azotada, formando uma cadeira de hélice dupla, como toda a gente já viu em representacoes gráficas.

    A guanina liga-se à citosina, e a adenosina à timina, que no rna é substituida por uma outra molécula, o (U)racilo, via pontes de hidrogénio.

    Tendo em conta que as ligacoes sao sempre (C)-(G) e (A)-(T) um lado da molecula de dna completa a outra com a mesma informacao.

    Voltando à sintese das proteinas, imaginem o DNA como um HDD read-only, e um gene como uma particao. Neste HDD, existem milhares de particoes, cada uma delas com uma informacao especifica. Serão os genes.

    Existe uma ordem de leitura dos genes e consequente sintese do rna, no entanto, e provavelmente aqui em que se baseia este projecto, em certos virus mais frequentemente, mas tb no proprio dna animal, certas sequencias de genes sintetizam uma proteina, no entanto a sua sequencia na cadeia complementar, ainda que lida na mesma direccao sintetiza uma outra proteina diferente.

    Voltando à sintese das proteinas, as enzimas vao ao dna, quebram as pontes de hidrogénio (A)-(T) e (C)-(G) e copiam a informacao para uma cadeia de rna, simples, ao contrario da de dna que é dupla. Uma outra enzima processa o rna, correspondendo um aminóacido a uma sequencia no rna. Uma proteína é constituida por cem ou mais aminoacidos.

    Um erro na leitura/sintese do dna/rna ou leitura/sintese do rna/proteína é possível, sendo assim esse o inicio de todos os males.

    Espero de alguma forma ter ajudado.
    Agora quanto ao [email protected], tenho algumas questões:

    Ja instalei o cliente e ja esta no desktop a correr, no entanto abrindo o display tenho WU End: 19:40 Sat 28 Nov 09.

    Isto significa que só vou acabar a minha primeira working unit em 2009? lol
     

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