Portugal@Folding Tudo o que precisas de saber em 5 minutos.

[Fontemourisca]

De certa forma colocaste em linguagem técnica sintetizada aquilo que deverá acontecer que sempre dá alguma luz ao que se passa no mundo complicado, se bem que desconfio que para alguns ainda seja algo complexa e lembrei-me agora de uma analogia que vou tentar trabalhar nela nos próximos dias e que pode dar uma luz simples e directa do que se passa de modo a que seja compreensível por todos (até pelo esquisoblogs ), alguma coisa deu o click mesmo agora.

Quanto ao tempo da wu não te preocupes é um bug do cliente gráfico e em breve com esse sistema mandas essa wu.

Cumprimentos

 

[maverickws]

lol, aquele sistema é de um dos portateis

tnh o client a correr num AMD Athlon XP 2000+, mobo Asus A7V8X fsb 333mhz, ddr 1gb (n m recordo do clock das mems), 240 gb hdd, e ati radeon x800 pro (acho q sao estas as specs, ja n toco no pc à tanto tempo, para instalar o client teve q ser por acesso remoto, lol)

cumps

 

[shello]

Bom, muito obrigado por essa explicação genial Eu que nunca gostei muito de ciências naturais (biologia, geologia e afins) estava too entusiasmado a ler a tua explicação

Bom, é só para te desejar boas-vindas ao Folding!

Quanto às specs, pelo teu 'My System' tens um Mac OS X (ai, ai... ), existe um cliente SMP para OS X, penso que seria interessante ter alguém com OS X nisso e que fizesse um relato, saber se folda tanto como em Linux SMP. É apenas uma sugestão

De resto, pedia-te que inserires aqui a tua identificação para se ter uma ideia de quem é quem, e se quiseres, aqui o teu arsenal (se bem que esta ultima thread já está um tanto desactualizada). Quando acabares a 1ª WU, podes pedir para passares a membro do folding aqui no fórum (ficar com nick azul e ter um Custom User Title personalizado), mais info aqui.

Mais uma vez, um obrigado pela explicação que deste e sê muito bem-vindo ao Folding@Home e à Portugal@Folding.

 

[WindWalker]

Vou tentar completar com o que me lembro do 11º

Relativamente ao que li aqui, e ao que voces estao a chamar de enrrolamento, é básicamente a síntese das proteínas.

É?

A guanina liga-se à citosina, e a adenosina à timina, que no rna é substituida por uma outra molécula, o (U)racilo, via pontes de hidrogénio.

A substituição não é via pontes de hidrogénio, pontes de hidrogénio são o tipo de ligações que se formam num par de bases azotadas, para ligar as mesmas.

Um erro na leitura/sintese do dna/rna ou leitura/sintese do rna/proteína é possível, sendo assim esse o inicio de todos os males.

Existem males que derivam daí, mas acredito que, apesar de não saber se é verdade, que nalguns casos o organismo conseguem detectar esses defeitos e destruir as moléculas defeituosas, tal como células que se duplicam erroneamente são, em princípio, eliminadas.

Voltando à sintese das proteinas, as enzimas vao ao dna, quebram as pontes de hidrogénio (A)-(T) e (C)-(G) e copiam a informacao para uma cadeia de rna, simples, ao contrario da de dna que é dupla. Uma outra enzima processa o rna, correspondendo um aminóacido a uma sequencia no rna. Uma proteína é constituida por cem ou mais aminoacidos.

Completando:
Um aminoácido corresponde a três bases azotadas consecutivas do RNA. A tradução do RNA é feita nos ribossomas, para variar com a ajuda de enzimas (é o resultado da evolução ) e, ao mesmo tempo que se lêem os aminoácidos da cadeia do RNA, é construída sequencialmente a "pré-proteína".

Eliminado (por enzimas ) o que na "pré-proteína" é dispensável, temos uma ("pré-proteína"<=>)cadeia polipéptídica que se enrola devido a atracções electrostáticas ("eléctricas", de uma forma grosseira) entre os vários átomos que a constituem.

Existem vários tipos de estruturas que derivam desse enrolamento. Esse enrolamento é possível porque as ligações simples entre átomos possuem liberdade de rotação, daí uma proteína conseguir enrolar-se sobre ela própria. Existem 4 estruturas possíveis e podem ler sobre elas na Wikipedia.


Acabado o enrolamento, a proteína está pronta a desempenhar a sua função.

Portanto, o enrolamento é a fase final da formação de uma proteína e não uma das primeiras


PS: FFS, já me calava

 

[maverickws]

Bem, nc disse q nao poderia estar enganado, além de q o post foi às 4 da manha, mas deixa lá ver.

É?

Pelo que eu compreendi, o objectivo é precisamente compreender o processo em que ocorre a sintese das proteínas, e as inúmeras variáveis que podem daí advir.

A substituição não é via pontes de hidrogénio, pontes de hidrogénio são o tipo de ligações que se formam num par de bases azotadas, para ligar as mesmas.

Ok expliquei-me mal. Para efectuar a leitura do dna, uma enzima quebra as ligações (pontes de hidrogénio) existentes entre as bases azotadas, indo substituir o seu correspondente no dna (C)-(G) / (G)-(C) e (A)-(U) / (U)-(T), sendo que no rna a timina é substituida pelo uracilo.

Existem males que derivam daí, mas acredito que, apesar de não saber se é verdade, que nalguns casos o organismo conseguem detectar esses defeitos e destruir as moléculas defeituosas, tal como células que se duplicam erroneamente são, em princípio, eliminadas.

Ora, a sintese das proteinas a partir do rna, processa-se através de "codões" e "anti-codoes". Uma sequencia de três nucleotidos (ex. (A) (T) (U)) chama-se codão. a esta sequencia, ou a este codão, irá corresponder um anti codão que corresponde a um aminoacido. A escolha destes é regida por ligações quimicas, pelo que o sistema é um pouco fail-proof.
Até que ponto é q a introdução errónia de um aminoácido é identificada e posterior eliminação, não me recordo, nem sei até q ponto ocorre efectivamente. Pois se assim fosse, não haveriam erros.


De resto, na tua conclusão, voltas a substituir o enrrolas por sintese, a pré-proteína (?) é o rna pre-mensageiro, ou seja, após a leitura do dna (por rna de polimerase) sendo usado como modelo para os ribossomas, ou ribozimas fazendo a tal correspondencia ao aminoácido identificado pelo rna de transporte.

Cumps

 

[WindWalker]

De resto, na tua conclusão, voltas a substituir o enrrolas por sintese,

Eu não usei a palavra síntese no meu post :S

a pré-proteína (?) é o rna pre-mensageiro, ou seja, após a leitura do dna (por rna de polimerase) sendo usado como modelo para os ribossomas, ou ribozimas fazendo a tal correspondencia ao aminoácido identificado pelo rna de transporte.

Se não fui bastante explícito, não considerei a pré-proteina como o RNA pré-mensageiro.

A pré-proteina (que eu considerei) é construida aquando da tradução da informação do RNA mensageiro. Isto já vai muito à frente da criação de RNA a partir do DNA.

 

[maverickws]

Eu não usei a palavra síntese no meu post :S

Ok, onde se le enrrola no teu post substituir por sintese. Isto foi uma falha do meu multitasking

Se não fui bastante explícito, não considerei a pré-proteina como o RNA pré-mensageiro.

A pré-proteina (que eu considerei) é construida aquando da tradução da informação do RNA mensageiro. Isto já vai muito à frente da criação de RNA a partir do DNA.

A sintese do RNA a partir do DNA é feita por seguementos de codões, que são processados (enzimas, as caras enzimas) e constituidas no mRNA. Aqui uma enzima "pega" no mRNA e lê as sequencias, seleccionando a fracção do tRNA com o aminoácido devido para a sintese do seguemento da proteína.

De resto, não identifico mais pré-proteínas, mas posso-me estar a esquecer de algo.

Passado algum tempo, o mRNA é degradado pela célula por algo que agora nao me recordo do nome. lol

 

[Fontemourisca]

Pronto, não foi nos próximos dias como disse atrás mas sim de imediato e lembrei-me de aproveitar a ideia insana para por em pratica e saiu isto

http://pwp.netcabo.pt/jmoutinho00/analogiafontemourisca.html

É apenas uma ideia e se alguém quiser aproveitar para desenvolver/corrigir está à vontade, até mesmo com outras ideias diferentes, acho que iria suprimir uma queixa que tinha ouvido no Almoço de Aveiro (não me lembro quem) de tentar colocar as coisas simples para quem não entende muito.
Foi uma tentativa

Cumprimentos

PS: Atenção que eu não percebo nada de biologia e afins e tem que ser visto nesse sentido.

 

[esquiso]

(até pelo esquisoblogs )

Cheira-me que vou ter de fazer uma vistitinha a alguem que mora aqui perto

BTW, é esquiso, o -blogs perdi-o no poker.

On Topic, e para disfarçar o spam: Muito boa a explicação cientifica, sou a favor de incluir isso em algum lado, mas nao deve ser apresentado como descrição principal do projecto, pois pode confundir muito boa gente (como o Fontemourisca )

 

[Metro]

Ok, onde se le enrrola no teu post substituir por sintese.

Tb já lá vai á muito tempo as lições de biologia mas o folding mais do que estudar a cadeia de aminoácidos que constituem as proteinas estuda a forma que elas adquirem para desempenhar a sua função. É o que se chama de folding que em tradução livre será enrolar.

O Pseudo é que podia dar uma ajuda mas esse bandido está sempre a trabalhar

Bem-vindo à equipa

 

[maverickws]

Tb já lá vai á muito tempo as lições de biologia mas o folding mais do que estudar a cadeia de aminoácidos que constituem as proteinas estuda a forma que elas adquirem para desempenhar a sua função. É o que se chama de folding que em tradução livre será enrolar.

Source

While the nature of the fold is determined by the sequence, it is encoded in a very complicated manner. Thus, protein folding can be seen as a connection between the genome (sequence) and what the proteins actually do (their function).

"Enquanto a natureza da sintese (da proteína) pode ser determinada pela sequencia, a sua codificação é bastante complicada. Mais, a sintese das proteinas (o elemento em estudo) pode ser visto como a ligação entre o genoma (sequencia genética, so on, so on) e aquilo que elas realmente fazem (a sua função no organismo).

 

[esquiso]

Fold (to) ['fould] v.t. dobrar; fechar, envolver.

Na aplicação a esta tema especifico, pode traduzir-se também por enrolar. Nao que o termo sintese nao esteja certo, mas o penso que o enrolar aqui se adaptaria mais facilmente. Mas isto sou eu e os meus parcos conhecimentos a Biologia/Ingles

 

[maverickws]

Esse termo não existe! Uma tradução à letra não é um termo que fica mais correcto.

 

[Metro]

However, only knowing this sequence tells us little about what the protein does and how it does it. In order to carry out their function (eg as enzymes or antibodies), they must take on a particular shape, also known as a "fold." Thus, proteins are truly amazing machines: before they do their work, they assemble themselves! This self-assembly is called "folding."

One of our project goals is to simulate protein folding in order to understand how proteins fold so quickly and reliably, and to learn how to make synthetic polymers with these properties. Movies of the results of some of these simulation results can be found here.

É esta a ideia que queria transmitir no meu post.
Retirado do mesmo link.

 

[maverickws]

Eu percebi o que eles aí disseram e mantem-se no seguimento do que eu disse. Mas nao vou contrariar o novo conceito do enrrola, lol.

 

[Pseudo]

Tb já lá vai á muito tempo as lições de biologia mas o folding mais do que estudar a cadeia de aminoácidos que constituem as proteinas estuda a forma que elas adquirem para desempenhar a sua função. É o que se chama de folding que em tradução livre será enrolar.

O Pseudo é que podia dar uma ajuda mas esse bandido está sempre a trabalhar

Aqui está o bandido

E deixo aki a minha pequena contribuição. Basicamente a questão do folding das proteínas está relacionada com as seguintes questões:

1. como é k uma proteína funciona normalmente e o que leva a esta deixar de funcionar?

sabe-se que após a sintese de uma cadeia longa de amino-ácidos (cadeia polipeptidica ou proteína):

esta cadeia necessita de adquirir uma determinada organização estructural para ser funcional, isto é adquirir um determinado folding:

Este processo é muito complexo e depende de muitos factores quer relacionados com a composição química da proteína (amino-acidos), quer relacionados com o seu ambiente de "trabalho", isto é, onde desempenham o seu papel.

O projecto do Folding tenta perceber os efeitos desses factores no bom funcionamento das proteínas. Deixo aki 2 exemplos:
a) se a composição quimica mudar o que acontece? (algo associado a algumas doenças, ex. -fibrose quistica)
Para tal, nas várias WUs k "mastigamos" existem simulações de folding de proteinas normais versus simulações dessas mesmas proteínas mas cuja composição foi alterada (por exemplo, substituiu-se um amino-acido). Por comparação dos resultados pode-se perceber se essa substituição poderá levar à perda de funcionalidade da proteína.

b) se o ambiente de trabalho mudar, o que acontece?
Lembro-me ter lido na homepage do folding alguns projectos k tinham por objectivo verificar a funcionalidade de determinadas proteínas em meios aquosos com diferente composição (concentração de sal, pH, etc)

2. como traduzir protein folding para português?

Basta usarem o google para pesquisa em Portugal e escreverem as palavras "enrolamento de proteínas" e poderão verificar k parece ser o mais correcto.

Bem, mto mais se pode dizer e falar mas o post já vai longo...espero que tenha ajudado qualquer coisa.

Cumps

 

[c1t1z3n]

epah isto leva teeeeempo!

[20:14:47] Completed 0 out of 4000000 steps (0)
...
[20:45:15] Completed 40000 out of 4000000 steps (1)

ou seja 1%...em meia hora... cum raio!

btw, posso fechar isto a qualquer atura?..

 

[shello]

Há WUs que demoram mais, outras que demoram menos, também depende muito do teu hardware e do teu sistema, do que fazes nele.

E sim, podes fechar a qualquer altura (nunca termines processos relacionados com o folding, seja o processo da consola seja(m) o(s) FahCore_XX.
Tens é de ter cuidado com as deadlines de cada WU. Podes verificar com o FahMon ou nesta página, sabendo o número do projecto (podes ver no fahlog, antes do inicio do processamento de cada WU, ou no unitinfo.txt).

Já agora, o tópico para dúvidas é este: Portugal@Folding - Ajudar uma causa - Dúvidas (é sticky)
Depois movo o teu post e este para lá

 

[Quaresma_Pt]

HAM?

Eu juro,que tentei mas nao persebo..como eh ke ao instalar um programa vou ajudar alguem a descobrir doenças??????

 

[shello]

Viva,
Parece que leste um pouco depressa demais

A ideia do Folding@home é simular a fase de enrolamento das proteínas. Posteriormente, a Pande Lab em Stanford estudará estas simulações para tentar perceber melhor doenças conhecidas (as que estão descritas, Alzheimer, Parkinson, várias formas de Cancro, Huntington, Fibrose Quística...) para posteriormente ajudar na "descoberta" (não sei se "descobrir" é o melhor termos nesta área) de curas.

De qualquer forma, recomendava-te a ler o primeiro post da thread com mais calma, linha por linha, para perceber um pouco melhor, o que escrevi aqui é bastante reduzido.