Aposto que tens o HDD ligado por SATA, também me aconteceu isso uma vez. O CD da minha board traz uma aplicação que permite fazer uma disquete com drivers SATA, depois era só carregar no F6 (acho eu) depois de iniciar com o CD do Windows para ele carregar as drivers e reconhecer o HDD. Ve no site do fabricante da tua board se têm os drivers.