Assim:
A:>gdisk 1 /del /all
Este comando vai-te eliminar TODAS as partições do disco, seja em que sistema de ficheiros forem (mesmo Linux! )
A:>gdisk 1 /mbr
Este comando vai-te reinicializar o mbr (Útil se tiveres bootloadres do Linux...)
A:>gdisk 1 /cre /pri /for /q
Este comando vai-te criar instantaneamente uma partição FAT32, que ocupa a totalidade útil do disco...
Em caso de dúvidas, como em qualquer comando em DOS:
A:>gdisk /?