Não me parece que seja muito fácil arranjar isso. No entanto, sugiro-te isto:
Vai à ~/Library/Application Support. É lá que ficam a maioria dos ficheiros relacionados com as aplicações instaladas. Certifica-te que tens backups, e cuidadosamente apaga as directorias que vires que são de aplicações que já não tens.
As aplicações em Mac estão contidas no .app, e por regra apenas mandam para fora ficheiros para dentro dessa directoria.