C (e derivados), php... e até a própria concepção de aplicações para dispositivos móveisO termo programar, para a resposta que tu queres, é muito relativo... Programar em que linguagem?
Uma coisa é escrever linhas de código (até podes faze-lo nas notas), outra é ter um IDE com ediçao/compilaçao e ate execuçao (tipo AIDE para android). No iPad podes fazer a 1ª parte só.
Não sabes se existe nenhuma outra aplicação para outras linguagens?Boas.
Olha que não é bem assim, dá uma vista de olhos neste App: ( http://twolivesleft.com/Codea/ - https://itunes.apple.com/us/app/codify/id439571171?ls=1&mt=8 ).
Consegues programar, compilar, correr e penso que até dá para exportar os binários resultantes. É utilizada a linguagem Lua e tem umas funcionalidades muito interessantes para facilitar certos processos, como editar imagens, mudar cores e tamanhos.