Nada disso, eu gosto muito de Persona como está e a única sugestão que fiz foi o aspecto do personagem principal, a personalidade mantém-se a mesma, até porque se fores a ver, a personalidade da personagem é moldada durante o jogo, por exemplo uma das primeiras escolhas do persona 4 é como pedires o número telefone à Chie, uma das hipóteses diz que não tens coragem suficiente para o fazer, nesse caso a personalidade reflecte uma pessoa mais tímida ou reservada, no new game plus depois podes fazer essa escolha, e nesse caso já reflecte uma personagem corajosa.
Isso é para incitar um segundo playthrough. é clarividente que no final de um persona terás todos os teus personality traits maximizados, e isso conta, de certo modo como character development ao invés de teres uma personagem estática.
Não implica que moldes tu livremente o caracter da personagem já que não tens hipótese entre, por exemplo mau e bom (como em muitos wrpg's) e em vez disso estás num fixed path. a questão é qual a velocidade em que o consegues fazer... Não diferente do conceito de level-up, se não fores à dungeon não evoluis... se não fores ao clube de teatro/musica a tua capacidade de expressão não aumenta.
Há todas as razões para teres uma personagem "tipo" pre-defenida com alguns personality traits que eles valorizam e não um character creation menu que se quisessem já tinham à muito. (se queres isso recomendo jogares o Shin Megami Tensei: Imagine; assim como se quiseres um FF sem personagens pré-definidas se recomenda o FFXI online)
Os exemplos que tu deste (Minato e Souji) são já os nomes dados no manga porque o manga funciona de forma diferente, é preciso que haja uma personalidade criada. Tanto no persona 3 como no persona 4 o nome és tu que decides. Já as outras duas personagens de Persona 2 tinham uma personalidade no jogo. São casos diferentes.
Não são diferentes, e se os dei podia dar de qualquer jogo na série Shin Megami Tensei... Tatsuya é mudo no Innocent Sin como esperas que ele seja... e a Maya é muda no Eternal Punishment, são silent protagonists quando o são; conheçes o carácter deles a nivel falado apenas porque aparecem num dos jogos como personagem secundária (tatsuya no eternal punishment não é o principal/maya no innocent sin não é a principal) e... obviamente falam.
Se um dia tiveres um cameo de personagens como o Souji ou o Minato... verás que eles falam. Tal como o Crono fala no Chrono Cross. E já que estamos a falar de Chrono Trigger... imaginemos uma capa e artworks sem chrono e em vez disso com uma "sombra" disforme e a cinzento, se vamos dizer que "silent" types nao têm personalidade ou presença. Não fica muito bem pois não?
E quanto aos nomes... são canónicos, e até há nomes "oficiais" para o Shin Megami Tensei original, inclusivé a aparecerem em artbooks no meio dos apontamentos do Kazuma Kaneko. Aliás, originalmente no Persona 3 no social link do MMORPG não estavamos a falar de nomes de personagens do Persona 2 (maya e tatsuya), mas sim do Megami Tensei original (que não foi localizado e por isso optaram por nomes do Eternal Punishment que foi) e como tal: Yumiko e Nakajima. (que são imediatamente identificados por fãs como os nomes das personagens).
Ninguém desenha personagens sem nome... a tradição é da série não disponibilizar o nome "default" (tal como em Zelda, ainda me lembro de não aparecer escrito Link ao inicio quando dás nome à personagem, o que não quer dizer que não tivesse nome); originalmente em SMT era dado o alinhamento/tipo de personagem que era... hero, heroine, law hero, chaos hero (de novo isto não quer dizer que não tivessem nomes oficiais que a equipa lhes dava, simplesmente que caiam em x papel canónico, consegues determinar estas personagens/papeis todas em qualquer plot). Tal como aliás inicialmente em final fantasy não haviam personagens determinadas, no entanto não vemos remakes do FF1,2 e 3 com menus de "cria a tua personagem" nem faz sentido. SMT simplesmente manteve parte da tradição, uma espécie de tributo, não é mais que isso e não vale a pena dar o pulo de algo com uma imagem criada cautelosamente para... um desbarato desprovido de personalidade.
Há uma boa razão para personagens de FFXI, WoW, SMT:I, MH não serem exactamente populares, ou exemplos de bom character design... (ou ainda... há razões para nem haver uma plot com principio meio e fim nesses jogos) em vez disso são genéricas como é de esperar de algo feito ao quilo. Já SMT é diferente, as personagens em questão são muito acarinhadas, têm sempre direito a mil e um doujinshi's, fanart, seguimento de forma não diferente de zelda (escalas diferentes no entanto)... Mandar isso pela janela seria de lunáticos. Estamos a falar de parte da própria alma do franchise e não algo que vem de forma natural... muito longe disso.