Depende da empresa.
Se for uma PME se calhar será melhor linux, uma vez que não necessita de ter custos com sistemas operativos. Mas também por outro lado, pode ter problemas em compatibilidades para outras empresas que usem windows. Além de que, pode necessitar de ajuda especializada o que é mais difícil de encontrar.
Depende do custo de oportunidade: Dinheiro/Produtividade.
Para uma grande empresa, penso que será indiferente.