Sorry, só existem duas formas de reparar uma instalação de um Sistema Operativo Microsoft, em termos oficiais, isto é, efectuar uma reparação em si ao inserir o CD de instalação do Sistema Operativo, escolher a partição em questão e, de seguida, pedir para efectuar a reparação ou usar a Recovery Console ou lá como se chama, que é acessível mas arranques um CD de instalação de um Sistema Operativo Microsoft.
No caso do Windows ME penso só ser possível efectuar uma reinstalação e não uma reparação, per se.
Em qualquer dos casos duvido que seja isto que procuras, visto que... basicamente é só isto.
Talvez dê para falar no fixmbr que permite reparar o Master Boot Record do disco, se calhar um chkdsk que permite corrigir erros de, mais uma vez, um disco e pouco mais me lembro, usar umas ferramentas 3rd party como o Norton Utililies, usar um LiveCD de uma distribuição Linux e tentar reconstruir certos ficheiros chave de uma instalação mas...
Estamos a falar do Windows Millenium! A única reparação que é aceitável é formatar o disco e instalar o Windows XP SP2.