[email protected] - tópico oficial - Na luta contra o COVID19!

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NeoGen

Power Member
O [email protected] também está na luta contra a pandemia do COVID19, vamos ajudar também junto com o [email protected]!

Será preparado um tutorial

FAQ:
P: O [email protected] usa GPU?
R: Não, de momento apenas usa CPU, está previso cliente GPU

P: Vejo que processa várias WUs ao mesmo tempo, é normal?
R: Sim, o [email protected] não é multithread por si só, daí que o BOINC processa várias WUs ao mesmo tempo de acordo com o vosso processador, por exemplo num Ryzen 3700X irá processar por padrão 16 WUs ao mesmo tempo. Isso pode ser configurado.

P: Posso rodar o Folding @ Home e o BOINC/Rosetta ao mesmo tempo?
R: Sim, por exemplo eu deixei o Folding apenas pro GPU e o Boinc/Rosetta para CPU. Também pode configurar ambos para por exemplo usar 50% do CPU

Não se esqueçam de adicionar a equipe oficial da Zwame, a [email protected]!!

:kboink::kfold:
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É um novo projecto BOINC, praticamente igual ao [email protected] em objectivos, mas ke utiliza o software Rosetta utilizado tb pelo World Community Grid da IBM.

http://boinc.bakerlab.org/rosetta/


Agora a questão é complicada... este é um projecto para [email protected] ou para [email protected]?? :-D
 
Última edição pelo moderador:
MadDog

MadDog

Mega BOINC
What IS the difference between [email protected] and [email protected]

Both projects are similar in that both are trying to improve methods for protein structure prediction. [email protected] includes protein design and prediction of complexes. [email protected] uses a software package called Rosetta, which has been proven to be one of the best methods out there for protein structure prediction in repeated CASP experiments (See our About page). Rosetta is also being used for the Human Proteome Folding Project, which is trying to predict folds for many proteins in the human genome. While they, in collaboration with us, are applying Rosetta to the human genome and other genomes like malaria (P falciparum), we are trying to conduct research to make it better. David Baker's work has been published in today's issue of Science. It is exciting work. Thank you for your interest in helping our and similar projects, like [email protected]!!!
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What is the difference between this project and other protein folding projects?

There are a number of distributed computing projects like this one, with the goal of predicting protein structures given an amino acid sequence. In fact, there is a very large effort that is using our software, Rosetta, as the core application (the Human Proteome Folding Project). All of the projects will benefit our understanding of protein folding and application to biology and medicine. Our project is similar to [email protected], in that we are trying to improve our methods by conducting research that is only possible with the computing power that a grid computing project can provide.
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Ps, as WU demoram cerca de 80H .


hug'z
 
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NeoGen

Power Member
Tenho uma que já vai em 24 horas de processamento no meu AMD XP 2000+, em principio tá quase pois já indica 93%.

Os primeiros 66% fazem-se "num instante" em 4 ou 5 horas. A partir daí é ke as wu's se arrastam indefinidamente até serem completadas.
 
MadDog

MadDog

Mega BOINC
Ja tens creditos pelas 24h de processamento ?

nao consiguo encontrar muita informaçao sobre este projecto, mesmo indo a outras comunidades consegui encontrar.
 
N

NeoGen

Power Member
Agora já tenho... já completei a workunit. Demorou-me umas 26 horas. Eles não dão créditos parciais como o climate prediction, só mesmo à hora de entrega. Rendeu 219 créditos logo de uma vez.

Já vi lá nos forums deles é ke o checkpointing deste projecto não é lá mto bom... só gravam quando a workunit entra numa nova fase de processamento (acho ke é indicado pelo aumentar da percentagem completa, ke não aumenta linearmente, vai sendo aos passos de x em x horas.)
Então se um gajo desligar o boinc ou tiver de reiniciar o computador por um bocado, é provavel ke perca várias horas de processamento.
 
MadDog

MadDog

Mega BOINC
Como já existe o predictor no boinc, para breve esta para vir o folding tambem no boinc.
Nao sei ate que ponto este projecto vai ter susesso.
 
MadDog

MadDog

Mega BOINC
kanguru disse:
Este projecto parece mais do mesmo, com um metodo diferente, podiam juntar os varios projectos e escolher o metodo mais eficiente e pronto.
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Tambem pensei nisso.... mas nao escrevi.
Se eu adivinha-se que este era um projecto para ter futuro era capaz de começar a boincar...
mas depois sei la se passa da fase expremental para o lixo e fico com centenas de horas desperdiçadas que bem podiam ter ajudado no climate.
 
JPgod

JPgod

Moderador
Staff
kanguru disse:
Quando o folding aparecer no boinc que vai acontecer ao [email protected] e [email protected]? fusao?
Este projecto parece mais do mesmo, com um metodo diferente, podiam juntar os varios projectos e escolher o metodo mais eficiente e pronto.
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É um assunto que vai dar muita tinta...

olha parte desta discussão na thread mais abaixo do folding :)

fusão de nomes é impossivel, a malta está habituada... Uma possibilidade era no folding do BOINC, nos juntar-nos todos numa sub-team dentro da P @ F

Ou o ppl que corre boinc folda para a P @ F e o resto fica como está, embora "roube" recursos aos outros projectos :(

é um assunto complicado :( O ideial era se pudesse estar em 2 teams ao mesmo tempo no mesmo projecto :x2:
 
Demiurgo

Demiurgo

Xerife de Nottingham
A mim também me faz sentido que assim seja, só que a questão é que este é o nosso ponto de vista, o da malta da [email protected]

Certamente que o prisma dos soldadores..er...foldadores :p será manterem a sua estrutura autónoma no BOINC.

Quando chegar a altura logo se vê, não vale a pena estar a anteciparmos problemas.


PT
 
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NeoGen

Power Member
Eu do meu ponto de vista "de fora" diria ke a fusão das duas ekipas seria excelente. :)
Aliás, a ekipa [email protected] não é já em si a fusão de várias ekipas portuguesas? (Ou estarei a fazer confusão com alguma outra ekipa...)

E deste modo poderia ser ke a equipa se espalhasse para além das fronteiras do BOINC. :) Há imensos excelentes projectos de computação distribuida ke não aderem à plataforma BOINC...
 
Metro

Metro

Benevolent Dictator For Life
Staff
A questão no Folding é que contrariamente ao que aconteceu com o [email protected] do que tenho lido o BOINC será apenas mais um cliente para foldar e não um abandono dos clientes que temos para passar para o BOINC.
Além disso estam a esquecer-se que muitos foldadores não participam aqui no forum e estar a mudar apenas mudavamos uma pequena parte dos foldadores. O nosso maior rolo compressor por exemplo não anda por aqui:)

Veremos o que acontece qd sair mesmo o cliente para o BOINC. Quais as condições. Uma coisa posso garantir. Não temos metade dos problemas com deadlines, falta de WUs e afins que tenho visto aqui. Pelo menos é a minha visão de quem está um pouco por fora dos projectos do BOINC.
Já disse no outro dia que de todos os modos era interessante se um de nós precisasse de um empurrão para passar uma team a malta ligar os motores e dar um avanço na pontuação. No nosso caso temos poucos lugares acima que podemos almejar. Estamos em 39 e até aos 20 e tal é possivel. Acima disso não.
Vamos esperar e ver o que acontece. Para já e a título pessoal estou a 300% em sintonia com o projecto [email protected] Um dia destes vão ver porque:)
 
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NeoGen

Power Member
Hmm...tens razão aí, não me tava a ocorrer o facto de mto ppl das ekipas não andar aki nos forums... :(

Uma solução então seria fundar uma "super-equipa" por exemplo "Portugal DC" (inventado à pressão...lol) da qual a [email protected] e a [email protected] fossem sub-equipas especificas, e da qual tb até pudessem ser criadas outras novas sub-equipas para explorar as fronteiras da computação distribuida além-boinc, se houvesse suficientes membros dispostos a isso...
As glórias da "Portugal DC" traduzir-se-iam nas conquistas de cada uma das sub-equipas... no avanço da [email protected] nos projectos Boinc, e da [email protected] no Folding classico.

Isto é só uma ideia a titulo teórico... é uma cena ke já vi noutras ekipas de computação distribuida. Mais concretamente a ekipa "Ars Technica", ke para cada projecto cria uma ekipa de nome diferente, com site e forums, mas sempre relacionado com a "super equipa".
Por exemplo, se calhar voces conhecem no seti a ekipa "Ars Technica Team Lamb Chop", ou no Folding a ekipa "Ars Technica Team Egg Roll"... eles subdividem-se assim em ekipas independentes, mas todas ligadas à "equipa mãe"
 
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