Rosetta@Home - tópico oficial - Na luta contra o COVID19!

NeoGen disse:
Hmm...tens razão aí, não me tava a ocorrer o facto de mto ppl das ekipas não andar aki nos forums... :(

Uma solução então seria fundar uma "super-equipa" por exemplo "Portugal DC" (inventado à pressão...lol) da qual a Portugal@Home e a Portugal@Folding fossem sub-equipas especificas, e da qual tb até pudessem ser criadas outras novas sub-equipas para explorar as fronteiras da computação distribuida além-boinc, se houvesse suficientes membros dispostos a isso...
As glórias da "Portugal DC" traduzir-se-iam nas conquistas de cada uma das sub-equipas... no avanço da Portugal@Home nos projectos Boinc, e da Portugal@Folding no Folding classico.

Isto é só uma ideia a titulo teórico... é uma cena ke já vi noutras ekipas de computação distribuida. Mais concretamente a ekipa "Ars Technica", ke para cada projecto cria uma ekipa de nome diferente, com site e forums, mas sempre relacionado com a "super equipa".
Por exemplo, se calhar voces conhecem no seti a ekipa "Ars Technica Team Lamb Chop", ou no Folding a ekipa "Ars Technica Team Egg Roll"... eles subdividem-se assim em ekipas independentes, mas todas ligadas à "equipa mãe"
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Percebo a ideia. Por mim faz sentido e um passo que demos foi no almoço do proximo dia 1 de outubro estarmos juntos. Portugal@Home e Portugal@Folding.
A questão principal não é os membros que cada uma das equipas vai buscar à outra mas sim haver mais pessoas que se unem a uma ou a outra equipa. Ai reside o aspecto a ter em conta.
Na nossa pagina na noticia do almoço coloquei o link para o Portugal@Home.

O tal nome comum como seja Portugal DC que sugeres é interessante mas temos que descobrir uma forma de aprofundar isso.:)
 
Metro disse:
A questão no Folding é que contrariamente ao que aconteceu com o Seti@Home do que tenho lido o BOINC será apenas mais um cliente para foldar e não um abandono dos clientes que temos para passar para o BOINC.
Além disso estam a esquecer-se que muitos foldadores não participam aqui no forum e estar a mudar apenas mudavamos uma pequena parte dos foldadores. O nosso maior rolo compressor por exemplo não anda por aqui:)
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A falta de WU deve-se sempre a problemas no projecto, nunca a falta de trabalho (dependendo o projecto em si, como por exemplo o LHC).
Não faço ideia se alguma vez o Folding teve problemas semelhantes (avarias de hardware, os servidores não serem capazes de processar a informação enviada pelos clientes, etc).

A questão dos foldadores, passa pelo contacto com os mesmos por email (de certo que quem criou a equipa deve ter alguma especie de contacto (email/msn?) para contactar os membros) e perguntar se estao interessados em mudar para a plataforma boinc.

Ainda para piorar isto tudo, para além do Folding e o ProteinPredictor ainda apareceu este projecto. Acho que vou por disto no iMac G5...

Just my 0,02% of a SETI WU :)
 
Pois... o arranjar mais membros é sempre o problema de todas as ekipas... lol

Uma coisa por exemplo ke seria interessante de fazer (mas que quase de certeza não haveria de dar, infelizmente...) seria tentar arranjar acordos com escolas ou faculdades para ke os imensos pc's ke eles têm ligados sem fazer nenhum dias inteiros pudessem ser utilizados para uma boa causa.
Os computadores da escola/instituição correriam para a ekipa, sob o nome da própria instituição é claro, e até poderia ser uma fonte de orgulho para eles próprios. "A escola xxxxxxx ajuda activamente na luta contra o cancro!" (Por exemplo)
Mas claro, no hipotético caso de alguma escola ou instituição por acaso aceitar o acordo... isto significava trabalho de borla pra alguém... LOL :P Prk alguem tinha de lá ir instalar o Boinc nos pc's, alguem tinha de ir lá de x em x semanas ver se tava tudo a funcionar bem, ou fazer upgrades do cliente, ou adicionar novos projectos, etc...

Enfim... tudo boas ideias... é pena é ke dificilmente ou nunca se consigam por em prática. :(
 
NeoGen disse:
Uma solução então seria fundar uma "super-equipa" por exemplo "Portugal DC" (inventado à pressão...lol) da qual a Portugal@Home e a Portugal@Folding fossem sub-equipas especificas, e da qual tb até pudessem ser criadas outras novas sub-equipas para explorar as fronteiras da computação distribuida além-boinc, se houvesse suficientes membros dispostos a isso...
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Não respondi a esta parte. A questão do numero de membros é pertinente. Nós somos um país pequeno e para termos visibilidade acho preferivel poucos projectos ou então no BOINC têm o acumulado e ai tudo bem.
Mas para mim a questão passa sempre pela validade do projecto em que estamos envolvidos mais do que estar a participar em quantidade.
No caso do Folding o projecto tem imensa pertinencia e tem resultados que nenhum outro projecto do género tem. Levantando a ponta do veu sobre algumas coisas que vi nestes ultimos dias para preparar uma apresentação que vou fazer, eles nos anos de 2000 e 2001 começaram por validar os clientes e métodos com proteinas simples. Dai para cá os resultados estão á vista.
Têm inumeros artigos publicados em revistas da especialidade. Por outro lado ser um projecto com sede numa Universidade e ao longo destes anos sem mácula no que respeita a aproveitamento económico ou outros mostra que realmente funciona. Mais ainda. O poder falar directamente com o responsável do projecto (considerado entre os 100 cientistas mais importantes da actualidade) no Forum ou por PM e até por mail que foi a forma como ele me enviou a mensagem para a equipa tem um enorme peso para continuar.

Para percebermos do poder que é preciso em termos computacionais, demora um dia inteiro num computador simular um nanosegundo ( 1/1000000000 segundo). Infelizmente as proteinas "foldam" em decimos de segundo (10000 nanosegundos). Trocando isto por miudos são necessários 30 anos de processamento ou se preferirem 10000 CPUs por dia.
Dai pensar que definir um projecto alvo de todos os que gostarmos acho que faz sentido.
Falando do Roseta a unica informação que vejo está aqui:
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/rah_research.php e aqui http://depts.washington.edu/~bakerpg/highlights.html

Faz mais sentido apostar em algo que está a funcionar a 300% e que leva alguns anos de avanço. Segundo o director do Folding@Home são 15 anos.

Encarnado disse:
A falta de WU deve-se sempre a problemas no projecto, nunca a falta de trabalho (dependendo o projecto em si, como por exemplo o LHC).
Não faço ideia se alguma vez o Folding teve problemas semelhantes (avarias de hardware, os servidores não serem capazes de processar a informação enviada pelos clientes, etc).

A questão dos foldadores, passa pelo contacto com os mesmos por email (de certo que quem criou a equipa deve ter alguma especie de contacto (email/msn?) para contactar os membros) e perguntar se estao interessados em mudar para a plataforma boinc.

Ainda para piorar isto tudo, para além do Folding e o ProteinPredictor ainda apareceu este projecto. Acho que vou por disto no iMac G5...

Just my 0,02% of a SETI WU :)
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No folding tb há servidores embaixo mas a falat de WUs não acontece. Ele acaba por se ligar a outro servidor e fica com a que processamos em queu para enviar.

Fui eu que criei a equipa e não tenho qq dado do pessoal que folda. Ninguém tem que se registar. É descarregar o programa colocar o nick e o numero da equipa. Não tenho qq controlo sobre nenhum aspecto relacionado com os users.
De qualquer forma como já disse antes a garantia que vi darem no forum é que a plataforma BOINC é apenas mais um cliente se assim lhe posso chamar. Espero que se possa continuar a contar pontos para a mesma equipa.:)
 
Penso que a maior parte de probs com falta de WU é no seti, e o portugal@home não se resume a isso. Seja como for se os gajos do folding entrarem na rede do boinc, eles é que terão a gerir o seu projecto e portanto se não acontece agora esse tipo de problemas tb não vai acontecer quando se unirem ao boinc.
 
É verdade Metro... o folding já vai com um avanço enorme em relação a todos os outros projectos semelhantes. Mas olha ke os projectos mais recentes têm uma vantagem à partida, ke é começarem logo com as versões mais recentes do software e passarem à frente de vários meses ou anos de testes ke os projectos mais antigos tortuosamente passaram até atingirem a perfeição corrente.

O Protein Predictor do Boinc nem me lembro de o ver em fase beta... é capaz de ter estado, ou então mesmo em produção a foldar algumas proteinas já conhecidas só pra testar, mas acho que presentemente trabalha em descobrir o desdobramento (folding) de novas proteinas. (Tal como o Folding@Home)

O World Community Grid (não-Boinc) da IBM/United Devices tb é um projecto que foi logo lançado em fase de produção acho eu... aproveitou o mais ke testado (pela United Devices) e comprovado software Rosetta, aplicou-o numa plataforma de computação distribuida profissional da IBM, e tá a andar... é hoje um valente projecto na área de pesquisa biomédica.
What is the difference between what Human Proteome Folding does and what Folding@home does?
There are large differences between the Human Proteome Folding Project and folding@home. Both projects are excellent but have very different objectives.

Folding@home aims to get at how a few proteins of KNOWN structure fold DYNAMICALLY. Folding@home is a project to further understanding of the folding process itself. Understanding why protein folding works (and why it doesn't) could have a significant impact in certain diseases like Alzheimer's and Huntington's Disease, which Folding@Home is actively studying.

The Human Proteome Folding Project will PREDICT the structures of large numbers of proteins of UNKNOWN-structure. The aim of this project is to get structures and functions for huge numbers of proteins so that biologists and biomedical researchers who run into these mystery proteins in their research can look to ISB's database for functional/mechanistic clues about their favorite mystery-proteins.
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E eu tenho a impressão ke o Rosetta@Home tb não vai ficar em testes por mto mais tempo... projectos novos nesta área aproveitam os recursos mais modernos de software, e são lançados em produção num instante como se vê nestes exemplos.
Se cada projecto se focar em proteinas/trabalhos diferentes, só tenho pena ke não hajam infinitos computadores dedicados a eles, prk bem precisam e merecem...
 
NeoGen disse:
É verdade Metro... o folding já vai com um avanço enorme em relação a todos os outros projectos semelhantes. Mas olha ke os projectos mais recentes têm uma vantagem à partida, ke é começarem logo com as versões mais recentes do software e passarem à frente de vários meses ou anos de testes ke os projectos mais antigos tortuosamente passaram até atingirem a perfeição corrente.

O Protein Predictor do Boinc nem me lembro de o ver em fase beta... é capaz de ter estado, ou então mesmo em produção a foldar algumas proteinas já conhecidas só pra testar, mas acho que presentemente trabalha em descobrir o desdobramento (folding) de novas proteinas. (Tal como o Folding@Home)

O World Community Grid (não-Boinc) da IBM/United Devices tb é um projecto que foi logo lançado em fase de produção acho eu... aproveitou o mais ke testado (pela United Devices) e comprovado software Rosetta, aplicou-o numa plataforma de computação distribuida profissional da IBM, e tá a andar... é hoje um valente projecto na área de pesquisa biomédica.


E eu tenho a impressão ke o Rosetta@Home tb não vai ficar em testes por mto mais tempo... projectos novos nesta área aproveitam os recursos mais modernos de software, e são lançados em produção num instante como se vê nestes exemplos.
Se cada projecto se focar em proteinas/trabalhos diferentes, só tenho pena ke não hajam infinitos computadores dedicados a eles, prk bem precisam e merecem...
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NeoGen:

Tudo isto é muito bonito mas repara:

O Folding@Home teve dois anos de validação porque isso é um must have principalmente neste tipo de assuntos. Essa validação é transversal a todos os projectos.

Repara o que diz no site do Predictor@Home

Plan

Our short term plan for Predictor@Home is to test and evaluating new algorithms and methods of protein structure prediction. In the near term we will be calibrating the P@H methods against a set of known structures. In the longer term we hope to open Predictor@Home up to the community as a resource to assist in protein structure prediction.
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Fonte: http://predictor.scripps.edu/about_plan.php



O Folding@Home usa o trabalho daqui:
http://www.gromacs.org/ - isto é GPL:) Está acessivel a toda a gente:)
http://dasher.wustl.edu/tinker/
E mais recentemente - http://amber.scripps.edu/

O que é proprietário são os algoritmos que usam. E sabes pq não são publicos. É muito simples. Devido à má utlização que dai poderia advir. Os resultados são facultados a vários niveis.
Não há nenhum projecto que tenha tantos artigos. Vê as revistas em que são publicados. Como sabes a selecção dos artigos na maioria para não dizer na totalidade das revistas é feito por um grupo de peritos e ninguem tem acesso aos autores dos artigos. São revisões às cegas.

Folding@Home: http://www.stanford.edu/group/pandegroup/folding/papers.html
Predictor@Home: http://predictor.scripps.edu/scientific_update_cp.php

Há sempre duas formas de ver as coisas. Andar na crista da onda e adoptar sempre novos projectos ou continuar com um valor que está estabelecido.
Mais. Por melhor que seja uma ferramenta a este nível ele precisa de processamento. O Folding tem. Infelizmente o cliente BOINC está a demorar bem como o cliente para o GPU e mais umas coisas. Mas têm novos clientes em fase beta e o desenvolvimento para aproveitar os novos dual core e o HT é algo que tem sido estudado. A ideia era usar só um cliente nos dual-core em vez de dois que é o que fazemos.

Faz-nos falta alguem trocar por miudos o que realmente cada projecto faz. No meu caso falta-me ver o que realmente faz o predictor de diferente do Roseta. A informação é vaga e confesso que tb colocada de uma forma complicada para o meu nivel de conhecimentos.

No Predictor lê-se:

Both approaches explore protein structure and folding, but with complementary aims.
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Ora muito obrigado:) Não adianta grande coisa.

A info nos foruns da concorrencia nunca ligo. No Folding@Home não me safo para saber desses projectos:)
 
Ah... ker dizer ke o Predictor ainda n terminou a fase de testes ke eu sopunha ke ele tivesse estado. Por acaso pensava ke já tivesse em produção completa, mas enfim, há-de lá chegar em breve. :)

O projecto do Rosetta, por hora em fase beta, deve tar a fazer testes como o Predictor não só das proteinas mas tb sobre a carga no servidor dado ke as inscrições para o projecto tão abertas.

Encontrei um trabalho simples publicado pelos cientistas do World Community Grid, acerca da peskisa ke eles tão a fazer e do software Rosetta. Tá aqui.
Ele explica resumidamente o ke faz o software Rosetta...
Rosetta is a computer program for de novo protein structure prediction, where de novo implies modeling in the absence of detectable sequence similarity to a previously determined three-dimensional protein structure
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Acho ke ker dizer ke o Rosetta trabalha sobre as proteinas de estrutura não conhecida...?

In spite of these successes, Rosetta has a significant error rate, as do all methods for distant fold recognition and de novo structure prediction. The Rosetta confidence function partially mitigates this error rate by assessing the accuracy of predicted folds
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Claro está ke tar a fazer contas de uma coisa ke nem se sabe bem como é dá os seus erros, mas suponho ke eles lá têm métodos pra detectar e descartar os folds invalidos e tal e tal...


E olha lá esta pagina ke acabei por descobrir... o Folding@Home rula mesmo! :D
http://vspx27.stanford.edu/DCcomparison.html
 
Metro disse:
Fui eu que criei a equipa e não tenho qq dado do pessoal que folda. Ninguém tem que se registar. É descarregar o programa colocar o nick e o numero da equipa. Não tenho qq controlo sobre nenhum aspecto relacionado com os users.
De qualquer forma como já disse antes a garantia que vi darem no forum é que a plataforma BOINC é apenas mais um cliente se assim lhe posso chamar. Espero que se possa continuar a contar pontos para a mesma equipa.:)
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Haammmm...
Então isso é mais à "balda" que os projectos boinc...Pois, assim é dificil haver algum controlo :\

Sobre o Roseta:
Tentei instalar isto no iMac G5 e só tenho erros destes:
2005-09-19 18:58:13 [rosetta@home] Starting result 1pvaA_abrelax_10684_0 using rosetta version 4.75
2005-09-19 18:58:14 [rosetta@home] Unrecoverable error for result 1pvaA_abrelax_10684_0 (process got signal 5)
2005-09-19 18:58:14 [rosetta@home] Deferring communication with project for 59 seconds
2005-09-19 18:58:14 [rosetta@home] Computation for result 1pvaA_abrelax_10684 finished

>(
 
Última edição:
NeoGen disse:
Acho ke ker dizer ke o Rosetta trabalha sobre as proteinas de estrutura não conhecida...?


Claro está ke tar a fazer contas de uma coisa ke nem se sabe bem como é dá os seus erros, mas suponho ke eles lá têm métodos pra detectar e descartar os folds invalidos e tal e tal...
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Pois. Pensas o mesmo que eu. É que as proteinas conhecidas são aos milhares e foldar essas vai dar coisas que interessam. Tb sabemos que algumas proteinas se formal mal e conehcemos a estrutura. Temos uma doença nossa ( só temos coisas más às vezes) que é a polineuropatia amiloidótica familiar (doença dos pezinhos que tem um aminoácido trocado) mas isso a malta sabe. Precisa é de foldar isso. As desconhecidas é um tiro no escuro. Não vejo a utilidade pelo menos enquanto não soubermos tudo acerca das que se encontram no coprpo humano.

O blue gene está no grid. Gostava de saber como é que se constrou o maior computador do mundo e se aplica a estudar proteinas. Achas que não vão ganahar nada com isso? De qq forma o Director do Folding@Home já teve reuniões com a rapaziada. Tb tem falado com a rapaziada do cell. Já atirei para o ar no folding deles que se o cell é tão bom (pelo que li não será bom para todos os cores que se usam no folding no momento) que lancem um cliente que eu compro uma PS3 para foldar. mas eles não falam de coisas por anunciar. Sobre o BOINC de vez enquanto vem alguem a perguntar coisas e com razão. Tb já lá deixei a minha queixa:D


NeoGen disse:
E olha lá esta pagina ke acabei por descobrir... o Folding@Home rula mesmo! :D
http://vspx27.stanford.edu/DCcomparison.html
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Sim. Tem muitos membros e muito poder computacional mesmo:)
 
Encarnado... eu n percebo nada de macs, mas fui ver aos forums e há pessoal tb com esse problema.

Basicamente diz ke nos rekesitos minimos o sistema operativo tem de ser "Mac OS X 10.4, or later"... é esse ke tens?
 
A unica WU que ainda me foi validada foi processada em 61398 segundos num G4/667Mhz (+/- 17h).
No P4/3600 tinha lá duas encravadas nos 83.5% :S
 
Mais alguem neste projecto??
Vejo 5 membros, mas só eu tenho creditos. :|
Tenho 4 WU no pc encravadas a 83% e tenho só 1 PowerMac G4/667 neste projecto que faz 1 WU em +/- 17h (muito longe das 80h que o Strakata escreveu).
 
Para já parei este projecto enquanto não me esclarecer melhor sobre ele. Mesmo assim ainda vi uma outra WU que ocupava 35MB de RAM e demorava bem menos que a outra que referi anteriormente. Parece que neste projecto não há uma WU tipo.
 
Problemas com o Rosetta!

Olá a todos!

É a primeira vez que tenho o prazer de participar neste forúm.
Recentemente aderi ao Rosetta@Home mas até agora as WU não têm chegado ao fim. O processo tem sido sempre interrompido: "Client error". Será um problema no meu pc ou será mesmo que o Rosetta ainda não está a carborar bem dado que ainda está numa fase inicial? Essa falha: "Client error" também já sucedeu em outros projectos como o Seti@Home ou o Predictor@Home mas foram sempre casos pontuais.
Um abraço a todos!
 
Este projecto ainda está na fase BETA.
No PC tenho 4 unidades que nao passam dos 83%.
Não sei se é problema do cliente mas dá-me a entender que sim (4 unidades "avariadas"...)
 
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