O S basicamente tem melhor a camara, mais memoria interna e pouco mais.
As vantagens do Nexus sao os updates (ainda à dias recebeu o 4.2.2 ate primeiro que o Nexus 4 que foi curioso), comunidade e o ecra maior.
Depende do que das mais preferencia, sao os 2 bons aparelhos e ficas bem servido com qualquer um deles.