O meu problema com as quotas de disco nativas do 2003 tinha a ver com as suas limitações (só funciona com NTFS, por volume etc.) para além disso tinha pouca tolerância a erros.
Mas, enquanto monitorizava esta thread, fiz algumas pesquisas e acabei de descobrir que na versão R2 do 2003 tenho um conjunto de novas funcionalidades a este nível que provavelmente serão suficientes para as necessidades que tenho. Vou fazer alguns testes para explorar estas funcionalidades e depois dou feedback.