Os problemas do vídeo não têm nada a ver com o container (*.mkv).
O Tegra 2 tem alguns problemas a descodificar H.264 High-Profile. O SoC foi desenhado para fazer streaming de vídeos na web e/ou gravados pelo próprio smartphone/tablet.. numa altura em que nenhuma dessas fontes precisava de high-profile.
Ainda assim posso dizer que há bastantes vídeos que correm bem em H.264 high-profile (provavelmente porque foram codificados sem CABAC, não sei).
O Tablet S e qualquer outro Tegra 2 correm H.264 main profile a 720p e até mesmo 1080p bastante bem. É uma limitação do descodificador de vídeo integrado.
O que aconselho a quem tem um Tegra 2 e quer ver vídeos é a sacar um software chamado Handbrake e reconverter tudo o que for mkv 720p high-profile (na prática, todas as releases actuais) em mkv 720p main-profile, e deixar estar igual todas as outras definições.
Demora um bocado a converterv (dependendo do CPU), mas vale bem a pena.