Sim, esse guia mostra como fazer o upgrade de uma forma simples, sem ter de estar a criar nova partição e/ou desinstalar a versão em uso.
Os ficheiros mantêm-se, no entanto é melhor fazer um backup dos ficheiros mais importantes que tenham guardados. Só para o caso de alguma coisa correr mal.
Como queres actualizar a versão que tens para uma versão limpa?
A única maneira de fazeres isso seria a /home ser uma partição independente, ai podias formatar o pc e instalar a nova 9.04 a partir do cd e os dados da /home manterias os dados, mas actualizar literalmente, não é para uma instalação limpa, vai actualizar o sistema actual para a nova versão.
Ah, então a maneira mais simples é fazeres o backup do que queres guardar, fazes o download do 9.04 e metes a arrancar do cd, instalas como fizeste com o 8.x que ele apaga tudo do disco e mete o 9.04 depois restituis os backups se quiseres, e ai terás o 9.04
PS: e voltei a perder