Nota-se e não é pouco, quando temos um bom sistema de colunas naturalmente. Agora, com um sistema de colunas "corriqueiro", nem vale a pena, a onboard chega para a grande maioria das pessoas.
O som é muito mais cristalino e com mais "detalhe", já para não falar nos melhores efeitos que uma boa placa de som dedicada consegue reproduzir. Esses efeitos em música até podem não ser muito perceptíveis à primeira vista, mas em visualização de filmes por exemplo, a diferença é logo por demais evidente.
Eu falo por experiência própria, já usei ambas, onboard e placas dedicadas, e em todas as situações, uma boa placa de som dedicada consegue ser superior e apresentar melhor qualidade de som.
Mas lá está, isso vai depender de cada um, nem todos temos as mesmas exigências, para uns a onboard pode chegar, para outros não, mas acima de tudo depende do sistema a que tivermos a placa ligada.