Antes demais tens de ver de onde vem o vídeo. Não aconselho esses conversores manhosos free. O melhor é mesmo usares o próprio flash para converteres.
Geralmente o meu workflow para vídeos que vão para flash é este:
Captura em AVI -> Edição em Premiere-> Export em Quicktime com o codec Sorensen 3-> Import do ficheiro Quicktime para o flash -> Escolha da resolução/compressão nos menus de selecção-> o flash faz o resto...
Fica impecável e em termos de "peso" só fica até onde tu quiseres pois és tu que escolhes isso tudo nas opções que o flash te dá quando importas o vídeo.
Cumps,
michael c