adobe flash vs. adobe after effects

Olá a todos!
Gostava de saber se me poderiam esclarecer numa questão.
Tenho de concretizar uma pequena animação flash para web com imagens vectoriais. O mais comum seria usar o Adobe Flash para o efeito, porém sinto-me mais à vontade no After Effects. Uma vez que o AE também trabalha com vectores, e também pode salvar vídeos em FLV, F4V, entre outras semelhanças, será que não haverá problema em animar no AE em vez de utilizar o Flash?
Haverá alguma diferença no que toca depois a submeter a animação no site?

Obrigada e bom feriado.
 
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