Antes que mais, não existe uma maneira fácil de fazer um bom site em flash, ou parcialmente em flash. Flash requere muita dedicação e aprendizagem. Recomendo antes aprender flash, pelo menos o básico e intermédio (um pouco de action script não fazia mal) e depois, quando se tiver aprendido alguma coisa, só existe um programa para flash, que é o Macromedia Flash. Não vale a pena andar a inventar com outros ...