A escolha de um microcontrolador depende do fim a que se destina, por isso "um bom microcontrolador" é algo subjectivo.
Por outro lado, se o que pretendes é dar uso ao programador Apollo5, então convém que escolhas um micrcontrolador que ele consiga programar.
Os micrcontroladores que programei num Apollo foram: AT90S8515, ATmega8515, AT90S2313 e AT90S1200.
Por comparação com o que estavas a tentar usar, embora naturalmente com todas as divergências que há por se tratarem de famílias diferentes, diria que o mais parecido será o AT90S2313. O problema é que a Atmel descontinuou-o e o seu substituto directo que é o ATtiny2313, não é programável nos Apollo (seja lá qual for a versão). De qualquer forma é possível que encontres o AT90S2313 á venda na net ou em alguma casa de electrónica.
O mais que posso fazer por ti, é enviar-te um ATmega8515 mas com capsulado PLCC44, pois desses creio que tenho lá alguns por casa e posso dar-te 1 a título excepcional. Pelo menos já dava para veres o Apollo a mexer. Se o quiseres, manda-me uma PM com uma morada para a qual possa enviar-te isso.
Para usar ICs com capsulado PLCC em breadboards (placas de ensaio) terás que recorrer a um adaptador deste tipo:
E para não estragares ou os integrados, ou os suportes, é conveniente usar um extractor como este:
Abraço