Lês todas as palavras do ficheiro para uma estrutura (uma hash table é boa ideia) e procuras a palavras que queres nessa estrutura.
É uma boa ideia se o ficheiro for pequeno.
Imagina que o ficheiro tem 1GB(improvável), seria complicado passar isso tudo para memória(ainda por cima em C que não tem protecção de memória).
O ideal seria ler palavra a palavra, e fazer um match com a pretendida.
Lês todas as palavras do ficheiro para uma estrutura (uma hash table é boa ideia) e procuras a palavras que queres nessa estrutura.
podes Sempre Usar O lex.