Se for num desses hosters normais ( blogspot, wordpress ) nao faço a mínima.
Se for um host teu, podes sempre criar um ficheiro .php que incremente um contador ( em DB MySQL ou txt ) e depois te reencaminhe para o ficheiro executável em si
algo do género ( pseudocodigo )
<?php
$downloads = Sacar valor actual dos downloads num txt ou sql
$downloads = $downloads + 1
update downloads num txt ou sql
header(file.exe)
?>