Partindo do presuposto k os discos são IDEs vrifica se tens um como Slave e outro como Master, sendo o master onde tens o sistema operativo.
Se os discos estavam a funcionar, e isso de um dia pro outro isso ficou assim, pode-se ter dado o caso, da pilha da bios, ter dado o badagaio, e ter desconfigurado. passa pela bios, e re-configura os discos.
Experimenta o disco k esta inactivo como master, o disco tb pode ter pifado.
E depois, passa um spy ware.. nunca se sabe...