Tens de particioná-lo, ou no windows, ou, quando fizeres a instalaão do linux. Dependendo da distro, tens vários programas que o fazem. Se fizeres em Windows Vista, aconselho-te o PartitionMagic (pago) ou uma alternativa gratuita como o SwissKnife.
De qualquer modo, certifica-te de que a partição criada está em ext e de que tens uma terceira partição swap