Tenta reparar as permissões através do Install Disk do Mac OS X, apesar de não ser um procedimento recomendado, muitas vezes funciona.
Não é muito recomendado, porque desde a instalação a partir do dvd, existiram actualizações à estrutura do Mac OS X e que podem ter alterado certas permissões para aumentar a segurança de certas aplicações, mas penso que isto não seja grande problema, uma vez que se conseguires recuperar o sistema e correres novamente o permission repair a partir do sistma, pode voltar a pôr as permissões como devem estar de acordo com o teu último update.
Se não conseguires, penso que o melhor mesmo é reinstalares o mac os x, se não teres os backups em dia, podes usar um cd de uma das últimas versões do Ubuntu que são live cds e recuperar os ficheiros que precisas, podes também optar por uma "Archive and Install", ou então através do Windows com uma das aplicações MacDrive ou HFS Explorer.
O melhor nesses casos, é bootar o dvd que vem com a Tech Tool Pro e que traz muitos utilitários que podem resolver o problema, é desta forma que muitas lojas Apple resolvem os problemas desse género, por isso caso tenhas um, sugiro que o uses, pois pode resolver o problema.