Se queres ver mkv com qualidade, instala o k-lite full codec pack. Se utilizas o media player do windows, ao instalares não mandes instalar o player que vem no pack de codecs. E ai ficas com tudo, software para legendas, resmas de codecs, etc...
eu pelo menos com esses codecs vejo mkv's na boa.
Eu instalo todos os codecs e ao instalar (mando instalar sempre a 1.ª opção) e tudo funciona que é uma maravilha aqui...