Tens dois discos a trabalhar em RAID 1, um é o espelho do outro, não importa qual ligas primeiro, configuras o RAID 1 na bios da motherboard, e arrancas. (Mesmo sendo a board igual é normal que não os consigas ligar de forma igual, o importante é configurar na Bios, neste caso na board, o RAID 1, para que ele continue a fazer espelho).
A opção que eu mencionei antes de reconstruir a partição RAID penso que seja só para RAID 0.