O Folding e o Hardware - Dúvidas e Questões.

[Aderito-PT]

Caros foldadores lusitanos,

Sendo eu um novato ainda nestas andanças do folding (comecei há menos de um mês) ainda sinto que existem muitas questões relativamente a este hobbie/paixão que não domino e que, por certo, haverá pessoas batidas nesta lista que me poderão elucidar (a mim...e espero..a muitos e bons novatos que estejam connosco).

De entre estas dúvidas, uma das que mais me enche a cabeça é o "peso" que o hardware do sistema de uma forma geral, e cada componente em particular, desempenha no processamento de um software de simulação, como é o folding.


Operacionalizado/questionando:

1. O processador: parece ser (é?!) dos componentes mais lógicos como factor decisivo na performance de uma "folding machine". Aqui três grandes dúvidas se me colocam:
a) Para o folding é previsivelmente melhor, tendo em conta as características e arquitectura de cada um, um processador INTEL ou AMD? Será indiferente?
b) A memória cache do processador fará uma grande diferença num aplicação do tipo folding?
c) Single Core ou Dual Core? O duplicar do Core será visível num aumento proporcional (ou seja....aproximadamente o dobro) do desempenho..ou não?


2. A Memória RAM: outro dos principais candidatos a figura principal ou, pelo menos, de destaque nesta história da performance em folding. As minhas dúvidas neste ponto:
a) Qual a quantidade mínima de RAM para se processar...sem prejudicar os outros programas e aplicações..qualquer WU..mesmo as mais pesadas GROMACS de 600 pontos?
b) Pelas características da aplicação de folding, outros parâmetros da RAM, como a Cas Latency (CL), a largura de banda de transmissão de dados (bandwidth) poderão ditar diferenças visíveis no desempenho médio de um processamento de folding?


3. A Motherboard: Sobre a relação deste componente com a performance numa aplicação de Folding não sei nada. Assim:
a) Os parâmetros gerais da motherboard (chipset, bandwidth das bridges, etc) poderão causar diferenças substanciais de performance no folding?
b) Que outras funcionalidades ou dispositivos (extras) colocados pelos diferentes fabricantes de motherboards poderão provocar um aumento notório de performance? Nenhum?


4. A Placa Gráfica: Na apresentação do seu Arsenal nesta lista, a generalidade dos membros coloca sempre..e às vezes em destaque..a Placa Gráfica que possui. Assim:
a) Perdoem-me se estou errado, parece-me que do ponto de vista gráfico, uma aplicação como esta não "puxa" pelo processador gráfico. De facto...mesmo na versão gráfica da aplicação...a imagem mostrada ( uma janela..actualizada de x em x segundos, com meia dúzia de cores, sem grande efeitos de imagem e pouca resolução) parece-me...pela qualidade, tamanho e velocidade mostradas, passível de ser "mastigada" até por uma jurássica S3 Trio de 8 Mb que tenho lá perdida numa gaveta. Estarei enganado?
b) Um mesmo sistema "médio" terá uma performance em folding processement substancialmente alterada só porque se substituiu, por exemplo, uma "velhinha" GeForce MX 440 de 64 Mb por uma portentosa 6800GT??


5. Outros Componentes: Haverão outros componentes de um PC que interfiram de forma substancial no desempenho em aplicações de simulação como o FOLDING? Se sim, quais componentes e em que medida?


Como vêem, isto é uma verdadeira enciclopédia de dúvidas. Mas também, de outra forma não justificaria uma nova thread. Aguarda-se a ajuda abnegada de todos...para poder dormir mais descansado.

O acrescento de outras dúvidas sobre esta questão, são igualmente muito bem vindas.

Por isso, toca a acordar..a puxar pelos neurónios...e a esclarecer aqui os "recrutas"...


Um abraço...e façam o que fizerem....KEEEEEP FOOOLDIIIIIIIIIIIIIIING !!!


Aderito-PT

 

[Pocas]

São boas questões que eu também gostaria de saber...

Apesar de ser noob penso que CPU e RAM serão os componentes mais relevantes.

Pocas

N se esqueçam de Beber Um biberão de Folding antes de deitar!

 

[crazyIV]

boas
é assim, pelo q sei é o cpu e ram os principais componentes.
quanto mais rapido for o cpu, e quanto mais, e rapida, for a ram, melhor é!!
claro q para teres isto tens q ter uma mob boa
grafica por enquanto nao é importante, pq ainda nao esta feito os Wus q dependam delas

 

[JPgod]

boas
grafica por enquanto nao é importante, pq ainda nao esta feito os Wus q dependam delas

No dia que optimizarem as WU para serem mastigadas pelas graficas, seja folding, ou os projectos od BOINC, será a grande revolução

 

[shello]

Boas!
Sim, como os meus colegas do folding já disseram, os componentes do PC mais relevantes no folding são o Processador e a Memória RAM.
Respostas que sei dar:
1 - C) Mesmo sendo Single/dual core ou ter hyper threading, o folding reconhece-os tal como o sistema reconhece: como vários processadores. Não sei o que acontece com máquinas com mais de 2 processaodres (Veja-se os dual core com HT - "4" processadores), mas o programa, mesmo que tenha definido que deve utilizar 100% do processador, só usa "1" dos processadores (Ex: HT: usa 50%)... Não me parece que influencie em Dual Core, mas em HT influencia um pouco, visto que a thread está a correr com outra no mesmo core, enquanto em dual core (simples) cada thread corre no seu core.

Abraços!

 

[shello]

No dia que optimizarem as WU para serem mastigadas pelas graficas, seja folding, ou os projectos od BOINC, será a grande revolução

Era ai que a NVidia e a ATI ficavam felizes

 

[JPgod]

As vendas de SLI e CrossFire com graficas de topo disparavam

 

[Metro]

Isto é um tremendo desafio mas cá estamos para responder. provavelmente não responderei a tudo mas editarei posteriormente até completar tudo. Pelo menos o que sei

1. O processador: parece ser (é?!) dos componentes mais lógicos como factor decisivo na performance de uma "folding machine". Aqui três grandes dúvidas se me colocam:
a) Para o folding é previsivelmente melhor, tendo em conta as características e arquitectura de cada um, um processador INTEL ou AMD? Será indiferente?
b) A memória cache do processador fará uma grande diferença num aplicação do tipo folding?
c) Single Core ou Dual Core? O duplicar do Core será visível num aumento proporcional (ou seja....aproximadamente o dobro) do desempenho..ou não?

Sem duvida que o CPU é o mais importante. Pelo menos para já (mais informação sobre isto na pergunta 4
A excelente base de dados que já temos aqui: http://www.techzonept.com/showthread.php?t=62542 permite retirar muitas conclusões algumas delas não à primeira vista.
Em primeiro lugar sem duvida que o tempo das WUs com o aumento de OC é notório mas tb é notório que os P4 com HT são os melhores. Não se nota em termos de tempos puros mas se nos lembramos que estão a correr dois clientes ao mesmo tempo já dá para perceber a vantagem. O mesmo é válido para máquinas com dois CPUs ou mais mas diria que neste momento os P4 são excelentes cpus para o Folding.
Com o aparecimento dos dual core ainda tão recente não é possivel provar isto com dados concretos. Penso que o Gandalf nos vai poder tirar as duvidas nos próximos dias. O que temos é dois CPUs no que antes era só um CPU. Passamos de HT nos P4 para dois CPUs fisicos e isso vai permitir ter uma performance soberba. É o futuro para os foldadores e diria para todos os que correm algum projecto de computação distribuida. Tb são para quem queira fazer um upgrade ao seu computador. No futuro cada vez mais veremos o software a tirar partido dos dois cores portanto nºao há nada que enganar

Respondedo às várias alineas diria:
1a)
Intel. Nos dual core ainda terá que se ver mas com a performance dos AMD será dificil os Intel serem melhores.

1b)
Não sei.

1c)
Dual Core all the way.

2. A Memória RAM: outro dos principais candidatos a figura principal ou, pelo menos, de destaque nesta história da performance em folding. As minhas dúvidas neste ponto:
a) Qual a quantidade mínima de RAM para se processar...sem prejudicar os outros programas e aplicações..qualquer WU..mesmo as mais pesadas GROMACS de 600 pontos?
b) Pelas características da aplicação de folding, outros parâmetros da RAM, como a Cas Latency (CL), a largura de banda de transmissão de dados (bandwidth) poderão ditar diferenças visíveis no desempenho médio de um processamento de folding?

A memória melhora a performance do PC. Quanto mais rápida e com melhores timmings melhor.

3. A Motherboard: Sobre a relação deste componente com a performance numa aplicação de Folding não sei nada. Assim:
a) Os parâmetros gerais da motherboard (chipset, bandwidth das bridges, etc) poderão causar diferenças substanciais de performance no folding?
b) Que outras funcionalidades ou dispositivos (extras) colocados pelos diferentes fabricantes de motherboards poderão provocar um aumento notório de performance? Nenhum?

A board é a peça mais importante do PC. A maior parte das pessoas não pensa assim mas devia. O investimento numa boa board e principalmente com um bom chipset que optimize a performance de todos os componentes é absolutamente necessário. Essa tb é a diferença entre ter uma board com boas opções de Overcloking que permita melhorar a performance do PC.

4. A Placa Gráfica: Na apresentação do seu Arsenal nesta lista, a generalidade dos membros coloca sempre..e às vezes em destaque..a Placa Gráfica que possui. Assim:
a) Perdoem-me se estou errado, parece-me que do ponto de vista gráfico, uma aplicação como esta não "puxa" pelo processador gráfico. De facto...mesmo na versão gráfica da aplicação...a imagem mostrada ( uma janela..actualizada de x em x segundos, com meia dúzia de cores, sem grande efeitos de imagem e pouca resolução) parece-me...pela qualidade, tamanho e velocidade mostradas, passível de ser "mastigada" até por uma jurássica S3 Trio de 8 Mb que tenho lá perdida numa gaveta. Estarei enganado?
b) Um mesmo sistema "médio" terá uma performance em folding processement substancialmente alterada só porque se substituiu, por exemplo, uma "velhinha" GeForce MX 440 de 64 Mb por uma portentosa 6800GT??

Aqui temos três pontos a ver:

O modo consola do cliente do Folding não precisa da gráfica para nada portanto arrisco dizer que é indiferente.
No modo gráfico os drivers da grafica mal instalados podem dar problemas. No entanto o impacto é minimo de qq das formas. Sabemos que o modo consola é mais rapido do que o modo grafico mas isso tb se explica por ocupar menos recursos.

Last but not least
O Folding@Home à muito que anda a fazer testes com um cliente para correr a partir dos GPUs, ou seja, nas gráficas. Qd isso for lançado o impacto vai ser brutal. Ai passaremos a foldar com as gráficas (só darão as de ultima geração não se entusiasmem muito) o que será brutal. Ai sim uma boa gráfica fará toda a diferença

5. Outros Componentes: Haverão outros componentes de um PC que interfiram de forma substancial no desempenho em aplicações de simulação como o FOLDING? Se sim, quais componentes e em que medida?

Aqui diria dois à partida:

1º A fonte de alimentação. A estabilidade de um PC passa em grande medida pela estabilidade das linhas de 12V; 5V e de 3.3V. Como o folding puxa pelo CPU e memórias é importante que a voltagem dos vários componentes chegue em perfeitas condições e de modo estável.

2º Pensar muito bem no arrefecimento do PC. A procura de vender os PCs ao mais baixo preço e silenciosos leva a dois grandes erros. O primeiro é de colocar um cooler no CPU que não suporta o mesmo em full load por longos periodos. Por outro lado as caixas raramente têm uma boa ventilação o que não permite ao calor produzido pelos vários componentes que saia.
Com isso passamos a ter um verdadeiro forno que vai a médio e longo prazo prejudicar a performance e trazer instabilidade ao PC com um sério risco de danificar o PC. Muitas vezes gastar mais 40€ num bom cooler e adquirir mais uma ou duas ventoinhas faz toda a diferença.


Assim sucintamente diria que é isto.
Se quiserem acrescentar, modificar etc força

 

[Pocas]

Palminhas po Metro!

Obrigado pela informação, ajudou mt, e fico ja com ideais de como fazer o meu novo sistema "ideal" para o folding.

Pocas

 

[Cruzeta]

Boas,

O nosso amigo Metro respondeu a tudo de uma forma clara e objectiva.

A única coisa que tenho a acrescentar é a seguinte: numa determinada WU os AMD são melhores que os Intel mas noutra WU pode suceder, e sucede, o contrário. Basta pesquisares os benchmarks de Fahmon para comprovares isso;
Outra coisa: não pensem que por haver WU's de 600 pontos que elas consomem muita RAM porque não é verdade! Essas consomem cerca de 10MB, pelo menos no meu P3 a 900, que demora 8 dias inteiros a terminá-las. As WU's que consomem mais memória são as core QMD que levam mais de 200MB por cada consola e, como até agora elas só correm em P4, se tiveres 2 consolas, precisas de 1GB de RAM para elas te serem enviadas.

Abraço

P.S.: Finalmente cheguei ao top 3K Venha o 2K

 

[digital_jesus]

Muita atenção á board.
Tive uma asrock que simplesmente me tirava mais de 30% em desempenho

 

[viper5000]

Bem tenho uma questao para correr mais do que uma consola neste caso sao 4 consolas que quero correr a minha questao e se e so correr as 4 consolas ou tenho que fazer 4 instalações do programa

 

[Cruzeta]

Bem tenho uma questao para correr mais do que uma consola neste caso sao 4 consolas que quero correr a minha questao e se e so correr as 4 consolas ou tenho que fazer 4 instalações do programa

Boas,
Para fazeres isso tens que instalar o programa em 4 pastas diferentes, com 4 ID's diferentes e convém mudar o nome do ficheiro executável (fah502*.*, fah503*.* ... etc).

Mas atenção que só vais tirar partido disso se tiveres um dual core com HT! No meu cpu P4 com HT tenho 2 consolas porque o cpu simula serem 2! Eu até posso instalar lá 10 consolas mas a mesma WU que neste momento me demora, por exemplo, 10 minutos por frame, passa a demorar 50 minutos!

Cumps

 

[shello]

Parabéns Metro! Grande resposta

O Folding@Home à muito que anda a fazer testes com um cliente para correr a partir dos GPUs, ou seja, nas gráficas. Qd isso for lançado o impacto vai ser brutal. Ai passaremos a foldar com as gráficas (só darão as de ultima geração não se entusiasmem muito) o que será brutal. Ai sim uma boa gráfica fará toda a diferença

Isto sim era brutal mesmo...

 

[Dazkarieh]

Para já...UFAAAA 8o

Grande post, Metro. Igualmente para o Aderito-PT que se não colocarem as questões estas nunca serão respondidas

1b)
Não sei.

Estive ausente estes dias mas agora vai já a resposta a esta questão, pela experiencia que tenho.

Aqui posso dizer que fará diferença em algumas WU's... e MUITA diferença...

Vejam por exemplo as 147*, em que o crazy, com um 3500+ a 3GHz, nem perto se chega do meu score Reparem que tenho mais de 5 minutos por frame de vantagem sobre ele

Noutras não sei, mas este é um caso claro de diferença..

Um grande abraço a todos os foldadores

 

[luminoso]

As minhas respostas...


1. O processador: parece ser (é?!) dos componentes mais lógicos como factor decisivo na performance de uma "folding machine". Aqui três grandes dúvidas se me colocam:

a) Para o folding é previsivelmente melhor, tendo em conta as características e arquitectura de cada um, um processador INTEL ou AMD? Será indiferente?
Sim é. Quando estás a sintetizar uma protaina utilizas um "core", é isso que vai trabalhar a protaina em si. A consola que tu vês apenas controla o core, vendo se eles está a trabalhar ou se nao, se tem que enviar o trabalho feito ou se tem que sacar um novo, ver se nao existem erros no trabalhado d'ele etc.
O core em si pode ter varias optimozaçoes. É praticamente igual para todos, exepto no core 89 que necessita de instruções SSE2, dadas apenas pelos pentium 4 e pelos AMD mais recentes (64 e FX se nao estou em erro). Depois, quanto mais velocidade melhor, claro.

b) A memória cache do processador fará uma grande diferença num aplicação do tipo folding?
Não. Um maior cache de CPU apenas te permite obter um maior desempenho em todo o processamento em geral, quando tens várias aplicaçoes a necessitar de processamento. Se nao fazes coisas do tipo video encoding, utilizaçao massiva do CPU nao notaras diferença alguma.

c) Single Core ou Dual Core? O duplicar do Core será visível num aumento proporcional (ou seja....aproximadamente o dobro) do desempenho..ou não?
Sim. (sou muito ignorante ainda nisto do dual core). Digamos que o dual core é a mesma coisa que o HT dos pentium4. Poderás ter 2 consolas a correr, uma em cada "lado" do CPU.

2. A Memória RAM: outro dos principais candidatos a figura principal ou, pelo menos, de destaque nesta história da performance em folding. As minhas dúvidas neste ponto:

a) Qual a quantidade mínima de RAM para se processar...sem prejudicar os outros programas e aplicações..qualquer WU..mesmo as mais pesadas GROMACS de 600 pontos?
1024 MB é o ideal para processares essas WUs pesadas. Apesar de nunca ter utilizado penso que ha delas que chegam a usar 250mb de ram(perdao se tou a dizer bacurada). Logo, se queres jogar, correr todas as aplicaçoes + 1 consola com esse tipo de WUs essa será a quantidade minima.

b) Pelas características da aplicação de folding, outros parâmetros da RAM, como a Cas Latency (CL), a largura de banda de transmissão de dados (bandwidth) poderão ditar diferenças visíveis no desempenho médio de um processamento de folding?
O principal factor de no folding é a velocidade do CPU , apesar de que, ter uma ram estavel, que nao dê erros (que iria provocar com que a WU n seja acabada, logo nao pontuas) poderá ajudar qualquer coisa - minimo.

3. A Motherboard: Sobre a relação deste componente com a performance numa aplicação de Folding não sei nada. Assim:

a) Os parâmetros gerais da motherboard (chipset, bandwidth das bridges, etc) poderão causar diferenças substanciais de performance no folding?
Nao muito. Resposta 2b.

b) Que outras funcionalidades ou dispositivos (extras) colocados pelos diferentes fabricantes de motherboards poderão provocar um aumento notório de performance? Nenhum?
Talvez tecnologias como PAT.
Bom arrefecimento do CPU faz que nao seja activada uma defesa de quase todas as motherboards, em que, quando aquece demais o CPU e todo o computador é "estrangulado" de forma a abrandar o seu processamento e a baixar as temperaturas. Se nao atingires essas temperaturas terás sempre desempenho máximo.

4. A Placa Gráfica: Na apresentação do seu Arsenal nesta lista, a generalidade dos membros coloca sempre..e às vezes em destaque..a Placa Gráfica que possui. Assim:
a) Perdoem-me se estou errado, parece-me que do ponto de vista gráfico, uma aplicação como esta não "puxa" pelo processador gráfico. De facto...mesmo na versão gráfica da aplicação...a imagem mostrada ( uma janela..actualizada de x em x segundos, com meia dúzia de cores, sem grande efeitos de imagem e pouca resolução) parece-me...pela qualidade, tamanho e velocidade mostradas, passível de ser "mastigada" até por uma jurássica S3 Trio de 8 Mb que tenho lá perdida numa gaveta. Estarei enganado?
Ao usares um cliente grafico estás em uso permanente do gpu da grafica e de uma utilizaçao escusada do CPU para "fazer" esses graficos... Ou seja: +uso da grafica, +uso do cpu +lentidao no processamento da WU.

b) Um mesmo sistema "médio" terá uma performance em folding processement substancialmente alterada só porque se substituiu, por exemplo, uma "velhinha" GeForce MX 440 de 64 Mb por uma portentosa 6800GT??
Provavelmente nao

5. Outros Componentes: Haverão outros componentes de um PC que interfiram de forma substancial no desempenho em aplicações de simulação como o FOLDING? Se sim, quais componentes e em que medida?
Resposta 3b. Uma boa fonte ajuda também a evitar desgraças.



(Nao tive tempo de ler as respostas dos outros. Estas sao dadas no que sei de informatica, pode esta alguma coisa errada, qualquer coisa pf corrijam)