Isso vai sempre depender do SO que instalares. Eu como não uso Linux no dia-a-dia, e não queria estar a inventar, optei por instalar Ubuntu 16. No site da digitalocean (secção Comunidade) tens muitos tutoriais, não só de instalação como também de configuração (mesmo a nível de segurança). Recomendo começar pelo "Initial server setup". Depois depende das tuas necessidades.
Em relação ao painel, tens o Webmin, por exemplo.