Bem, vamos lá a ver se ainda me lembro disto como deve ser...
Todos os discos estão divididos em sectores.
O que a FAT32 faz é pegar no tamanho do disco, dividi-lo num número máximo de clusters (que já não me lembro qual é, mas que não varia consoante o tamanho do disco), e depois por dentro de cada cluster x sectores.
Quando usas o NTFS, cada sector do disco vai ser um cluster - vais ter um número variável de clusters - qt maior o disco mais clusters vais ter.
Na prática, o que vai acontecer é que enquanto em NTFS vais ter um "índice" enorme e o sistema operativo vai demorar mais tempo a ler e a escrever no disco, em FAT32 vais ter um "índice" mais pequeno, logo o sistema operativo "encontra" e escreve mais rapidamente. O grande senão de usar FAT 32 está em que no grande desperdício de espaço:
Quando escreves um ficheiro, ele começa a ser escrito sempre no início de um cluster, ou seja, se tiveres o teu disco em FAT32 em que cada cluster tenha, por exemplo, 10kb, se quiseres guardar 2 ficheiros distintos de 1 kb, na prática vais estar a ocupar 20kb.
E quanto maior for o disco ou a partição, maior vai ser o tamanho de cada cluster.
Espero não ter dito lá mts asneiras - e que tenha ajudado a compreender um bocadinho melhor as diferenças entre FAT e NTFS.
Para saberes quais são exactamente os tamanhos de um sector e da quantidade máxima de clusters que a FAT32 pode ter, é melhor mesmo procurares no site da microsotf - e já agora só mais uma coisa - se não me engano, a formatação agora usada já não é a FAT32, mas sim a FAT32x.
Mas mais uma vez peço para me corrigirem se tiver dito alguma asneira - é que já lá vão quase 2 anos desde a última vez que olhei sequer para isto.