Incompatibilidade em que sentido? o Windows x64 corre programas de 32 bits sem problemas de maior, e ainda tens o modo de compatibilidade. Até agora tudo o que tinha de 32 bits correu no meu, não sei se é assim no teu caso.
Mas não estou a ver uma maneira de converteres isso sem ter que formatar ou instalar por cima... já ao contrário é igual.
Já pensaste em usar antes uma máquina virtual?