Problema com boinc - suspende trabalho

L

lupe

Power Member
olá a todos,

tenho o seguinte problema, para o qual peço pela vossa ajuda:
o meu boinc, quando muda de projectos, do climate para o rosetta, fica como que suspenso, sem estar a trabalhar no modelo.

dados:
boinc_4.19.3_i686-pc-linux-gnu, a correr em Debian Sarge, P4, sem hyperthreading ligado a nível de kernel
ver abaixo 'FICA PENDURADO AQUI'; tenho de fazer ^C e iniciar de novo o boinc, e ele já começa a trabalhar bem.

Que se passará?


2006-01-19 09:58:49 [climateprediction.net] Pausing result sulphur_i9ie_100852134_0 (removed from memory)
2006-01-19 09:58:49 [rosetta@home] Starting result NO_SIM_ANNEAL_BARCODE_30_2reb_246_4919_0 using rosetta version 4.80
sulphur_i9ie_100852134 - PH 1 TS 0009768 A - 24/06/1811 12:00 - H:M:S=0014:08:13 AVG= 5.21 DLT= 2.99
2006-01-19 09:58:50 [rosetta@home] Unrecoverable error for result NO_SIM_ANNEAL_BARCODE_30_2reb_246_4919_0 (process exited with code 1 (0x1))
2006-01-19 09:58:50 [rosetta@home] Unrecoverable error for result NO_SIM_ANNEAL_BARCODE_30_2reb_246_4919_0 (process exited with code 1 (0x1))
2006-01-19 09:58:50 [rosetta@home] Deferring communication with project for 1 minutes and0 seconds
2006-01-19 09:58:50 [rosetta@home] Deferring communication with project for 1 minutes and0 seconds
2006-01-19 09:58:50 [rosetta@home] Computation for result NO_SIM_ANNEAL_BARCODE_30_2reb_246_4919 finished
CPDN Monitor got quit request...
Cleaning up graphics data...
Detaching shared memory...
2006-01-19 09:59:51 [---] Insufficient work; requesting more
2006-01-19 09:59:51 [rosetta@home] Requesting 8208 seconds of work
2006-01-19 09:59:51 [rosetta@home] Sending request to scheduler: http://boinc.bakerlab.org/rosetta_cgi/cgi
2006-01-19 10:00:10 [rosetta@home] Scheduler RPC to http://boinc.bakerlab.org/rosetta_cgi/cgi succeeded
2006-01-19 10:00:10 [rosetta@home] Started download of aa1dtj_09_05.400_v1_3.gz
2006-01-19 10:00:10 [rosetta@home] Started download of 1dtj.pdb.gz
2006-01-19 10:01:46 [rosetta@home] Finished download of 1dtj.pdb.gz
2006-01-19 10:01:46 [rosetta@home] Throughput 114 bytes/sec
2006-01-19 10:01:46 [rosetta@home] Started download of aa1dtj_03_05.400_v1_3.gz
2006-01-19 10:01:51 [rosetta@home] Finished download of aa1dtj_09_05.400_v1_3.gz
2006-01-19 10:01:51 [rosetta@home] Throughput 35032 bytes/sec
2006-01-19 10:01:51 [rosetta@home] Started download of 1dtj_.fasta
2006-01-19 10:01:52 [rosetta@home] Finished download of 1dtj_.fasta
2006-01-19 10:01:52 [rosetta@home] Throughput 121 bytes/sec
2006-01-19 10:01:52 [rosetta@home] Started download of 1dtj_.psipred_ss2.gz
2006-01-19 10:01:53 [rosetta@home] Finished download of 1dtj_.psipred_ss2.gz
2006-01-19 10:01:53 [rosetta@home] Throughput 1096 bytes/sec
2006-01-19 10:02:20 [rosetta@home] Finished download of aa1dtj_03_05.400_v1_3.gz
2006-01-19 10:02:20 [rosetta@home] Throughput 40014 bytes/sec <---- FICA PENDURADO AQUI
2006-01-19 12:44:51 [---] Received signal 2
2006-01-19 12:44:52 [---] Exit requested by user
 
Não me parece boa ideia meter o rosetta a correr com outros projectos.
O boinc não dá mensagens a todos os minutos, há periodos que podem ir de minutos a horas sem mensagens de erro/info. Verificaste se tens os projectos a correr?
 
faz: "top" para veres se tens o processo do rosetta ou do climate a correr. Em principico o que acontece é o que o Encarnado disse. Ou na parte da lista de wu a processar ta td suspenso?
 
O climate corre sem problemas.

Passa do climate para o rosetta sem problemas também.

Mas inicia o rosetta e por qualquer motivo, qualquer erro, fica suspenso, isto é, o programa corre mas não está a analisar os dados.

Quando está nesta situação, o top não assinala o boinc nos processos que cabem no terminal virtual. Uma vez que aquele ordena os processos por ordem decrescente de utilização de recursos, concluo que o boinc está em estado de letargia ou sono profundo.

Encarnado: Porque é que dizes que o rosetta não deve estar a trabalhar com outros?

Deixo aqui outra vez a parte onde estará o problema:

sulphur_i9ie_100852134 - PH 1 TS 0010315 A - 05/07/1811 21:30 - H:M:S=0014:56:07 AVG= 5.21 DLT= 4.00
2006-01-19 13:44:53 [climateprediction.net] Pausing result sulphur_i9ie_100852134_0 (removed from memory)
2006-01-19 13:44:53 [rosetta@home] Starting result NO_VARY_OMEGA_1dtj_253_1988_0 using rosetta version 4.80
2006-01-19 13:44:54 [rosetta@home] Unrecoverable error for result NO_VARY_OMEGA_1dtj_253_1988_0 (process exited with code 1 (0x1))
2006-01-19 13:44:54 [rosetta@home] Unrecoverable error for result NO_VARY_OMEGA_1dtj_253_1988_0 (process exited with code 1 (0x1))
2006-01-19 13:44:54 [rosetta@home] Deferring communication with project for 1 minutes and0 seconds
2006-01-19 13:44:54 [rosetta@home] Deferring communication with project for 1 minutes and0 seconds
2006-01-19 13:44:54 [rosetta@home] Computation for result NO_VARY_OMEGA_1dtj_253_1988 finished
CPDN Monitor got quit request...
Cleaning up graphics data...
Detaching shared memory...
2006-01-19 13:45:55 [---] Insufficient work; requesting more
2006-01-19 13:45:55 [rosetta@home] Requesting 8212 seconds of work
2006-01-19 13:45:55 [rosetta@home] Sending request to scheduler: http://boinc.bakerlab.org/rosetta_cgi/cgi
2006-01-19 13:46:09 [rosetta@home] Scheduler RPC to http://boinc.bakerlab.org/rosetta_cgi/cgi succeeded
2006-01-19 13:46:09 [rosetta@home] Started download of 1ten_.psipred_ss2.gz
2006-01-19 13:46:09 [rosetta@home] Started download of 1ten_.fasta
2006-01-19 13:46:15 [rosetta@home] Finished download of 1ten_.psipred_ss2.gz
2006-01-19 13:46:15 [rosetta@home] Throughput 162 bytes/sec
2006-01-19 13:46:15 [rosetta@home] Started download of 1ten.pdb.gz
2006-01-19 13:46:15 [rosetta@home] Finished download of 1ten_.fasta
2006-01-19 13:46:15 [rosetta@home] Throughput 17 bytes/sec
2006-01-19 13:46:15 [rosetta@home] Started download of aa1ten_09_05.200_v1_3.gz
2006-01-19 13:46:25 [rosetta@home] Finished download of 1ten.pdb.gz
2006-01-19 13:46:25 [rosetta@home] Throughput 1994 bytes/sec
2006-01-19 13:46:25 [rosetta@home] Started download of aa1ten_03_05.200_v1_3.gz
2006-01-19 13:47:07 [rosetta@home] Finished download of aa1ten_03_05.200_v1_3.gz
2006-01-19 13:47:07 [rosetta@home] Throughput 27320 bytes/sec
2006-01-19 13:47:52 [rosetta@home] Finished download of aa1ten_09_05.200_v1_3.gz
2006-01-19 13:47:52 [rosetta@home] Throughput 27311 bytes/sec
2006-01-20 01:32:11 [---] Received signal 2
2006-01-20 01:32:11 [---] Exit requested by user <-- LÁ ESTÁ ELE SUSPENSO AQUI
lupe@lince:~/boinc$ ./boinc_4.19.3_i686-pc-linux-gnu
2006-01-20 01:32:13 [---] Starting BOINC client version 4.19 for i686-pc-linux-gnu
2006-01-20 01:32:13 [climateprediction.net] Project prefs: no separate prefs for home; using your defaults

E lá começa ele no climate, sem qualquer problema.

Se tiverem algumas dicas agradecia.
 
lupe disse:
Encarnado: Porque é que dizes que o rosetta não deve estar a trabalhar com outros?
Clicar para expandir...


Por causa de semelhante problema que tive. Rosetta a trabalhar sozinho funca na boa, a trabalhar com 2 projectos boinc (a fazer o switch com SETI) o rosetta só chegava aos 66%.
Desisti do Rosetta daquele PC e meti noutro computador a correr alone.
Concluí que se devia à paragem do processo.
 
Entretanto, parece que já resolvi o problema.

Editei o ficheiro client_state.xml na etiqueta <debt>

Tinha 0 em cada um dos dois projectos e inscrevi valores inteiros positivos. Está a funcionar.

Obrigado pela vossa ajuda!
 
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