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  1. lupe

    lupe Power Member

    olá a todos,

    tenho o seguinte problema, para o qual peço pela vossa ajuda:
    o meu boinc, quando muda de projectos, do climate para o rosetta, fica como que suspenso, sem estar a trabalhar no modelo.

    dados:
    boinc_4.19.3_i686-pc-linux-gnu, a correr em Debian Sarge, P4, sem hyperthreading ligado a nível de kernel
    ver abaixo 'FICA PENDURADO AQUI'; tenho de fazer ^C e iniciar de novo o boinc, e ele já começa a trabalhar bem.

    Que se passará?


    2006-01-19 09:58:49 [climateprediction.net] Pausing result sulphur_i9ie_100852134_0 (removed from memory)
    2006-01-19 09:58:49 [[email protected]] Starting result NO_SIM_ANNEAL_BARCODE_30_2reb_246_4919_0 using rosetta version 4.80
    sulphur_i9ie_100852134 - PH 1 TS 0009768 A - 24/06/1811 12:00 - H:M:S=0014:08:13 AVG= 5.21 DLT= 2.99
    2006-01-19 09:58:50 [[email protected]] Unrecoverable error for result NO_SIM_ANNEAL_BARCODE_30_2reb_246_4919_0 (process exited with code 1 (0x1))
    2006-01-19 09:58:50 [[email protected]] Unrecoverable error for result NO_SIM_ANNEAL_BARCODE_30_2reb_246_4919_0 (process exited with code 1 (0x1))
    2006-01-19 09:58:50 [[email protected]] Deferring communication with project for 1 minutes and0 seconds
    2006-01-19 09:58:50 [[email protected]] Deferring communication with project for 1 minutes and0 seconds
    2006-01-19 09:58:50 [[email protected]] Computation for result NO_SIM_ANNEAL_BARCODE_30_2reb_246_4919 finished
    CPDN Monitor got quit request...
    Cleaning up graphics data...
    Detaching shared memory...
    2006-01-19 09:59:51 [---] Insufficient work; requesting more
    2006-01-19 09:59:51 [[email protected]] Requesting 8208 seconds of work
    2006-01-19 09:59:51 [[email protected]] Sending request to scheduler: http://boinc.bakerlab.org/rosetta_cgi/cgi
    2006-01-19 10:00:10 [[email protected]] Scheduler RPC to http://boinc.bakerlab.org/rosetta_cgi/cgi succeeded
    2006-01-19 10:00:10 [[email protected]] Started download of aa1dtj_09_05.400_v1_3.gz
    2006-01-19 10:00:10 [[email protected]] Started download of 1dtj.pdb.gz
    2006-01-19 10:01:46 [[email protected]] Finished download of 1dtj.pdb.gz
    2006-01-19 10:01:46 [[email protected]] Throughput 114 bytes/sec
    2006-01-19 10:01:46 [[email protected]] Started download of aa1dtj_03_05.400_v1_3.gz
    2006-01-19 10:01:51 [[email protected]] Finished download of aa1dtj_09_05.400_v1_3.gz
    2006-01-19 10:01:51 [[email protected]] Throughput 35032 bytes/sec
    2006-01-19 10:01:51 [[email protected]] Started download of 1dtj_.fasta
    2006-01-19 10:01:52 [[email protected]] Finished download of 1dtj_.fasta
    2006-01-19 10:01:52 [[email protected]] Throughput 121 bytes/sec
    2006-01-19 10:01:52 [[email protected]] Started download of 1dtj_.psipred_ss2.gz
    2006-01-19 10:01:53 [[email protected]] Finished download of 1dtj_.psipred_ss2.gz
    2006-01-19 10:01:53 [[email protected]] Throughput 1096 bytes/sec
    2006-01-19 10:02:20 [[email protected]] Finished download of aa1dtj_03_05.400_v1_3.gz
    2006-01-19 10:02:20 [[email protected]] Throughput 40014 bytes/sec <---- FICA PENDURADO AQUI
    2006-01-19 12:44:51 [---] Received signal 2
    2006-01-19 12:44:52 [---] Exit requested by user
     
  2. Encarnado

    Encarnado [email protected] Member

    Não me parece boa ideia meter o rosetta a correr com outros projectos.
    O boinc não dá mensagens a todos os minutos, há periodos que podem ir de minutos a horas sem mensagens de erro/info. Verificaste se tens os projectos a correr?
     
  3. kanguru

    kanguru [email protected] Member

    faz: "top" para veres se tens o processo do rosetta ou do climate a correr. Em principico o que acontece é o que o Encarnado disse. Ou na parte da lista de wu a processar ta td suspenso?
     
  4. lupe

    lupe Power Member

    O climate corre sem problemas.

    Passa do climate para o rosetta sem problemas também.

    Mas inicia o rosetta e por qualquer motivo, qualquer erro, fica suspenso, isto é, o programa corre mas não está a analisar os dados.

    Quando está nesta situação, o top não assinala o boinc nos processos que cabem no terminal virtual. Uma vez que aquele ordena os processos por ordem decrescente de utilização de recursos, concluo que o boinc está em estado de letargia ou sono profundo.

    Encarnado: Porque é que dizes que o rosetta não deve estar a trabalhar com outros?

    Deixo aqui outra vez a parte onde estará o problema:

    sulphur_i9ie_100852134 - PH 1 TS 0010315 A - 05/07/1811 21:30 - H:M:S=0014:56:07 AVG= 5.21 DLT= 4.00
    2006-01-19 13:44:53 [climateprediction.net] Pausing result sulphur_i9ie_100852134_0 (removed from memory)
    2006-01-19 13:44:53 [[email protected]] Starting result NO_VARY_OMEGA_1dtj_253_1988_0 using rosetta version 4.80
    2006-01-19 13:44:54 [[email protected]] Unrecoverable error for result NO_VARY_OMEGA_1dtj_253_1988_0 (process exited with code 1 (0x1))
    2006-01-19 13:44:54 [[email protected]] Unrecoverable error for result NO_VARY_OMEGA_1dtj_253_1988_0 (process exited with code 1 (0x1))
    2006-01-19 13:44:54 [[email protected]] Deferring communication with project for 1 minutes and0 seconds
    2006-01-19 13:44:54 [[email protected]] Deferring communication with project for 1 minutes and0 seconds
    2006-01-19 13:44:54 [[email protected]] Computation for result NO_VARY_OMEGA_1dtj_253_1988 finished
    CPDN Monitor got quit request...
    Cleaning up graphics data...
    Detaching shared memory...
    2006-01-19 13:45:55 [---] Insufficient work; requesting more
    2006-01-19 13:45:55 [[email protected]] Requesting 8212 seconds of work
    2006-01-19 13:45:55 [[email protected]] Sending request to scheduler: http://boinc.bakerlab.org/rosetta_cgi/cgi
    2006-01-19 13:46:09 [[email protected]] Scheduler RPC to http://boinc.bakerlab.org/rosetta_cgi/cgi succeeded
    2006-01-19 13:46:09 [[email protected]] Started download of 1ten_.psipred_ss2.gz
    2006-01-19 13:46:09 [[email protected]] Started download of 1ten_.fasta
    2006-01-19 13:46:15 [[email protected]] Finished download of 1ten_.psipred_ss2.gz
    2006-01-19 13:46:15 [[email protected]] Throughput 162 bytes/sec
    2006-01-19 13:46:15 [[email protected]] Started download of 1ten.pdb.gz
    2006-01-19 13:46:15 [[email protected]] Finished download of 1ten_.fasta
    2006-01-19 13:46:15 [[email protected]] Throughput 17 bytes/sec
    2006-01-19 13:46:15 [[email protected]] Started download of aa1ten_09_05.200_v1_3.gz
    2006-01-19 13:46:25 [[email protected]] Finished download of 1ten.pdb.gz
    2006-01-19 13:46:25 [[email protected]] Throughput 1994 bytes/sec
    2006-01-19 13:46:25 [[email protected]] Started download of aa1ten_03_05.200_v1_3.gz
    2006-01-19 13:47:07 [[email protected]] Finished download of aa1ten_03_05.200_v1_3.gz
    2006-01-19 13:47:07 [[email protected]] Throughput 27320 bytes/sec
    2006-01-19 13:47:52 [[email protected]] Finished download of aa1ten_09_05.200_v1_3.gz
    2006-01-19 13:47:52 [[email protected]] Throughput 27311 bytes/sec
    2006-01-20 01:32:11 [---] Received signal 2
    2006-01-20 01:32:11 [---] Exit requested by user <-- LÁ ESTÁ ELE SUSPENSO AQUI
    [email protected]:~/boinc$ ./boinc_4.19.3_i686-pc-linux-gnu
    2006-01-20 01:32:13 [---] Starting BOINC client version 4.19 for i686-pc-linux-gnu
    2006-01-20 01:32:13 [climateprediction.net] Project prefs: no separate prefs for home; using your defaults

    E lá começa ele no climate, sem qualquer problema.

    Se tiverem algumas dicas agradecia.
     
  5. Encarnado

    Encarnado [email protected] Member


    Por causa de semelhante problema que tive. Rosetta a trabalhar sozinho funca na boa, a trabalhar com 2 projectos boinc (a fazer o switch com SETI) o rosetta só chegava aos 66%.
    Desisti do Rosetta daquele PC e meti noutro computador a correr alone.
    Concluí que se devia à paragem do processo.
     
  6. lupe

    lupe Power Member

    Entretanto, parece que já resolvi o problema.

    Editei o ficheiro client_state.xml na etiqueta <debt>

    Tinha 0 em cada um dos dois projectos e inscrevi valores inteiros positivos. Está a funcionar.

    Obrigado pela vossa ajuda!
     

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