O Melhor dos melhores é s/ dúvida alguma o Adobe Photoshop, mas é claro que muito do que oferecem outros programas para fazer capas, aqui tem de ser tudo feito de raiz e à pata.
Mas para imprimir em grandes e boas impressoras não há melhor, para finalizar pode-se usar o Quark ou algo do génro, como o Publisher ou até o word, é que para colocar margens em capas c/ fundos brancos por vezes é mais fácil.
Quanto à medidas, isto já muito ppl me pede são:
Frente..................12,2(w)x12(h) cm
Frente&Inside......24,4(w)x12(h) cm
Tráz.....................15(w)x11,8(h) cm
Tráz (Inlay)..........15(w)x11,8(h) cm
Nota:
Beiras Laterais.....0.7(w)x11,8(h) cm/cada