Actualmente estou a usar em produção Ubuntu Server e CentOS.
* CentOS: estável, bem mantido, seguro. Convém aprender a mexer com o SELinux antes de começar a fazer qualquer coisa com CentOS, caso contrário vão haver mtos "wtf" quando certas coisas não funcionarem por falta de permissões. Outra grande vantagem é a compatibilidade total com os drivers RHEL dos fabricantes, com as ferramentas de gestão, com os softwares da Redhat (Redhat Cluster, Redhat/Fedora Directory Server, FreeIPA, ...), e com a maior parte do software comercial. Muitos pacotes são antigos (ex.: Cups, rsyslogd, ...) e como tal não têm as funcionalidades avançadas que foram surgindo com o tempo.
* Ubuntu Server LTS: relativamente estável, pacotes recentes, tudo e mais qualquer coisa nos repos. Usa apparmour em vez de SELinux, que a meu ver é bastante mais simples de usar (muito simples dar permissões novas a um binário, p.e.; não é preciso compilar nada nem usar nada para além do vim). Excelente comunidade. Mais "bleeding edge" que o CentOS, o que o faz ser menos robusto e estável. Uso-o maioritáramente para servidores na intranet, quando os pacotes não existem no CentOS (ps.: evito sempre que posso usar pacotes que não sejam dos repos oficiais).
* Ubuntu Server JeOS: muito rápido em máquinas virtuais, suporte para VMI, e é uma instalação "barebone" (aka, por default não trás nada instalado). Uso este para máquinas virtuais devido à leveza e suporte para paravirtualização no kernel. Só trás os drivers e serviços extritamente necessários para correr em VMs. Até voa nos meus servidores ESX.
Em casa estou a usar Ubuntu Server 8.10.
