O Visual Studio 2008 só pode trabalhar com a versão do .Net Framework 2.0 ou superior. Para alterar pode ver aqui um exemplo: http://www.portugal-a-programar.org/forum/index.php/topic,26829.msg208335.html#msg208335
Para trabalhar com a versão .Net Framework 1.0 só a versão 2002 (que não aconselho) e a 2003 (não tenho a certeza).
Sim intendiMetes uma valição no setup para verificar se já tem a framework instalada. Se não tiver, cancelas o setup e mandas o utilizador ir ao site da msft sacar a framework e instalar antes de instalar a tua aplicação.
Simples. Sem frameworkzinha... não há aplicaçãozinha.