Boas já tive o mesmo problema que o teu, tenho um Lacie USB 60 Gb formatado FAT32 que não suporta ficheiros muito grandes a minha solução foi ligar o Ibook ao PC Windows em rede e abrir o Mac para partilha de rede, no Mac só selecciono Preferencias -> Compartilhamento -> Compartilhamento Windows ... Ele atribui um URL (com o Ip do Mac) e no Windows basta abrir o IE, acesso ao disco do Ibook, como se esse fosse um disco externo, é só copy & paste dos ficheiros, a tranferência é tão rápida que nem dás por ela.
foi a solução mais barata que encontrei,