A tua comparação é enganadora, porque estas a esquecer aspetos muito importantes como composição, distância ao objeto e ângulo de visão.
É verdade que, para a mesma distância ao objeto, tens menos DoF numa 250/5.6 do que numa 50/1.8. Mas como os ângulos de visão são muito diferentes, não faz muito sentido fazer essa comparação, pois resulta em composições demasiado diferentes. Numa 50mm, podes fazer retratos com a pessoa a 100 cm de distância. Numa 250mm aos mesmos 100 cm irias fotografar pouco mais do que o nariz da pessoa!
Por isso, se aumentas a distância focal, também terás de aumentar a distância ao objeto, e com isso acabas por aumentar o DoF. Na prática, o DoF é constante com a distância focal e só varia com a abertura.