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Tens um Multi core 64 bits e queres ter máxima perfomance no folding? Ve como aqui

Discussão em '[email protected]' iniciada por _zZz_, 15 de Setembro de 2009. (Respostas: 112; Visualizações: 12440)

  1. _zZz_

    _zZz_ Professional Folder

    Tens um Multi core 64 bits e queres ter máxima perfomance no folding?

    O objectivo deste guia é explicar de uma maneira genérica o necessário para por a correr um cliente SMP numa máquina virtual, em Linux 64 bits. Espera-se portanto que o utilizador tenha conhecimentos básicos de computadores e da nomenclatura usada. Alguma dúvida especifica, poderá ser respondida no tópico.

    Desta maneira será possivel aumentar bastante os ppd do folding (no meu caso passou de à volta de 1600 ppd para 4600)!


    Prerequisitos:
    Tri ou Quad Core CPU com X64 e Virtualização
    Vmware workstation 6.5 (www.vmware.com)
    ubuntu-9.04-desktop-amd64.iso ( http://www.ubuntu.com/getubuntu/download) - fazer download da versao 64 bits

    Step1: Instalar o Vmware

    Step2:Criar uma VM baseada em Ubuntu
    A parte boa do Ubuntu, é que o Vmware faz um easy-install deste SO. Para isso, basta abrir o Vmware e criar uma nova Virtual Machine e dizer a localizacao do .iso do linux. Os settings podem ser os default, alterando so a Virtual machine memory para mais que 512 (1024 é um bom valor).
    No meu caso o vmware configorou tudo correcto, sem intervencao minha.

    hint: Durante a criacao da VM, irá ser preciso definir um user e password. É importante definir algo que nao se esquecam, pois vai ser sempre necessário os usar.

    Ao iniciar a 1a vez a VM, o ubuntu irá perguntar se quer fazer os updates automaticos. Sao 150 megas, aconselho a o fazer.


    Step3: enganar o Vmare, tirando a restricao de poder só usar 2 cores:


    O problema maior do VMware, é que por default só usa 2 cores, o que limita bastante a perfomance do cliente de folding. Uma das solucoes seria instalar duas VM, cada uma a correr o seu cliente SMP.
    Mas essa solucao é do passado, visto que alguem encontrou uma maneira de "enganar" o VMWARE:

    retirado de (o link tem imagens, para quem necessitar):
    http://en.fah-addict.net/articles/articles-1-2+vmware-optimizations.php

    Fazer power off da VM, e fechar o VMWARE.
    Ir à pasta onde se guarda as VM (por defeito é nos "meus documentos" -> virtual machines
    Ai irá se encontrar um ficheiro .vmx, que corresponde ao nome que deram à vossa VM criada.
    e.g:
    \Ubuntu 64-bit \ Ubuntu 64-bit.vmx" ( "VMWare virtual machine configuration" in the file type displayed in Windows Explorer, if windows is not set to display the file extension).

    Editar este ficheiro com o notepad, e alterar o seguinte parametro para 4:
    "numvcpus"
    (se nao existir este parametro, é possivel adiciona-lo e.g numvcpus = "4" )

    confirmar que o parametro “maxvcpus" é 4 tambem.

    Para quem tem um tri core, pode usar tb este processo e alterar para 3 em vez de 4 o parametro "numvcpus"



    Step4: Instalar o folding na máquina linux
    Retirado /traduzido de http://folding.stanford.edu/English/LinSMPGuide


    Abrir um Terminal de linux - encontra-se em "Applications->Accessories->Terminal".

    No Terminal vai-se ler um prompt semelhante a isto:

    [email protected] ~ $

    Executar os seguintes comandos neste terminal:

    sudo apt-get install curl


    mkdir -p ~/folding
    cd ~/folding
    curl -O http://www.stanford.edu/group/pandegroup/folding/release/FAH6.29-Linux.tgz
    tar xzf FAH6.29-Linux.tgz

    Agora o cliente de FAH já está na pasta folding, e é preciso o configurar com o seguinte comando:

    ./fah6 -configonly

    As configuracoes necessárias saem do scope deste tutorial, para quem nao souber pode ler aqui:
    http://folding.stanford.edu/English/WinSMPGuideMPICH
    nota: ler só a parte de "CLIENT CONFIGURATION"


    Iremos agora criar um script, para facilitar o inicio do cliente com os parametros avancados já embutidos . (-smp)

    Mais uma vez, usando o terminal escrever os seguintes comandos:

    echo "./fah6 -smp $* &" > fah
    chmod +x fah

    Agora, para iniciar o cliente de folding, basta correr dentro da pasta /folding o seguinte comando:

    ./fah


    Step 5; instalar o Fahmon.

    O Fahmon pode ser instalado de 2 formas: compilado ou atráves de um binário. No site oficial só existe a versao para compilar, que por sua vez nao consegui fazer neste UBuntu.

    A alternativa existente funciona bem, e é a seguinte:
    Alguem compilou por nós o fahmon para Ubuntu 9.04, e basta seguir o seguinte procedimento para o ter a correr:

    - No UBuntu abrir: System > Administration > Software Sources.

    - Clicar na Third Party Software tab.


    - Clicar no button de add

    - Fazer paste de:
    deb http://ppa.launchpad.net/tsunetomo/ppa/ubuntu jaunty main

    Quando pedido, fazer o reload de "software sources information". Nao te preocupes se vires um aviso de "unverified software", iremos corrigir isso de seguida.

    Num terminal, executar o seguinte comando :
    sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys DDC93004

    No meu caso, observei que os servidores do ubuntu estavam bastante lentos.. Deu varias vezes communication time out. O que fiz foi repetir o comando acima mencionado, até funcionar.

    Isto faz que as aplicacoes deste developer sejam consideras seguras para o Ubuntu. Nao se preocupem, este procedimento nao tem nada de mal (ver aqui: https://launchpad.net/~tsunetomo/+archive/ppa)

    Agora instalar o Fahmon é super simples!!
    Num terminal escrever os seguintes comandos:
    sudo apt-get update
    sudo apt-get install fahmon


    Podem depois encontrar a aplicacao fahmon num dos menus do Ubuntu:
    Applications ->system tools ->Fahmon


    E pronto, por agora este guia está concluido.. Com as duvidas / problemas que surgirem, será actualizado. Peco desculpa pela forma / template, mas a minha ideia inicial era mesmo fazer um guia rápido, em que o conteudo era mais importante que a forma.

    Espero que gostem / usem, e deste modo aumentem bastante a producao diária da nossa equipa.

    edit1: falta uma parte neste tutorial, que é ajustar as prioridades do uso do cpu e GPU, para impedizer que haja uma perca de performance significativa do cliente GPU. Assim que puder acrescento aqui. até lá, ler as instrucoes em ingles, que se podem encontrar aqui:
    edit2:
    Para parar a aplicacao folding, que está a correr em linux, podemos fazer o seguinte:

    Primeiro, precisamos de saber qual o pid (process identifier) da aplicacao folding, usando num Terminal o comando: ps -a

    O resultado será algo do genero,
    ps -a

    PID TTY TIME CMD
    1944 pts/0 00:00:00 fah6

    Anotando a PID 1944, basta executar o seguinte comando:
    kill 1944

    E pronto, iremos observar no ecra a informacao que o folding recebeu a instrucao para fechar.


    edit: removido a configuracao com VERBOSITY 9, visto que pode causar problemas nas WU.

    edit: Actualizado com nova versao do folding 6.29 para Linux smp
     
    Última edição: 23 de Janeiro de 2010
  2. CrazyMonkeyTM

    CrazyMonkeyTM Banido

    Excelente amigo... Logo já vou instalar duas VMware's nos meus PC's!
     
  3. Horus-Anhur

    Horus-Anhur I folded Myself

    Excelente trabalho. :kfold:

    Infelizmente só no fim de semana é que vou poder pôr isto em prática.
     
  4. _BeBeDo_

    _BeBeDo_ I fold therefore I AM

    epah .. muito bom mesmo .. vou ja experimentar hihih :D
     
  5. _BeBeDo_

    _BeBeDo_ I fold therefore I AM

    tenho um problema .. não consigo usar os 4 cores .. por exemplo no ficheiro vmx .. nao tem la o " numvcpus " apenas tem o " maxvcpus " eu adicionei o " numvcpus " e no vmware aparece la na quantidade de CPUS : " other ( 4 ) ... mas nao consigo ...
     
  6. _zZz_

    _zZz_ Professional Folder

    que vmware usas?

    como sabes que nao esta a usar os 4 cores? Podes por um screenshot do vmware, onde aparece o no de cores usados?

    nao esquecer que depois é preciso correr o cliente de folding com a flag -smp, que é o que o script faz!
     
  7. _BeBeDo_

    _BeBeDo_ I fold therefore I AM

    a versao que tenho do vmware é a mais recente ...6.5.3.1185404 e quanto aos cores acho que ja esta a funcionar o unico problema agora é o fah arrancar com a WU .. vou meter aqui uma Print ...

    [​IMG]
    [​IMG]

    edit: ja consegui hehehe ... eliminei a pasta work e todos os outros ficheiros menos o script o mpi e o config e reiniciei a maquina virtual ao entrar tentei executar novamente e ja funcionou :D vou agora instalar o fahmon


    edit 2 : ehhehe fahmon instalado e a funfar 5* :D , tutorial bombastico :D thanks .. ate ja noto a diferença em linux... o pc fica muito mais lento até o ponteiro do rato encrava com a potencia com que esta a puxar o CPU ..

    edit 3 : no entanto notei um acentuado decrescimo de rendimento do cliente GPU ... :(

    edit 4 : Confirmadissimos os pontos :D:D :

    [​IMG]
     
    Última edição: 16 de Setembro de 2009
  8. _zZz_

    _zZz_ Professional Folder

    parabens, por teres sido o 1o a seguir o tutorial :)!

    mas eu aqui nao notei perca de performance nenhuma no uso geral do pc... seguiste as regras para baixar a prioridade da vm?

    e outra coisa, no meu caso tou a usar WIn7... acho que pode tar tb ai a diferenca, em que a distribuicao de trabalho pelos cpus teja mais optimizada.

    nao sei se tens isto configurada no cliente grafico, mas deve ter a opcao de cpu usage como low (em vez de idle). isso ajuda tb

    edit: li no perfil que tens tb o win 7. Logo nao pode ser por ai... confirma a opcao do cliente grafico. No meu caso nao perdi mesmo nada acentuado....
    edit2: se falas em rato mais lento só na VM em linux, isso pode ser normal em vm! nao tando relacionado directamente com o folding :)
     
    Última edição: 16 de Setembro de 2009
  9. _BeBeDo_

    _BeBeDo_ I fold therefore I AM

    como faço para baixar a prioridade da vm ? isso nao vai fazer perder rendimento do cliente SMP que esta a correr nela ? quanto ao cliente GPU ..no separador advanced ...no core priority esta em : " lowest possible ( recomended ) "
     
  10. _zZz_

    _zZz_ Professional Folder

    estas a usar o cliente gpu grafico? eh eh..big mistake, a consola de comandos é mt mais rapida...:)

    o core priority poe em low...

    checka este tutorial, se souberes ingles. Assim que puder, irei actualizar o meu tutorial com esta parte. esqueci-me e é bastante importante

    http://en.fah-addict.net/articles/articles-1-2+vmware-optimizations.php
     
    Última edição: 17 de Setembro de 2009
  11. _BeBeDo_

    _BeBeDo_ I fold therefore I AM

    sim estou a usar um cliente GPU grafico .. ate porque tenho muitos mais pontos que um cliente cpu normal ...e eu tinha o cliente GPU + SMP no windows a fazer uns meros 7500-7600 PPD's ... sim sei ingles...vou entao fazer isso mais logo que tenho que sair ..

    edit . mas ja agora este clientes GPU consola e nao systray ? agora fikei na duvida ...
     
  12. _zZz_

    _zZz_ Professional Folder

    ha 2 tipos de clientes de folding que usam a grafica:

    este: (que é um instalavel, e que tens um icon so systray)
    Windows XP/2003/Vista GPU System tray client with special viewer for NVIDIA GPU's (installer msi) 6.23

    e este:
    Windows Vista GPU Console client (note running as a service does not work in Vista). Uninstall any existing FAH services made with pre 6.20 clients before updating. 6.23


    O 2, versao GPU consola, é mais rapido a processar.

    Que versao tens instalada?
     
  13. _BeBeDo_

    _BeBeDo_ I fold therefore I AM

    a systray que da para ver a molecula a ser processada ...
     
  14. Jv.Batista

    Jv.Batista I fold therefore I AM

    bom tut, mas acho que vou esperar pelo 9.10 para fazer isto...
     
  15. _zZz_

    _zZz_ Professional Folder

    creio que se usares a outra, é mais rápido

    porque esperar pelo ubuntu 9.10? A partir de ter o vmware instalado, e ter os isos.. este processo demora para ai 30m! E as vantagens estao à vista :)
     
    Última edição: 17 de Setembro de 2009
  16. Spiderman

    Spiderman I folded Myself

    Há outra necessidade que nunca falam nos tutoriais da internet, que é a do processador ter de suportar Virtualização.

    Por exemplo E5xx e E7xx não dão para fazer isso.
     
  17. _BeBeDo_

    _BeBeDo_ I fold therefore I AM

    pois .. tambem lembrei me disso... lol .. por acaso o meu suporta e a motherboard tambem ..so que estou a ter problemas na mesma com o cliente GPU mesmo fazendo a cena das prioridades não fica bem ...

    edit: tenho outro problema na maquina virtual quando a desligo ou reinicio .. a proteina que está a ser foldada nao recomeça onde parou o client saca outra ...será que é por nao fechar o client e desligar logo o PC ? ja agora como fecho uma aplicação no linux ? ai k dores de cabeça ...lol
     
    Última edição: 17 de Setembro de 2009
  18. jotoa

    jotoa Aminoácido

    Uma pergunta, num Dual core, vale a pena isto?
     
  19. _zZz_

    _zZz_ Professional Folder

    tens que desligar o linux antes de desligares o pc! senao claro que ele nao salva o estado do cliente..nao precisas fechar a aplicacao do linux, a unica coisa que tens que fazer é um "power off" no linux (exactamente o mesmo que em windows :P)

    Ou seja.. primeiro desligas o SO da maquina virtual, depois fechas o vmware. E só de seguida deves desligar o pc.

    Sei que dá mais trabalho do que o normal, mas a diferenca nos resultados diários compensa! :)

    Quanto ao problema das prioridades.. Tenta instalar a versao cliente GPU consola, e faz lá o set da prioridade para low.

    Cumps
     
  20. _BeBeDo_

    _BeBeDo_ I fold therefore I AM

    eu falei na maquina virtual .. eu desliguei a maquina virtual linux .. e iniciei novamente ...so que despois eu fazer o comando ./fah para abrir a aplicaçao supoostamente , nao guardou o projecto que ja tava a 16% .. sacou outro ...