A lista de boot da bios é por ligação, tanto faz la estar um hdd um ssd, um shdd, etc. Se a ligação que está primeira é aquela ele vai arrancar primeiro com essa.
O que eu faço normamente é, meto o ssd seja onde for.
Meto na bios arrancar pela pen, chego a pen formato o hdd (normalmente gosto do formatar previamente mas caso não tenham outro pc), depois de formatado escolho o ssd para instalar o SO, ele instala e renicia (ao reniciar tem que ir a bios e metem para o ssd arrancar primeiro) caso se esqueçam de ir bios ele vai arrancar da pen e vai novamente para o menu de instalação.
Melhor ainda metam o ssd com prioridade 2, assim que ele reniciar, basta tirar a pen e está feito.